以下是我的以下经验，仅供参考而已。
出现此情况大多原因是使用了多线程编程，或者你所调用的dll使用了多线程。
我们知道，一般情况下的线程执行完指定的任务之后是会关闭了的，但是如果对于一些循环类线程，或者忘记关掉的线程时，这个时候就需要我们手动将之强制关闭。用以下三个中的一个即可尝试强制关闭线程。
Application.ExitThread();
//退出当前线程上的消息循环，并关闭该线程上的所有窗口。
System.Environment.Exit(0);
//终止当前进程并为基础操作系统提供指定的退出代码
Process.GetCurrentProcess().Kill();
//终止当前正在运行的线程
但是这些方法都是强制关闭，那么我们如何使用Application.Exit();正常的关闭整个程序呢？这个时候我们要引用下微软对Application.Exit();的解释了
Application.Exit();
// 方法停止在所有线程上运行的所有消息循环，并关闭应用程序的所有窗口
我们看的非常清楚，停止在所有线程上运行的所有消息循环，既然是所有，那又为何关闭不掉呢？
这里我们要搞清楚一点的就是，新开的进程属于另一个domain(域)，你要搞清楚的是进程不等于线程，application.exit();是关闭当前进程的所有线程，不能关闭它创建的进程。新进程和本进程无任何关系。所以，我们可以这样理解Application.Exit();
Application.Exit();
// 方法停止在当前进程上的所有线程上运行的所有消息循环，并关闭当前进程上的应用程序的所有窗口。
所以，我们要想在当前进程上使用Application.Exit();关闭其他进程，就要把其他的进程设置为当前进程的后台进程(IsBackground)，而当在主线程中创建了一个线程时，那么该线程的IsBackground默认是设置为FALSE的。当主线程退出的时候，IsBackground=FALSE的线程还会继续执行下去，直到线程执行结束。只有IsBackground=TRUE的线程才会随着主线程的退出而退出。
当初始化一个线程，把Thread.IsBackground=true的时候，指示该线程为后台线程。后台线程将会随着主线程的退出而退出。 因此我们在创建完进程之后要在后面加上一句：
IsBackground=true;
然后它才可以被当前进程所控制，然后才可以用Application.Exit();结束。
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