ggbiplot
本期素材来源还是上期NC中的图，因为图比较一般，就不放在CNS绘图系列了，简单介绍一下ggbiplot 的用法即可。
PCA
❝「Title：」Molecular determinants of response to PD-L1 blockade across tumor types
❞
绘制
# 安装和载入包 library(devtools) install_github("vqv/ggbiplot") library(ggbiplot) # 使用内置数据演示 data(wine) head(wine)
# PCA分析 wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE) # 可视化 ggbiplot(wine.pca, # PCA结果 choices = c(1,2), # 主成分选择 obs.scale = 1, # 标准化观测值 var.scale = 1, # 标准化变量 var.axes = TRUE, #为变量画箭头 groups = wine.class, ellipse = TRUE, # 置信椭圆 ellipse.prob = 0.95, # 置信区间，默认0.68 circle = F) + # 画相关圈(仅适用于当scale = TRUE和var.scale = 1时调用prcomp) scale_color_manual(values = c('#fb9b8e','#00ac4c','#70abd8'))+ theme_bw() + theme(legend.direction = 'horizontal', legend.position = 'top', legend.text = element_text(size = 14), legend.title = element_text(size = 16)) ggsave('pca.pdf',width = 5, height = 5)
PCA1
❝不带箭头即为文章中的图。
❞
PCA2
