基于 R 语言的科研论文绘图技巧汇总

简介

前段时间，对这 6 幅图进行了学习，并汇总了各图的知识点和使用技巧。在此做个总结，以便查阅（可点击图片直接跳转）。

对应代码可在 GitHub - marco-meer/scifig_plot_examples_R: Scientific publication figure plotting examples with R^[1] 可以找到。

A

主要知识点

• 学会如何导入图形，并将其并排展示；
• 学会设置自定义主题，简化代码，统一主题，方便绘制其他图形使用；
• 学会使用 ggplot2 包内置参数添加文字已经其他其他修饰图标。

1. 使用 magick 包中的 image_read() 导入两幅图，并通过image_flip()进行转化；
2. 设置自定义主题 my_theme，方便绘制其他图形使用；
3. 使用 annotate() 添加文字（"text"），使用 geom_segment() 添加线段。

B

主要知识点

• 学会定义密度函数，并在图形中将其添加；
• 学会设置自定义主题，简化代码，统一主题，方便绘制其他图形使用；
• 学会添加子图、给坐标轴添加修饰图形；
• 学会添加带有特殊符号的公式。

1. 自定义密度函数，并使用 stat_function() 在图形中将其添加；
2. 设置自定义主题(my_theme)，简化代码，统一主题，方便绘制其他图形使用；
3. 使用 annotation_custom() 添加子图；
4. 使用 ggforce 包中的 geom_regon() 函数绘制修饰图形；
5. 使用 expression() 函数添加带有特殊符号的公式。

C

主要知识点

• 学会转化数据为图形所需的数据格式；
• 学会绘制三变量的箱线图；
• 学会绘制带抖动的散点图并修改透明度。

1. 使用基础包的 data.frame() 和 rep() 整理和转化数据；
2. 使用 geom_boxplot() 绘制箱线图并添加第三个变量；
3. 使用 position = position_jitterdodge() 将散点分散展示。

D

主要知识点

• 实现双 Y 轴；
• 学会修改坐标轴为对数尺度；
• 添加坐标轴的微小刻度线。

1. 使用 annotation_custom(ggplotGrob()) 图中添加其他图形；
2. 使用 scale_x_log10() 和 scale_y_log10() 对刻度进行对数变换；
3. 使用 annotation_logticks(sides = "b") 添加 x 轴的 ticks；
4. 使用  scale_y_continuous(position = "right") 改变 Y 轴位置。

E

主要知识点

• 绘制散点图、丝带形状图；
  
• 绘制横向、纵向误差图；
  
• 学会小技巧：展示轴外部的图形。
  
  

1. 使用 geom_point() 绘制散点图， geom_ribbon()绘制丝带形状图；
2. 使用 stat_function() 添加函数曲线；
3. 使用 geom_errorbar() 和 geom_errorbarh 添加误差棒（纵向与横向）；
4. 使用 coord_cartesian(clip = "off") 允许展示外轴的图形。

F

主要知识点

1. 使用 annotation_logticks() 添加对数刻度。
2. 使用 scale_size()修改散点的大小范围；
3. 使用 viridis 包中的配色样式 scale_fill_viridis()；
4. 使用 theme(legend.position = )修改图例位置。

参考资料

[1]

GitHub - marco-meer/scifig_plot_examples_R: Scientific publication figure plotting examples with R: https://github.com/marco-meer/scifig_plot_examples_R