如何部署 node.js？

我用 node.js 和 react 做了一个小应用。之前写 node.js 或者 PHP 都是直接写好放在服务器运行的。这次第一次用 babel 和 webpack 这些工具，现在对如何部署完全没有头绪，希望能得到指点。
我在本地的项目包里有 src、lib 和 node_module 3个文件夹。我写的代码都在 src 里。lib 是 babel 的输出文件夹，这里的应该是实际运行的文件吧？
React 用到了 webpack、webpack-dev-server 和 react-hot-reload。前端的静态文件都是 webpack-dev-server 提供的。webpack 输出一个 app.js（硬盘里没有），在 HTML 里引用。其他 .js 和 .css 文件手动写在 HTML 里，从 webpack-dev-server 地址引用。
本地运行时是用 nodemon 启动和监控的。我的服务器上有 Nginx，之前跑着一个 node.js app，用 pm2 启动和监控。我知道怎么配置 Nginx 和怎么用 pm2，只是之前我都是直接写代码直接运行的，不涉及 babel 和 webpack，也没有加入 React。
问题 1：我是应该把整个项目文件夹放上服务器，还是只把 lib 文件夹放上去？最笨的办法是不是可以在本地全部调试好之后，直接把 lib 当作完整项目内容放上去，像普通 app 一样运行？
问题 2：怎么处理 HTML 中的静态文件，需要手动把 HTML 里的 src 改成本地或者 CDN 地址？
问题 3：我看到有说要在 Express 里通过 configure 设置不同环境，这个的作用和思路是什么呢？是否必要步骤？
问题 4：上传到服务器之后我还需要继续开发，以前我就是通过 FTP 直接在线编辑文件和更新（FileZilla 自动上传）。不太清楚是否还可以这样做。也就是说现在上传到服务器上其实还是需要开发环境。
问题 5：怎么理解开发环境和生产环境的切换？这是一个物理动作，比如要换到不同的服务器、修改一些文件之类，还是只需要设置某一两个参数完成的？
不好意思，问题比较散而且基础。我希望最好能有一个思路和工作方式的介绍，我需要了解这些工具是如何作用的，不然只是看示例代码甚至 step-by-step 也没太大作用。