前提：本人来自中国科学院大学，目前研一在读，利用云服务器学习linux系统，掌握生物信息学并且完成简单的基因家族分析，通过阿里云的官网了解到“飞天加速计划·高校学生在家实践”活动，了解了命令行的作用及linux系统的强大。
part1.云服务器的使用技巧
云服务器的使用十分简单便捷，随时随地都能打开电脑登录linux进行工作，甚至在手机上都能完成。也可以避免在电脑上装载虚拟机所带来的负荷。阿里云的云服务器使用起来相当方便快捷，只需更改密码，不需要其他多余的操作。在MAC电脑中利用终端ssh连接即可使用，非常的方便。这对我学习linux系统提供了极大的帮助，短短的两周完成几个生信小projects还是非常的有成就感。
part2.未来展望
随着后基因组时代的到来，处理各类基因组也成为了生物学科不可或缺的必要操作，生物信息也是一门大数据的整合学科，结合了计算机和生物知识，采集、处理数据时也离不开服务器的使用，帮助我们更快的分析数据，阿里云服务器解决了安装虚拟机复杂困难的问题，为广大学子提供了一个优秀学习平台。
part3.利用云服务器完成一个简单基因家族分析
基因家族的基因在物种之间都是比较保守的，通过基因家族分析可以得到某物种特有的基因家族，这些基因可能与该物种的某种特性有关，本文利用云服务器完成大豆、芝麻、拟南芥的基因家族分析。
1.linux生物学软件准备：conda、blast、seqtk
在官网中下载linux版本的anaconda后配置镜像源
vi .condarc配置镜像源 #利用conda下载blast和seqtk conda install blast conda install seqtk
2.完成一个简单基因家族分析
step1.通过文献网上下载拟南芥FAD4基因作为query.fasta,拟南芥、芝麻、大豆要比对的基因序列*.fasta
less atha.fasta #/查找拟南芥基因名将相关FAD4基因提取出来作为query.fasta cat atha.fasta gmax.fasta sind.fasta >all.fasta#将三个文件内容合并，一起与三个基因组进行比较
step2.blsat文库的构建
makeblastdb -dbtype prot -in all.fasta -out all
利用blsat进行局部比对
blastp -query query.fasta -db all -out blast.out -evalue 1e-10
step3.得到比对的结果blast.out，利用grep命令和awk命令从比对的结果中提取序列id
grep -v '#' blast.out|awk '$3>50&&$11<1e-30{print $2}'|sort|uniq>protein_ids.txt
step4.利用seqtk提取蛋白序列
seqtk subseq all.fasta protein_ids.txt>result.fasta
step5.将比对的结果从云服务拖到本地中，使用mega文件构建进化树
以上完成了一个简单基因家族的分析，可以在进化树中看到这几个基因与拟南芥的FAD4基因有着亲缘关系。
