基因分析平台中DNAseq.SentieonFastqToVcf成功运行但结果不对

在您使用DNAseq.SentieonFastqToVcf运行基因分析平台时，遇到的首个问题是虽然程序成功运行，但是结果却不准确。这个问题可能的原因是您上传的FASTQ文件中只包含了2万个reads，这导致在将reads映射到参考基因组的过程中，可能没有足够的数据进行分析。为了解决这个问题，您可以考虑增加上传的reads数量，或者调整程序中的参数设置，比如使用-L参数来指定特定的染色体或者基因组区域进行测序和分析。

关于运行时间过短的问题，有可能是因为默认参数设置较为优化，所以在短时间内就完成了任务。然而，如果您觉得15分钟的任务完成时间过短，可能需要调整一些参数以增加程序的运行时间。例如，Sentieon软件提供了vcfconvert模块来压缩所有的gvcf文件并建立索引，通过这种方式可以显著提高处理速度。此外，您也可以考虑加大程序运行时的线程数（如-t参数所设定）来进一步延长处理时间。