Python学习笔记丨生信分析的另外一把刷子

简介: Python学习笔记丨生信分析的另外一把刷子

分享一个小故事:以前自己做早餐,煮个荷包蛋,每次把蛋放入水中的时候,蛋就散了,尝试把火开小点,或者水放多点,几次努力都不成功,最后都变成了蛋花汤了,我逐渐也就没有了兴趣。

后来,有一次在路边吃早餐,发现早餐摊有卖荷包蛋,我就去问老板娘,怎么样煮,荷包蛋不散呢。老板娘告诉我,先在水里放点糖,然后再把蛋放进去。我回家后尝试,真的成功了。

联想到我们的学习,困扰我们很久的东西,或许并不复杂,可能只需要一个小小的技巧,就解决了,只是我们还没遇到教你煮荷包蛋的人——Python

----故事来源于网络


Python学习笔记

生物信息数据分析目前主流的工具是Python和R语言,有了这两把刷子,对提高生产力具有极大的促进作用。本系列学习笔记从Python基础入门开始,即使没有以前没有任何Python经历也能看懂,学习笔记来自于个人总结的重点内容,只取核心关键点,并非全能教科书,希望能对你有所帮助。

学习笔记的素材和资料来自于书籍、论坛、网站、博客等渠道,仅做学习交流使用,遵守CC BY 4.0许可协议,如有侵权请后台联系删除。

软件安装与环境搭建

对于Python的下载和安装,这里就不过多赘述了(百度一下就有),这里主要说明一下目前笔者使用的4款IDE(集成开发环境,相当于Python是个发动机,但是不能直接驾驶发动机,因此需要IDE来日常使用,就好比汽车一样)。

  • Pycharm:主流的Python开发环境,个人感觉功能比较多,略显复杂,适合Python项目的开发,但对数据分析来说,个人使用感觉不是很顺手。

  • spyder:笔者使用的是anaconda集成的spyder,个人比较推荐,因为它和Rstudio很相似,坐边是代码区域,右上角会实时显示变量的值和类型,方便查看,右下角输出窗口,通过设置可以像Rstudio一样按行执行代码,用起来顺手。

  • Rstudio:在Rstudio中设置Python的解释器,便可以使用其进行Python脚本编写,笔者感觉这个方式也很不错,如果以前对R语言本身很熟悉,那么用起来会更顺手。

  • VScode:得益于丰富的插件,vscode中可以进行R语言、python等多种操作,个人感觉使用起来效果也不错,功能比较多,和pycharm类似。

总的来说,我感觉spyder和Rstudio更适合生信分析数据处理任务,而另外两个可以将python发挥更多的作用,但是随之学习成本也会提高。另外,推荐使用anaconda来管理环境,好用!


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