annovar简介
在我们做重测序，或者比较基因组学分析的时候，我们往往在call snp或者indel的时候，需要对我们的变异位点进行注释，而annovar官网提供的注释库往往是人类的居多，但是我们所研究的物种却不仅限于人类。那么annovar就不可以使用了吗？，显然不是，我们可以利用annovar进行自建库注释。个人感觉GATK自建数据库比snpEff要容易上手一些。
ANNOVAR │ annotate_variation.pl #主程序，功能包括下载数据库，三种不同的注释 │ coding_change.pl #可用来推断蛋白质序列 │ convert2annovar.pl #将多种格式转为.avinput的程序 │ retrieve_seq_from_fasta.pl #用于自行建立其他物种的转录本 │ table_annovar.pl #注释程序，可一次性完成三种类型的注释 │ variants_reduction.pl #可用来更灵活地定制过滤注释流程 ├─example #存放示例文件 └─humandb #人类注释数据库
流程
1、构建自定义数据库
gffread #gff3 to gtf gtfToGenePred #gtf to genePred
#转换gff3 2 gtf gffread genome.gff -T -o genome.gtf # -o write the output records into <outfile> instead of stdout #-T main output will be GTF instead of GFF3 #转换gtf 2 GenePred gtfToGenePred -genePredExt genome.gtf genome_refGene.txt #建立注释库 perl annovar/retrieve_seq_from_fasta.pl --format refGene --seqfile genome.fa genome_refGene.txt --out genome_refGeneMrna.fa
完成上述三部获得两个重要的文件
genome_refGeneMrna.fa genome_refGene.txt
注意：这两个文件肯定不能随便命名，不然annovar无法识别！
把这两个文件放到一起，命名文件夹为genome，后面会用到
前缀genome就是下面build参数使用的名字，下面注释就要使用“-build geonme”这个参数。
2.转换需要注释的vcf文件
DL_1.vcf是HaplotypeCaller得到的vcf文件，需要转换成适用annovar的文件格式，执行命令
perl ../convert2annovar.pl -format vcf4 DL_1.vcf > DL_1.avinput
那么DL_1.avinput就是我们需要注释的文件
3. annotate_variation注释
用annotate_variation.pl进行基于基因（gene-based annotation）的注释，
perl ~/bio_software/annovar/annotate_variation.pl -geneanno -dbtype refGene -out GG_1.avinput -build genome GG_1.avinput ./genome # -geneanno 表示使用基于基因的注释 # -dbtype refGene 表示使用"refGene"类型的数据库 # -out DL_1 表示输出以DL_1为前缀的结果文件
得到结果文件：
DL_1.exonic_variant_function #外显子区域突变的功能、类型等 DL_1.variant_function#突变的基因及位置 DL_1.log#日志文件
