作业提交

准备工作
在使用E-HPC集群提交作业前，请确保：

• 已通过用户管理创建了非root用户。
• 了解登录集群的相关操作。
• 了解如何导入数据，把数据放在当前用户的$HOME目录。

1. [backcolor=transparent]$HOME[backcolor=transparent]/[backcolor=transparent]test[backcolor=transparent].[backcolor=transparent]py           [backcolor=transparent]# 作业执行程序
2. [backcolor=transparent]$HOME[backcolor=transparent]/[backcolor=transparent]test[backcolor=transparent].[backcolor=transparent]data         [backcolor=transparent]# 作业相关数据

1. [backcolor=transparent]test[backcolor=transparent].[backcolor=transparent]py [backcolor=transparent]-[backcolor=transparent]i test[backcolor=transparent].[backcolor=transparent]data

• PBS pro
• SLURM

1. [backcolor=transparent]$ cat [backcolor=transparent]>[backcolor=transparent] test[backcolor=transparent].[backcolor=transparent]pbs
2. [backcolor=transparent]#!/bin/sh
3. [backcolor=transparent]#PBS -l ncpus=4,mem=1gb
4. [backcolor=transparent]#PBS -l walltime=00:10:00
5. [backcolor=transparent]#PBS -o test_pbs.log
6. [backcolor=transparent]#PBS -j oe
7. [backcolor=transparent]cd $HOME
8. [backcolor=transparent]test[backcolor=transparent].[backcolor=transparent]py [backcolor=transparent]-[backcolor=transparent]i test[backcolor=transparent].[backcolor=transparent]data
9. [backcolor=transparent]$ qsub test[backcolor=transparent].[backcolor=transparent]pbs

• Line3是对作业所需计算资源的预估：需要4个CPU核及1GB内存。
• Line4是对作业运行时间的预估：10分钟。
• Line5是指定stdout输出文件。
• Line6是把stderr和stdout的输出合并到上面指定的输出文件。
• Line7~8为作业具体执行命令。

• GROMACS（算例2）
• LAMMPS（PBS提交作业部分）

1. [backcolor=transparent]$ cat [backcolor=transparent]>[backcolor=transparent] test[backcolor=transparent].[backcolor=transparent]slurm
2. [backcolor=transparent]#!/bin/sh
3. [backcolor=transparent]#SBATCH --job-name=slurm-quickstart
4. [backcolor=transparent]#SBATCH --output=test_slurm.log
5. [backcolor=transparent]#SBATCH --nodes=1
6. [backcolor=transparent]#SBATCH --ntasks=1
7. [backcolor=transparent]#SBATCH --cpus-per-task=1
8. [backcolor=transparent]#SBATCH --time=00:10:00
9. [backcolor=transparent]#SBATCH --mem-per-cpu=1024
10. [backcolor=transparent]cd $HOME
11. [backcolor=transparent]test[backcolor=transparent].[backcolor=transparent]py test[backcolor=transparent].[backcolor=transparent]data
12. [backcolor=transparent]$ sbatch test[backcolor=transparent].[backcolor=transparent]slurm

• LAMMPS
• WRF