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发表了文章 2023-06-15
拿到基因表达矩阵之后的那点事(二)
上次说了除了FPKM/RPKM标准化，我们可以直接拿原始Counts去进行差异分析，基于Deseq2、edgeR、limma三个包简单介绍一下分析流程。其中edgeR包在无生物学重复的研究中也用的较多~~
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发表了文章 2023-06-15
利用Typora+码云来搭建你的个人图床
图床一般是指储存图片的服务器，有国内和国外之分。国外的图床由于有空间距离等因素决定访问速度很慢影响图片显示速度。就是专门用来存放图片，同时允许你把图片对外连接的网上空间，不少图床都是免费的。
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发表了文章 2023-06-15
Learn R package together--(2)
介绍俩个小众但实用的包wherepackage、rPlotter
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发表了文章 2023-06-15
扩增子测序中OTU表进行抽平的两种方式
A random rarefaction of sample reads according to a specific reads length (usually the smallest value) should be performed firstly for downstream analysis.
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发表了文章 2023-06-15
宏基因组之物种注释（基于nr库）
昨天下午捣鼓了一下宏基因组物种注释过程(基于nr库)，现在将整个流程记录一下。 软件需求：blast，diamond，taxonkit(安装自行百度)
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发表了文章 2023-06-15
宏基因组之基因预测
12年有篇BMC的文献对几款预测的软件做了评估，其实参考大多数的文献中最常见的俩个软件也就是Prodigal和Metagenemark这俩个软件，分析过程中我这俩个软件都感受一下，现在将过程记录一下~~有兴趣的话可以看看这篇文献哦。
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发表了文章 2023-06-15
Seqtk、Seqkit两个处理fa/fq神器的学习记录
Seqtk、Seqkit两个处理fa/fq神器的学习记录
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发表了文章 2023-06-15
python脚本系列-两列数据互相转化
python脚本系列-两列数据互相转化
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发表了文章 2023-06-15
拿到基因表达矩阵之后的那点事(一)
做转录组一般拿到基因表达矩阵之后工作即可开始做差异分析，在此之前还有一步就是对矩阵做标准化，常见的几种RPKM、FPKM、TMM等，虽然RPKM、FPKM方法被吐槽的尤为厉害，但是大多数测序公司给出的结果依然还是很多在使用这种方法，这里我还是以RPKM作为演示。
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发表了文章 2023-06-15
群落堆叠柱状图+冲击图绘制
群落堆叠柱状图+冲击图绘制
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发表了文章 2023-06-15
Shell之小tip (1)
Shell之小tip ：1. 查看服务器的基本信息。2.后台运行任务。3. find的一些用法。4.文件压缩打包5.sed、grep、awk三剑客。
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发表了文章 2023-06-15
Learn R package together--(1)
ggrepel包 此包可解决标签重合问题
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发表了文章 2023-06-15
谈谈转录组测序基础知识及常见问题
转录组基础知识
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发表了文章
2023-06-16
R语言绘制组间比较散点图并自动添加P值信息
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发表了文章
2023-06-16
利用abbrevr包批量输出期刊缩写
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发表了文章
2023-06-16
利用massdatabase包提取物种KEGG通路与基因/化合物对应信息
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发表了文章
2023-06-16
基于GO-Figure快速绘制GO富集气泡图
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发表了文章
2023-06-15
一个轻量级绘制热图的R包-HeatmapR
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发表了文章
2023-06-15
分级KEGG富集pathway图绘制
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发表了文章
2023-06-15
学会这三个包，搞定R中的正则
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发表了文章
2023-06-15
SFINX: 一个基于Shiny部署的鉴定蛋白互作关系平台
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发表了文章
2023-06-15
微生物组(16S rRNA)数据分析套件PMS尝鲜
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发表了文章
2023-06-15
Robust火山图：一种含离群值的代谢组数据差异分析方法
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发表了文章
2023-06-15
GSEA会用了，来了解下DGSEA？
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发表了文章
2023-06-15
MonaGO：一款新颖的交互式富集分析web工具
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发表了文章
2023-06-15
基于R语言绘制Network几种方式
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发表了文章
2023-06-15
利用MAGeCK算法处理CRISPR Screen数据
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发表了文章
2023-06-15
一条命令行区分Contigs中的真核原核序列
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发表了文章
2023-06-15
DiVenn一款用于比较基因列表的交互式Venn图绘制工具
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发表了文章
2023-06-15
基于R筛选过滤低丰度物种的几种方式
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发表了文章
2023-06-15
ggpattern包-基于几何图案或图像的自定义填充
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发表了文章
2023-06-15
R可视化学习-- (8) 环形柱状图
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发表了文章
2023-06-15
如何使折线图的线条纵享丝滑？
