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个人介绍
生物信息学研究生
擅长的技术
获得更多能力
通用技术能力：
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Linux
初级
能力说明：
掌握计算机基础知识，初步了解Linux系统特性、安装步骤以及基本命令和操作；具备计算机基础网络知识与数据通信基础知识。
云产品技术能力：
暂时未有相关云产品技术能力~
阿里云技能认证
详细说明-
发表了文章 2018-10-18
生物数据库搭建教程①——在Ubuntu14.04上部署LAMP环境
搭建数据库的第一步就是先把环境搭建好。常用的环境有很多啦，我主要用的就是LAMP环境。 何为LAMP？ LAMP = Linux + Apache+ Mysql + PHP 现在也有用nginx来替代apache，称为LNMP的环境。
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发表了文章 2018-10-09
conda的安装与使用（最新版）
有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里下，下载好了之后怎么安装，我果断打开了https://bioconda.github.io/recipes ，告诉她安装conda吧，只要一行命令conda install gatk就行了。
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发表了文章 2018-08-27
扁桃体日记1
以下内容无关生信。是我自己在医院做扁桃体切除手术的过程记录～如果点错了朋友可以点右上角或者按返回键了(｡･ω･｡)ﾉ 2018.8.26到医院挂号看医生问医保报销预约住院时间。
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发表了文章 2018-08-01
用cmscan挖掘ncRNA信息
0.准备工作： 获取Rfam种子 获取Rfam的claninfo 软件安装 待处理物种的基因组文件 新建一个专门用于处理RNA的文件夹mkdir Cmscan 获取种子和chanin文件 下载Rfam种子： axel -q ftp://ftp.
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发表了文章 2018-07-30
lachesis辅助组装流程
准备工作： 准备数据 参考基因组：Ler-1.allpaths_lg.final.assembly.fasta HiC数据：data_1.fastq.gz data_2.fastq.gz 安装所需软件并软连接到~/.local下。
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发表了文章 2018-07-24
HiC软件安装篇之Lachesis
Lachesis是希腊神话众神之一，负责决定生命之线的长度。但是咱们这个lachesis是2013年发表在nature biotechnology上（https://doi.org/10.1038/nbt.2727 ）由shendurelab开发的用于辅组基因组组装的软件。
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发表了文章 2018-07-20
植物的Transcription Factor挖掘笔记
1、了解一下有哪些转录因子 1、在网站http://planttfdb.cbi.pku.edu.cn/中查找已知转录因子有哪些 2、下载已有种子 根据第一步中已知的转录因子的简写，在http://pfam.xfam.org/search#searchKeywordBlock中检索相应的种子文件，如果有，则下载，若没有则下一步自己制作。
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发表了文章 2018-07-13
MCScanX使用小记
一篇不知道拖了多久的笔记……欠下的债早晚还是要还的…… 0.软件下载及安装 官网： http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/ 参考教程： 其实之前已经有两位前辈写过教程了的，我这只是再给需要的朋友举个例子打个样。
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发表了文章 2018-06-29
R语言安装xlsx包时的bug
xlsx是用来打开excel文件的包，还是蛮常用的。 安装 install.packages("xlsx") 没啥毛病，过了一会儿装好了 library(xlsx) 这个时候就不行了，报了个错 Error: package or namespa...
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发表了文章 2018-04-11
RNA-seq常用命令（无参）
0.前期准备 先在工作目录下创建以下几个目录： 01.raw_data #用于存放原始数据 02.fastq #用于存放fastq格式数据 03.
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发表了文章 2018-02-06
用fastp对转录组数据做QC
链接 fastp: 极速全能的FASTQ文件自动质控+过滤+校正+预处理软件 github地址 看到介绍的时候是真的心动不已↓↓↓ fastp可以仅仅扫描 FASTQ 文件一次，就完成比FASTQC + cutadapt + Trimmomatic 这...
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发表了文章 2018-01-27
那些MECAT组装基因组中遇到的坑
链接 Github地址和文章的链接： https://github.com/xiaochuanle/MECAThttps://www.biorxiv.org/node/26657 在MECAT的文章2017年正式发表没过几天的时候就试过安装mecat，当时遇到了一些奇怪的问题，现在想来大概是因为对linux不够熟悉只会复制粘贴代码造成的吧。
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发表了文章 2018-01-25
send anywhere：一个全平台的文件传输神器
简介： Send Anywhere是个免费的跨平台传输软件，使用不受平台和文件大少的限制，无需注册和登录。 支持的平台： 移动端: 有Android，iOS, Windows Store, Kindle版本。
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发表了文章 2018-01-12
Fastq-dump：我的日常命令
原文地址：Fastq-dump: 一个神奇的软件 - by hoptop 感谢我洲更学长~记录一下看完学长的这篇文章之后对于我自己的fastq-dump使用建议： 默认命令： fastq-dump /path/to/###.
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发表了文章 2017-12-07
emmet学习笔记
Emmet是一款编辑器插件，支持多种编辑器支持。在前端开发中，Emmet 使用缩写语法，可以快速编写 HTML、CSS 以及实现其他的功能，极大的提高前端开发效率。
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提交了问题
2017-11-26
Navicat连接失败 报2003错误
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发表了文章 2017-11-08
阿里云ubuntu14.04下lamp环境搭建の备忘
以下内容大部分来自于网络上的收集，百度搜lamp能搜到很多文字教程。百度lamp搭建 推荐几个视频教程： 在Ubuntu Server下搭建LAMP环境 PHP环境LAMP/LNMP安装与配置 我收藏在印象笔记里的备忘： sudo apt-ge...
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发表了文章 2017-11-01
本地服务器の清单
为了做RNA-seq自己组了一台服务器，本来打算印象笔记里存着就好了后来发现好像有蛮多小伙伴也有这样的需要，那就贴出来给大家参考一下好了。 主板：双路2011E5主板X79 350×1+9 = ¥ 359； CPU：Xeon E5-2650L v2...
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发表了文章 2017-10-31
markdown的初体验
简书官方教程：献给写作者的 Markdown 新手指南 其实早就对markdown写作有耳闻了，一直偷懒没有静下来学。 总觉得要把所有的时间精力都放在一件事上才行。
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发表了文章 2017-10-05
Mac 安装bioconda的小备忘
https://zhuanlan.zhihu.com/p/25085567 首先感谢青山屋主大佬的分享。刚入行的小白，得知bioconda这种神器简直不要太高兴，就在老板给配的mac mini 上按照步骤一步一步操作。
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发表了文章
2018-10-18
生物数据库搭建教程①——在Ubuntu14.04上部署LAMP环境
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发表了文章
2018-10-09
conda的安装与使用（最新版）
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2018-08-27
扁桃体日记1
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2018-08-01
用cmscan挖掘ncRNA信息
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2018-07-30
lachesis辅助组装流程
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发表了文章
2018-07-24
HiC软件安装篇之Lachesis
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2018-07-20
植物的Transcription Factor挖掘笔记
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2018-07-13
MCScanX使用小记
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2018-06-29
R语言安装xlsx包时的bug
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2018-04-11
RNA-seq常用命令（无参）
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2018-02-06
用fastp对转录组数据做QC
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2018-01-27
那些MECAT组装基因组中遇到的坑
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2018-01-25
send anywhere：一个全平台的文件传输神器
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2018-01-12
Fastq-dump：我的日常命令
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2017-12-07
emmet学习笔记
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2017-11-08
阿里云ubuntu14.04下lamp环境搭建の备忘
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2017-11-01
本地服务器の清单
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2017-10-31
markdown的初体验
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2017-10-05
Mac 安装bioconda的小备忘
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