1. 如果在没有jdk12的conda下安装snpeff，会报错
Error: A JNI error has occurred, please check your installation and try again Exception in thread "main" java.lang.UnsupportedClassVersionError: org/snpeff/SnpEff has been compiled by a more recent version of the Java Runtime (class file version 55.0), this version of the Java Runtime only recognizes class file versions up to 52.0 at java.lang.ClassLoader.defineClass1(Native Method) at java.lang.ClassLoader.defineClass(ClassLoader.java:756) at java.security.SecureClassLoader.defineClass(SecureClassLoader.java:142) at java.net.URLClassLoader.defineClass(URLClassLoader.java:468) at java.net.URLClassLoader.access$100(URLClassLoader.java:74) at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:369) at java.net.URLClassLoader$1.run(URLClassLoader.java:363) at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) at java.net.URLClassLoader.findClass(URLClassLoader.java:362) at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:418) at sun.misc.Launcher$AppClassLoader.loadClass(Launcher.java:352) at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:351) at sun.launcher.LauncherHelper.checkAndLoadMain(LauncherHelper.java:495)
解决方法（针对非root用户）
conda create -n java12 conda activate java12 conda install -c r r-rjava java -version openjdk version "11.0.9.1-internal" 2020-11-04 OpenJDK Runtime Environment (build 11.0.9.1-internal+0-adhoc..src) OpenJDK 64-Bit Server VM (build 11.0.9.1-internal+0-adhoc..src, mixed mode) ##足够能带动snpEff就行 conda install -y snpeff ##下载后启动snpEff
参考：https://www.jianshu.com/p/3e3ebd397293
https://zhuanlan.zhihu.com/p/476561285
2.构建自有物种数据库
因为我是要从头构建注释基因集，所以它自带的数据库对我就没有什么用
而第一步便是要找到snpEff.config这个文件进行添加
这个文件在哪呢？
我的是在下面这个这个文件，如果你使用conda安装的，基本就是在minicondas下面pkgs里面的snpeff开头的文件夹里面，然后依次往下找就是了
cd /home/wangshuangyi/miniconda2/pkgs/snpeff-5.1-hdfd78af_2/share/snpeff-5.1-2 #该目录下存在： scripts snpEff snpEff.config snpEff.jar
假设我要构建的基因组叫Amur_ide
(1) 追加一行文件内容到snpEff.config
echo "Amur_ide.genome: Amur_ide" >> snpEff.config
(2) 在含有snpEff.config那个地方，创建个文件夹data, 然后在data里面又创建两个文件夹Amur_ide，genomes
Amur_ide/ genomes/ Amur_ide/中包括了genes.gff3 cds.fa protein.fa ##无论原名是啥都改为这个 genomes/中包括了基因组文件 Amur_ide.fa ##无论原名是啥都改为这个。
(3) 在含有snpEff.config那个地方,执行命令构建数据库
./snpEff build -gff3 -v Amur_ide # -c , -config : Specify config file # -v , -verbose : Verbose mode (详细模式)
(4) 注释
在注释之前，检查vcf变异文件，应去除##注释信息，开头应为：
#CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT
java -Xmx4g -jar ../snpEff.jar ann Amur_ide -o vcf -v ./alk_fw_pass_merged_filter.vcf -csvStats 1.csv -stats 1.html > selected.ann.vcf ##-Xmx：堆内存的最⼤值，默认值是物理内存的1/4（且⼩于1G），如默认情况下当堆中可⽤内存⼤于70%时，堆内存会开始减少，⼀直减⼩到-Xms的⼤⼩ # -csvStats <file> : Create CSV summary file. #-s , -stats, -htmlStats: Create HTML summary file. Default is 'snpEff_summary.html' #-o <format> : Ouput format [ vcf, gatk, bed, bedAnn ]. Default: VCF. #-formatEff: Use 'EFF' field compatible with older versions (instead of 'ANN'). (使用与旧版本兼容的'EFF'字段(而不是'ANN')。)
