PHP在Linux环境下根目录怎么理解？

我觉得你是被自己搞晕了。file_exists这种类型的属于文件操作，使用的路径是操作系统的路径，而header("Location:...")这种是url操作，使用的路径是web路径（就是基于当前域名的）。
通常在配置网站的时候，比如apache会让你指定域名对应的文件系统路径，如
Server www.example.com
Documentroot /var/www/example/public
此时 header('Location: /user/index.php') 是指 www.example.com/user/index.php
如果你想编辑www.example.com/user/index.php对应的文件呢，那么应该在 /var/www/example/public/user/index.php

关于路径，windows和linux的唯一区别就是盘符，但是对于'/'的解释是一致的，例如dos下面
c:/> e:
e:/> cd www/abc
e:/www/abc/> cd / <- 斜杠是表示当前盘符下的根目录，你不会没这么用过吧？
e:/>