• [python爬虫]Selenium定向爬取PubMed生物医学摘要信息

    在生物医学本体Ontology构建过程中,我使用Selenium定向爬取生物医学PubMed数据库的内容。PubMed是一个免费的搜寻引擎,提供生物医学方面的论文搜寻以及摘要。它的数据库来源为MEDLINE(生物医学数据库),其核心...
    文章 2015-12-06 6664浏览量
  • 利用大数据发现隐匿的技术天才

    此外,TalentBin 的数据库产品甚至还涉猎了各种非社会化数据,比如美国专利数据库、开源电子邮件列表服务和 PubMed 生命科学作者身份数据库等。每周,TalentBin 的数据库中还会新增1万条记录。用这种方法,TalentBin...
    文章 2017-04-26 1912浏览量
  • 生物信息学数据库分类概览

    1.Meta databases元数据库&xff0c;合并不同来源的相关数据以更新的或更加方便的形式提供新的数据&xff0c;通俗的讲就是数据库数据库&xff0c;代表性的数据库主要有以下几个&xff1a;ConsensusPathDB 网址&xff1a;...
    文章 2021-12-08 142浏览量
  • Rosalind工具:Entrez搜索NCBI资源

    蛋白质数据库中心UniProt提供了蛋白详细的注释,如功能描述,功能与结构,翻译后修饰。它还支持蛋白相似性搜索,分类分析和文献引用等。已知给定一个uniprot id,可以通过链接...
    文章 2018-03-27 1261浏览量
  • GENIA项目-GENIA语料

    它的数据库来源为MEDLINE。其核心主题为医学,但亦包括其他与医学相关的领域,像是护理学或者其他健康学科。它同时也提供对于相关生物医学资讯上相当全面的支援,像是生化学与细胞生物学。该搜寻引擎是由美国国立...
    文章 2017-11-27 2131浏览量
  • 基因搜索:个性化医疗领域必将诞生谷歌

    大多数这类公司都集中资源致力于无缝编译从其他网络数据库中补充特定的突变信息,如生物医学研究档案PubMed或各种搜集来的电子医疗记录。许多这些工具都用精细的算法来优化结果的可信度和相关性。“你希望能够将某个...
    文章 2017-05-02 1062浏览量
  • 年度回顾:各类监督方法流行趋势分析

    Cox回归在PubMed数据库中也非常流行,因为它常用于分析Kaplan-Meier生存数据。在计算机科学中使用的模型 从dblp中检索到,计算机科学书目中最受欢迎的五个模型是: 神经网络:63,695(68.3%)篇论文;深度学习:10,...
    文章 2018-12-31 1189浏览量
  • 无需「域外」文本,微软:NLP就应该针对性预训练

    一个生物医学相关的数据库&xff09;提供的出版物&xff0c;涵盖了诸如关系提取、句子相似度和问题回答等任务&xff0c;以及诸如是/否问题回答等分类任务。为了计算总结性分数&xff0c;BLURB中的语料库按任务类型分组&xff0c;并...
    文章 2022-01-09 61浏览量
  • biostar handbook(四)|生物数据及其下载和基本操作

    2017/11/9 第一版:生物数据库,基本数据类型(genbank,fasta/fastq),数据上传站点 2017/11/12 第二版:如何利用esearch,efecth快速获取SRR序列号 生物数据库 目前绝大部分数据由NCBI,EMBL-EBI,DDBJ三大机构托管...
    文章 2017-11-09 1716浏览量
  • 资源|从医疗语音到灾难响应,这八大优质数据集快抱走

    为了进一步保障细胞核表征的丰富性,这个数据库囊括了乳腺、肝脏、肾脏、前列腺、膀胱、结肠和胃等的良性和病变样本。数字显微组织的核分割图像可为计算病理学中的提取核形态测量和其他分析提取出高质量的特征。诸如...
    文章 2018-05-23 1201浏览量
  • BioPython安装与入门

    处理常见的生物信息学在线数据库的代码&xff1a;NCBI – Blast,Entrez和PubMed服务ExPASy – Swiss-Prot和Prosite条目,包括Prosite搜索常见生物信息学程序的接口&xff0c;例如&xff1a;NCBI的Standalone BlastClustalw比对...
    文章 2021-12-07 58浏览量
  • 《大数据、小数据、无数据:网络世界的数据学术》一 3...

    为进一步支持商业活动、提供参考文献数据库等新型信息服务,Telenet和Tymnet等并行式商业化分组交换网络开始给私营企业提供商业通信(Borgman,Moghdam,and Corbett 1984;Borgman 2000)。在国家信息基础设施标准...
    文章 2017-09-08 1418浏览量
  • AI提高药物发现效率|ML,Supercomputers and Big Data

    例如PubMed上同行评审的生命科学文章的大量数据库。我们生活在所谓的“信息爆炸”时代。仅在过去两年中就创造了90&xff05;的数据&xff0c;我们目前每天产生大约2.5艾字节或2.5×1018字节。然而&xff0c;大部分数据是分散...
    文章 2021-12-08 32浏览量
  • 论文造假被AI抓:机器学习检测出4000多论文造假,一年...

    在撤稿观察的数据库中,有18000份研究论文被撤回(最早可追溯到20世纪70年代),其中,317篇被撤回论文进行了图像篡改,约占整体论文的1.7%。宾夕法尼亚大学生物工程副教授Arjun Raj早在2012年就指出,平均一篇生物...
    文章 2018-11-12 2830浏览量
  • [Git]写文章 史上最全文献检索、阅读及管理攻略

    首先,我认为需要常备几个体量大、文献全的数据库,有针对性找哦!下面列出了一些适合所有专业常用的文献查阅地址: 1、Semantic scholar 微软联合创始人Paul Allen投资开发的新一代学术搜索引擎,几乎80%的文章都...
    文章 2017-06-22 1525浏览量
  • 如何系统学习知识图谱-胖子哥的实践经验分享

    NLM 应用UMLS 的系统和项目主要有PubMed,提供对Medline 和其他相关数据库的免费检索;NLM Gateway,提供对NLM 多个系统的集成检索,包括Medline、OLD Medline、LocatorPlus、PubMed、AIDS Meetings、HSRProj 和...
    文章 2018-03-06 4554浏览量
  • 《大数据原理:复杂信息的准备、共享和分析》一一2.3...

    在已发布的LSID标识符中,各个组成部分由冒号分隔开,如urn:lsid:pdb.org:1AFT:1,这个标识1AFT蛋白在蛋白质数据库的第一个版本。其他LSID如: 标识一个PubMed的引用。标识基因库中一个条目的第二个版本。对象标识符...
    文章 2017-08-02 1581浏览量
  • 如何用VOSviewer分析CNKI数据

    我们到CNKI数据库里找找看。在CNKI首页,以“VOSviewer”作为主题词检索。获得了以下结果。image 看来将VOSviewer作为研究工具的论文还真不少呢。我们从标题寻找其中更有可能使用中文文献数据的论文,于是找到了这篇...
    文章 2017-11-12 2896浏览量
  • 机器学习先驱 Michael I.Jordan 清华演讲:更好的分布...

    在 5 年以前,乔丹教授就认为,统计或者机器学习需要更加深入的与计算机科学系统和数据库接触,并不仅仅与具有人工智能的人。这一直是过去的几十年里正在进行的,并且直到现在仍然保持着“机器学习”的热点。在当时...
    文章 2017-08-01 1200浏览量
  • IBM Watson能否提高研发回报?

    Gold指出医疗机构可以选择将内容限定在Pubmed数据库或者Medline数据库,将搜索的范围限定为帕金森综合症。IBM的挑战:给Watson足够多的知识和内容,扩展更多的行业用例并且让Watson的使用变得更像是一个“交钥匙”...
    文章 2017-08-10 1301浏览量
  • AAAI|联合建模医学命名实体识别和标准化的神经多任务...

    NCBI疾病语料由793篇PubMed摘要组成&xff0c;这些摘要又分为训练&xff08;593&xff09;验证&xff08;100&xff09;和测试&xff08;100&xff09;子集。NCBI疾病语料使用MeSH或OMIM中的概念标识符&xff0c;用疾病提及进行注释。3.2 ...
    文章 2021-12-10 38浏览量
  • Genome Biology|建立预测疾病miRNA的benchmark

    其中dbDEMC是关注人类癌症的miRNA差异表达中规模是最大的数据库。为了评估使用HMDD v2.0数据训练的36个预测模型是否也能在异构的dbDEMC数据集上表现良好&xff0c;作者还在HMDD v2.0没有覆盖的dbDEMC记录上测试了预测...
    文章 2021-12-09 62浏览量
  • 【NIPS挑战赛优胜解】用机器学习判断基因变异所属类别

    在特征工程的过程中,为了解决别名的问题,我们还利用了额外的数据,包括PubMed上相关文章的题目和摘要,以及一些额外的基因和变异的名称。我们后面会写一篇学术文章详细介绍各个环节。该竞赛吸引了全球超过1300个...
    文章 2017-11-06 1294浏览量
  • 提到强化学习只知道AlphaGo?其实,RL在工业界还有...

    使用机器学习正在变得更容易,不过对于数据科学家而言,选择一个合适的模型或模型架构依然有点难度。随着深度学习更多地为数据科学家和机器学习工程师所用,能帮助人们搭建、调整神经网络架构的工具已经成了热门...
    文章 2018-01-01 1674浏览量
  • 【纯·干货】你会用到的期刊读Paper发论文写论文必备...

    ScienceDirect数据库是目前国内使用频率最高的外文全文数据库之一&xff0c;提供了2500多种期刊和30000多种图书、参考工具书、手册。好像是不需要FQ就能进去检索。6.SCI科学引文索引美国《科学引文索引》(Science ...
    文章 2021-12-21 118浏览量
  • Python【8】-分析json文件

    Python标准collections对一些数据结构进行了拓展操作,使用起来更加便捷,其中defaultdict可以给字典赋值默认value。from collections import defaultdict,Counter def countZone(timezones): count_zone=...
    文章 2017-11-15 1271浏览量
  • 【Science】算法揭秘深度学习大牛,谁影响了谁?

    传统的做法是计算论文被引用的次数,而这个数据也成了学术界评价论文的核心标准,汤森路透、Elsevier等数据库都有自己的排名。但是,并不是所有的引用都是一样的——作为整篇论文的的灵感源泉被引用和仅仅在实验方法...
    文章 2017-08-02 1208浏览量
  • Commun.Biol.|人工智能加速抗生素发现

    在线数据库中已经有400多个不同的测量方法&xff1b;对于小分子药物&xff0c;有计算和压缩量子力学推导出的描述符来表示拓扑性质的方法。然而&xff0c;测量得到的数据不一定能准确地表示分子。这催生了一系列研究&xff0c;将...
    文章 2021-12-11 69浏览量
  • 利用python做数据分析 札记(二)

    {‘gr’:‘MA’,‘u’:‘http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22415991‘,‘cy’:‘Danvers’,‘h’:‘wfLQtf’,‘hh’:‘1.usa.gov’,‘r’:‘http://www.facebook.com/l/7AQEFzjSi/1.usa.gov/wfLQtf‘,‘a’:...
    文章 2016-11-03 947浏览量
  • Google如何识别重复内容的主要版本

    例如在线数据库&xff0c;网站和图书馆数据系统&xff09;中识别文档的不同版本。对于每个文档版本&xff0c;将基于以下条件选择权限的优先级&xff1a;xff08;1&xff09;与文档版本关联的元数据信息&xff0c;例如来源独家出版权许可...
    文章 2021-11-23 55浏览量
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