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上次通过deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature ！学会了如何利用deconstructSigs-R包进行mutation signature分析。
在文章最后利用每个样本的96种三碱基类型在最后绘制了柱形图，本文利用同样的数据绘制乐高图，下图为文献插图
一 mutation signature分析
快速实现mutation signature分析，得到每个样本的三碱基序列结果，详细参数详见deconstructSigs|探寻cosmic的独特“气质”-mutation signature ！
library(deconstructSigs) #查看数据 head(sample.mut.ref) # Convert to deconstructSigs input sigs.input <- mut.to.sigs.input(mut.ref = sample.mut.ref, sample.id = "Sample", chr = "chr", pos = "pos", ref = "ref", alt = "alt") # Determine the signatures contributing to the example sample1 sample_1 = whichSignatures(tumor.ref = sigs.input, signatures.ref = signatures.cosmic, sample.id = 1, contexts.needed = TRUE, tri.counts.method = 'default') #输出tumor的三碱基序列百分比 sample_1$tumor
二 搭“乐高”
利用上部分得到的三碱基序列比例进行绘制：
需要注意的自己的数据与COSMIC数据的顺序要相同 ！
library(barplot3d) # Read in COSMIC signature probabilities x=system.file("extdata", "signature_probabilities.txt", package = "barplot3d") sigdata=read.table(x,header=TRUE,stringsAsFactors = FALSE) # 输入文件的顺序必须与此一致 cat(sigdata$Somatic_mutation_type,sep="\n") #使用自己的数据绘制乐高图 legoplot3d(contextdata=sample_1$tumor,labels=FALSE,scalexy=0.03)
#参数调整 legoplot3d(contextdata=sample_1$tumor,labels=FALSE,scalexy=0.01,sixcolors="broad",alpha=0.4)
scalexy：适当调整获得适当缩放的图像；
alpha：柱子的透明度；
sixcolors：默认颜色与Sanger的signature一致，可以设置为原始的Broad Institute颜色，也可以其他6种颜色。
对了，图是3D的，可以自己转，，，
