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转录组数据分析

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biostarhandbook|你真的懂mRNA-seq数据分析了嘛?
RNA-seq数据分析 mRNA-seq是目前最常用的高通量测序技术,一般的用法就是看看基因表达谱,寻找差异表达的基因。我和高通量测序数据分析结缘,也是因为RNA-seq。 一开始我对mRNA-seq数据分析一无所知,跑了"tophat+cufflinks"的流程也不知道每一步的原因,把“RNA-seq data analysis:A pratice approach” 看了好几遍,也是云里雾...
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每日文献:2018-01-09
PIVOT:转录组数据整合分析和可视化平台 原标题:platform for interactive analysis and visualization of transcriptomics data 原文地址: https://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-017-1994-0 转录组分析是目前可以...
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MaxCompute分布式计算如何提升基因大数据处理速率?
在2016杭州云栖大会首日,来自华大基因的基因组学数据专家黄树嘉在大数据专场分享了《基于数加MaxCompute的极速全基因组数据分析》,他主要从全基因组测序的背景与原理、传统单机分析流程的挑战、基于MaxCompute的方案三个方面进行了分享,详细介绍了华大基因运用阿里云处理海量的实践。 以下内容根据演讲PPT及现场分享整理。 什么是基因 基因是生命的基本因素,是人类和其他生物的基础遗传...
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三代转录组系列:使用Cogent重建基因组编码区
尽管目前已测序的物种已经很多了,但是对于一些动辄几个G的复杂基因组,还没有某个课题组有那么大的经费去测序,所以仍旧缺少高质量的完整基因组,那么这个时候一个高质量的转录组还是能够凑合用的。 二代测序的组装结果只能是差强人意,最好的结果就是不要组装,直把原模原样的转录组给你是最好的。PacBio Iso-Seq 做的就是这件事情。只不过Iso-Seq测得是转录本,由于有些基因存在可变剪切现象,所以所...
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ATAC-Seq 数据分析(上)
背景: 染色质和染色体的结构和功能 每一条染色单体由单个线性DNA分子组成。细胞核中的DNA是经过高度有序的包装,否则就是一团乱麻,不利于DNA复制和表达调控。这种有序的状态才能保证基因组的复制和表达调控能准确和高效进行。 包装分为多个水平,核小体核心颗粒(nucleosome core particle)、染色小体(chromatosome)、 30 nm水平染色质纤丝(30 nm fibre...
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生物医学大数据:现状与展望
大数据 (big data) 是指由于容量太大和过于复杂,无法在一定时间内用常规软件对其内容进行抓取、管理、存储、检索、共享、传输和分析的数据集。 大数据具有“4V”特征:①数据容量 (Volume) 大,常常在 PB(1 PB=250 B)级以上;②数据种类 (Variety) 多,常常具有不同的数据类型(结构化、半结构化和非结构化)和数据来源;③产生和更新速度 (Velocity) 快(如...
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寻找新冠致重症因素,如何通过云计算将分析时间缩短80%以上?
国内疫情稍有缓和,但公共科研机构与病毒间的战争从未停止。科研人员与医疗工作者们依然在日以继夜地研究着这名“对手”,追溯它从何而来、如何“作恶”,我们又能如何消灭它。科技早已作为科研人员的后盾,他们背后有无数的计算力在为分析病毒而跳动着。 在这些与病毒持续搏斗的科研机构中,就有中山大学医学院,这也是疫情期间阿里云提供免费算力支持的机构之一。 中大医学院尝试寻找致重症的因素 在国内疫情肆虐之际,中山...
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AI在医疗领域的应用 | “AI+传统行业”全盘点
在医学领域,人工智能应用于哪些领域? 对此,斯坦福大学生物医学信息学负责人Russ Altman博士认为,“机器学习和神经网络在发现大型生物数据库的规律时是非常有用的。” 那么,数据充裕的地方,人工智能才有可能插足。目前,医学领域中,AI涉足最多的几个领域包括: 精准医疗:基于“组学(omics)数据”,包括基因组学、基因转录组学、蛋白质组学、代谢组学等。 辅助诊断:基于病历、文献等医疗...
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Rosalind工具库:寻找motif的MEMEsuite
在做数据分析时,有两种解决问题的策略,一种是自己写代码处理数据,一种是用开源在互联网的工具。 如果你代码写的贼流,并且嫌弃已有工具质量不够,那么在空闲的时候开源自己写一个。如果你对代码还不够熟练,或者是一个常规的数据分析任务,那么我建议你使用别人已经写好的工具,将这些工具进行组合处理大任务中的不同部分。 Rosalind兵工厂这一部分主要介绍了常见数据格式以及处理这些数据的工具。我建议先学会用轮...
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RNACocktail安装笔记
前段时间,估计2个月之前了吧,Nature Commnication 上发了一篇史上最强RNA-Seq数据分析测评文章,本来一直想介绍一下的,但是尴尬的是实验室一直没来RNA-Seq数据让我分析,所以就一直没写文章提供的"RNACocktail",现在终于能够写一下如何布置RNACocktail的工作环境了。 官方地址:【https://bioinform.github.io/rnacockta...
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