第三章：图、表和代码输出

3.1代码输出

1.行内代码

`r sin(pi/2)`

有趣的案例：

1）自动更新日期

date: "`r Sys.Date()`"
date: "`r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"
date: "Last compiled on `r format(Sys.time(), '%d %B, %Y')`"

具体细节可参考：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/update-date.html

2）文本结合代码

这里一共有`r sum(x)`个人。

2. 代码块

%C_UX`VX57BGDP~642TOO}5.png

R代码块一般通过{R}来插入，插入代码段的快捷键：win[Ctrl+Alt+I] / mac[option + cmd + I]。其他快捷键介绍可看这篇推文：Rstudio常用快捷键以及窗口操作有用技巧。

默认情况下代码和结果会在输出文件中呈现。如果通过参数来控制代码块运行结果的输出情况可以在{r }中设置。一般包括代码及运行结果的输出、图片表格格式定义等。关于代码段选项，详见https://yihui.name/knitr/options。

这里小编给出一些常用的选项，文字版本较难理解的话，请配合我的b站视频教程。

eval和include选项
加选项eval=FALSE, 可以使得代码仅显示而不实际运行。这样的代码段如果有标签，可以在后续代码段中被引用。
加选项include=FALSE，则本代码段仅运行，但是代码和结果都不写入到生成的文档中。
echo选项：控制了markdown是否显示代码块。若echo=TRUE，则表示代码块显示在markdown文档显示代码块；反之，代码块不出现在输出结果中。

```{r echo=FALSE}
print(1:5)
```

结果为:

## [1] 1 2 3 4 5

collapse选项一个代码块的代码、输出通常被分解为多个原样文本块中，如果一个代码块希望所有的代码、输出都写到同一个原样文本块中，加选项collapse=TRUE。例如：

```{r collapse=TRUE}
sin(pi/2)
cos(pi/2)
```

结果为：

sin(pi/2)
## [1] 1
cos(pi/2)
## [1] 6.123032e-17

代码和结果都在一个原样文本块中。

prompt和comment选项
prompt=TRUE 代码用R的大于号提示符开始。如果希望结果不用井号保护，使用选项comment=''。

```{r prompt=TRUE, comment=''}
sum(1:5)
```

结果为:

> sum(1:5)
[1] 15

results选项

用选项results=选择文本型结果的类型。取值有：

markup, 这是缺省选项，会把文本型结果变成HTML的原样文本格式。
hide, 运行了代码后不显示运行结果。
hold, 一个代码块所有的代码都显示完，才显示所有的结果。
asis, 文本型输出直接进入到HTML文件中，这需要R代码直接生成HTML标签， knitr包的kable()函数可以把数据框转换为HTML代码的表格。

例如：results='hold'的示例:

```{r collapse=TRUE, results='hold'}
sin(pi/2)
cos(pi/2)
```

结果为:

sin(pi/2)
cos(pi/2)
## [1] 1
## [1] 6.123032e-17

错误信息选项

选项warning=FALSE使得代码段的警告信息不进入编译结果，而是在控制台(console)中显示。有一些扩展包的载入警告可以用这种办法屏蔽。

选项error=FALSE可以使得错误信息不进入编译结果，而是出错停止并将错误信息在控制台中显示。

选项message=FALSE可以使得message级别的信息不进入编译结果，而是在控制台中显示。

当然还有关于图片的设置，这个我们放到下面来说

当然你也可以通过Rstudio界面进行部分参数的设置（更加便捷）：

@[YVK(9PP(RC7ZB~7H0A(C5.png

具体演示可见[b站]视频。

全局设置

若markdown内的代码块存在一样的参数设置，则可以提前设计好全局的代码块参数。全局代码块通过`knitr::opts_chunk$set函数进行设置，一般设置在YAML文件下方，具体见下图。

3.2.图片输出

1.插入R代码生成的图形

```{r, fig.height = 8,fig.with = 6}
plot(1:10)
```

fig.show ：设置了图片输出方式

fig.show=‘asis’：表示plot在产生他们的代码后面
fig.show=‘hold’：所有代码产生的图片都放在一个完整的代码块之后
fig.show=‘animate’：表示将所有生成的图片合成一个动画图片

可以参考：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/animation.html

fig.show=‘hide’：表示产生所有图片,但是并不展示

```{r, fig.show='animate'}
for (i in 1:2) {
  pie(c(i %% 2, 6), col = c('red', 'yellow'), labels = NA)
}

fig.width：设置图片输出的宽度
fig.height：设置图片输出的高度
fig.align 设置图片位置排版格式，默认为left,可以为right或者center
fig.cap ：设置图片的标题
fig.subcap：设置图片的副标题
out.width和out.height选项指定在输出中实际显示的宽和高，如果使用如"90%"这样的百分数单位则可以自动适应输出的大小。

2.插入外部图形文件

如果一个图不是由一个R代码块生成的，你可以用两种方式包含它:

方法一

使用Markdown语法![caption](path/to/image)，你可以使用width和height属性来设置图像的大小，例如:

![图的标题](xxx.png){width=50%}

注意：图片文件放的位置（如果和rmd同一目录，则可以直接xxx.png；如果在其他位置记得加上相对路径）。

42{XLJ)H~{KUIR(QM(`$P8I.png

方式二

在source editor情况下，直接外部拉入图形即可，会自动保存在相对文件夹的images文简介中，或者点击图形按钮导入。

6K@MX_SVZ_F2}H629R1QNZN.png

方式三

在代码块中使用knitr函数knitr::include_graphics()。图片尺寸更改与插入R代码生成的图形的情况相同。

```{r, echo=FALSE , out.width="50%"}
knitr::include_graphics("xxx.png")
```

3.3.表格输出

1. 外部表格输入

markdown格式

8$THL6Q$3Z7M5M@W7%G($TR.png

Typora格式

$VS[%K_UN42OG{RX1AW]D5`9.png$

2. 内部代码输出的表格

例子：计算线性回归后， summary()函数的输出中有coefficients一项，是一个矩阵，如果直接文本显示比较难看：

x <- 1:10; y <- x^2; lmr <- lm(y ~ x)
co <- summary(lmr)$coefficients
print(co)

knitr包的 kable()

knitr包提供了一个 kable() 函数可以用来把数据框或矩阵转化成有格式的表格，支持HTML、docx、LaTeX等格式。

可以用knitr包的kable函数来显示:

knitr::kable(co)

RCI]HWESRPV}ZVQCR~VN)M9.png

kable()函数的digits=选项可以控制小数点后数字位数， caption=选项可以指定表的标题内容。

pander包的pander函数

其pander()函数可以将多种R输出格式转换成knitr需要的表格形式。如

pander::pander(lmr)

KZ([NKWLR2~}EM`%R74BIK1.png

但是，经过试验发现，表中中有中文时pander包会出错。这里参考公众号[R友舍]

其他包：tables (Murdoch 2020^[10]), pander (Daróczi and Tsegelskyi 2018^[11]), tangram (Garbett 2020^[12]), ztable (Moon 2020^[13]), and condformat (Oller Moreno 2020^[14]).等

3.4.表格渲染

通过前面可以看到：用knitr::kable()输出表格结果其实不是非常美观，并且很多功能都不能实现。这时我们可以用kableExtra(Zhu 2020^[15])、huxtable (Hugh-Jones 2020^[16])等扩展包来美化表格。

其他拓展包可以参考：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/table-other.html

kableExtra包

本文以kableExtra包为例，介绍rmarkdown中渲染表格的相关函数。它在https://haozhu233.github.io/kableExtra/上有大量文档，其中提供了许多示例，说明如何针对HTML或LaTeX输出自定义kable（）输出。建议阅读其文档，本节中仅介绍一些示例介绍。

kableExtra包可以使用管道符号%>%操作，例如

library(knitr)
library(kableExtra)
kable(iris) %>%
  kable_styling(latex_options = "striped")

安装

# install from CRAN
install.packages("kableExtra")
# install the development version
remotes::install_github("haozhu233/kableExtra")

1. 表格外框设置

bootstrap_options = "bordered"构建有边框的表格，其他可调节的名称可通过帮助文档获取。

x_html <- knitr:: kable(head(rock), "html")
kableExtra::kable_styling(x_html,bootstrap_options = "bordered")

2. 设置表格的宽度

使用full_width = F使得表格横向不会填满整个页面。默认情况下full_width = T

x_html <- knitr:: kable(head(rock), "html")
kableExtra::kable_styling(x_html,bootstrap_options = "striped",
                          full_width = F)

`_NBFPW0E2E50_ALSOOMWAH.png

注意：上面例子knitr:: kable制定了kable函数来自knitr包，目的是方式和其他包内同名函数冲突。

另一种写法，如果想使用管道函数，需要加载kableExtra。其他代码也类似，大家要学会举一反三噢！

library(knitr)
library(kableExtra)
kable(head(rock), "html") %>% 
  kable_styling(x_html,bootstrap_options = "striped",
                          full_width = F)

3. 设置表格的对齐方式

使用position = "left"使得整个表格像左对齐，当然也可以中心对齐和右对齐，视情况而定。

x_html <- knitr:: kable(head(rock), "html")
kableExtra::kable_styling(x_html,bootstrap_options = "striped",
                          full_width = F,
                          position = "left")

G}B26DX{}DEHPCL)@Y3T7{M.png

4. 设置表格的字体大小

使用font_size = 20可以将字体大小改为20。

x_html <- knitr:: kable(head(rock), "html")
kableExtra::kable_styling(x_html,bootstrap_options = "striped",
                          full_width = T,
                          font_size = 20

2K6S2EER39Q3CTRAD769A@U.png

5.设置表格的行与列

这里使用的函数是column_spec()，其中以下代码含义为：制定前两列数据，字体加粗、颜色为白色，表格填充为"#D7261E"。而行的设置与列类似，使用函数名为row_spec()。

x_html <- knitr:: kable(head(rock), "html")
x_html <- kableExtra::kable_styling(x_html,
                                    bootstrap_options = "striped",
                                    full_width = T)
kableExtra::column_spec(x_html,1:2,
                        bold = T,
                        color = "white",
                        background = "#D7261E")

ZI9Z[T8QDR~GDJWQ0WE3BIG.png

x_html <- knitr:: kable(head(rock), "html")
x_html <- kableExtra::kable_styling(x_html,
                                    bootstrap_options = "striped",
                                    full_width = T)
kableExtra::row_spec(x_html,1:2,
                        bold = T,
                        color = "white",
                        background = "#D7261E")

6.其它表格渲染

这里给出一个有趣的例子，具体内部不做过多解释，b站视频给出解释。文字真的很难说明哈哈。

library(kableExtra)
data =  plyr::mutate(rock[1:10, ],
                   perm = cell_spec(perm,"html",
                   color = "white",
                   bold = T,
                   background = spec_color(1:10,
                   end = 0.9,
                   option = "A",
                   direction = -1)),
  shape = ifelse(shape > 0.15,
                 cell_spec(shape,
                           "html",
                           color = "white",
                           background = "#D7261E",
                           bold = T),
                 cell_spec(shape, "html",
                          color = "green",
                           bold = T)))
x_html <-knitr::kable(data,"html", escape = F, align = "c")
x_html <-row_spec(x_html,0, color = "white", background = "#696969" )
kable_styling(x_html,"striped")

第四章：Rmarkdown的主题格式

Rmarkdowm作为可复用报告的优秀工具，除了提供文档编辑、图表输出外，还有许多主题格式供使用者选择。除了默认的主题外，还可以通过加载rticles、prettydoc、rmdformats、tufte等包获取更多主题格式。下面我们看看几类扩展包里的主题样式。

注：接下来的教程我是已经安装这些包了，没安装的记得提前安装好！不然运行会出错。

4.1.rticles包

官网：https://github.com/rstudio/rticles；

具体教程：https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/rticles-templates.html

rticles软件包提供了各种期刊和出版商的模板：

JSS articles (Journal of Statistical Software)
R Journal articles
CTeX documents(中文pdf，强烈推荐！)
ACM articles (Association of Computing Machinery)
ACS articles (American Chemical Society)
AMS articles (American Meteorological Society)
PeerJ articles
Elsevier journal submissions
AEA journal submissions (American Meteorological Society)
IEEE Transaction journal submissions
Statistics in Medicine journal submissions
Royal Society Open Science journal submissions
Bulletin de l’AMQ journal submissions
MDPI journal submissions
Springer journal submissions

在此只对下面一个模板进行演示，其他模板操作类似，但是一般模板是不能包含中文字体的哦！

CTeX Documents（中文版本）

下载完对应的包之后，找到对应模板打开即可。输出pdf是需要配置tex环境的哦！建议安装Tinytex，具体安装教程见前面。

WL[ZGQU]P`G5[3VDA)NV}8T.png %JU~A@QT4FU_1D52507JA]V.png

编译后得到的结果，这是他模板原始的样子，如果想调整页面行间距，字体颜色等，请见下次推文（公众号：庄闪闪的R语言手册），我将会把这些小细节进行汇总。

4.2.rmdformats包

之后的这几个包，内部都包含了挺多模板的，下面yaml文件只是其中一个，如果想尝试该包内部其他模板，请根据上述操作进行，选择好模板，编译之后看看是不是你想要的模板。

接下来我对部分相对不错的模板进行展示，你可以直接复制我的头部文件到.rmd格式中，或者打开模板窗口进行选择（操作在下面）。

方法一

---
title: "Rmarkdown入门教程"
author: "庄闪闪的R语言手册"
date: "2/18/2021"
output:
  rmdformats::readthedown:
    self_contained: true
    thumbnails: true
    lightbox: true
    gallery: false
    highlight: tango
---

)BJA5%3BHHO5]P5}@E}Z6{8.png

方法二：

在你安装完该包之后你可以使用通过按钮新建该模版（其实他有很多类似的模板，我这里只展现了一种）：

]QD{NBB{ZDE3%0Y)8QZXOF3.png

以下模板也可以通过这种方式构建，前提是你安装了这个包，这样你就可以在From Template中找到该包对应的模板了。

4.3.prettydoc包

---
title: "Rmarkdown入门教程"
author: "庄闪闪的R语言手册"
date: "2/18/2021"
output:
  prettydoc::html_pretty:
    theme: cayman
    highlight: github
---

[4MFO]UN03E`@1`6R3PR(T5.png

4.4.tufte包

---
title: "Rmarkdown入门教程"
author: "庄闪闪的R语言手册"
date: "2/18/2021"
output:
  tufte::tufte_html: default
---

}~%MUK7)Z6Q`8`FGT$3VGKX.png

4.5.cerulean包

---
title: "Rmarkdown入门教程"
author: "庄闪闪的R语言手册"
date: "2/18/2021"
output:
  html_document:
    theme: cerulean
    highlight: tango
---

1.5w字的Rmarkdown入门教程汇总（二）

第三章：图、表和代码输出

3.1代码输出

1.行内代码

2. 代码块

3.2.图片输出

1.插入R代码生成的图形

2.插入外部图形文件

3.3.表格输出

1. 外部表格输入

2. 内部代码输出的表格

3.4.表格渲染

安装

1. 表格外框设置

2. 设置表格的宽度

3. 设置表格的对齐方式

4. 设置表格的字体大小

5.设置表格的行与列

6.其它表格渲染

第四章：Rmarkdown的主题格式

4.1.rticles包

4.2.rmdformats包

4.3.prettydoc包

4.4.tufte包

4.5.cerulean包

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第三章：图、表和代码输出

3.1代码输出

1.行内代码

2. 代码块

3.2.图片输出

1.插入R代码生成的图形

2.插入外部图形文件

3.3.表格输出

1. 外部表格输入

2. 内部代码输出的表格

3.4.表格渲染

安装

1. 表格外框设置

2. 设置表格的宽度

3. 设置表格的对齐方式

4. 设置表格的字体大小

5.设置表格的行与列

6.其它表格渲染

第四章：Rmarkdown的主题格式

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