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    DNA序列数据库是什么

    的搜索结果
  • Rosalind工具库:使用Biopython处理生物数据

    DNA互补链 Complementing a Strand of DNA 根据Waston和Crick的双螺旋学说,DNA是存在两条链,并且根据A-T, C-G反向互补。 由于DNA存在两条链,因此在分析基因组DNA序列时,我们需要要对这两条链分别处理。处理这个任务的工具有很多种,比如说EMBO...

    文章 徐洲更 2018-04-05 832浏览量

  • DNA条形码技术如何预防食物中毒爆发

    2012年美国沙门氏菌(salmonella)爆发导致数百人患病,美国食品和药品监督管理局(FDA)迅速从受污染的寿司级金枪鱼(用来生吃的)中分离出了致病的沙门氏菌菌株,并且追溯到了位于印度的鱼肉加工厂(不出意料地,FDA在该厂发现了10处卫生疏忽,其中有四处情节十分恶劣)。(译者吐槽:印度啊同学...

    文章 小旋风柴进 2017-05-02 927浏览量

  • 为了部落 - 如何通过PostgreSQL基因配对,产生优良下一代

    引言 PostgreSQL凭借良好的扩展性,不仅仅是一个数据库,更是一个有非常强大的数据处理能力的数据平台。很多垂直行业的用户拿它来做各种和业务贴合非常紧密的事情。 本文给大家分享的是PostgreSQL在生命科学领域的应用案例 - 基因工程。 通常的思维可能是这样的,把数据存在数据库,需...

    文章 德哥 2016-06-21 4330浏览量

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  • Bioconductor的数据类型

    Introduction to Bioconductor for Sequence Data 在院士组轮转的时候,由于没人安排我去做什么,我也不懂怎么和别人交流,于是那些日子就在翻译Biocondutor的教程中度过。本文为我学习Bioconductor所写的第一篇学习笔记。说是学习笔记,差不多等...

    文章 徐洲更 2018-01-16 924浏览量

  • biostar handbook(十)|如何进行变异检测

    变异检测流程 什么是基因组变异 基因组变异是一个定义比较模糊的概念. 所谓的变异是相对于一个完美的“参考基因组”而言。但是其实完美的“参考基因组”并不存在,因为我们只是选择某一个物种里的其中似乎比较正常的个体进行测序组装,然后基于它进行后续的研究。简单的说,参考和变异是相对而言,变异也可能完全正...

    文章 徐洲更 2018-02-05 915浏览量

  • “精确医学”须谨慎解读

    【编者按 美国于2015年年初提出的“精确医学”计划倍受世界各国关注。有消息称,我国的相关计划将在今年下半年或明年启动。对此,中科院上海生命科学研究院吴家睿研究员近期撰文指出,“精确医学”是一个有着丰富内涵的复杂概念,需要人们认真地思考和小心地解读。当前,亟需我们明晰的两个问题是:为何要在此时启动...

    文章 小旋风柴进 2017-05-02 1136浏览量

  • 开源项目OpenGene发起人:用“互联网+基因技术”改变肿瘤的诊断与治疗

    随着雾霾话题的讨论越来越深入,关于医疗实践的探讨不绝于耳。 海普洛斯联合创始人兼CTO陈实富在云栖TechDay的分享非常有意义,聚焦如何利用互联网+基因技术进行液体活检和精准分析,进而改变肿瘤的诊断与治疗。陈实富是NVIDIA高级工程师,GPU计算专家,目前主攻肿瘤基因测序和数据分析,申请有十...

    文章 场景研读 2016-12-21 7710浏览量

  • 从基因组溯源人类进化史

    每一天,我们的DNA都有一些突破。我们活着的时候,特殊的酶让我们的基因组不受损伤,但我们死后,氧一旦耗尽,就不会再有修复活动了。化学损伤不断积累,分解也开始出现独有的萎陷:薄膜溶解,酶泄漏,细胞增殖。还有多久DNA就会全部消失? 自从发现纤小的分子后,大多数科学家们就假定,死人的DNA不可避免地...

    文章 小旋风柴进 2017-05-02 742浏览量

  • GTC2018参会小结

    作为阿里新人职场旧人第一次参会,之前工作局限于GPU下游和底层,跟硬件和驱动打交道比较多,如今参加GTC有机会抬头看看,近距离接触蓬勃朝气的新技术新领域,感受到了如日中天的人工智能,各种机器学习,深度学习,自动驾驶,HPC,GPU Cloud,GPU in Container等新技术扑面而来。完全...

    文章 郑晓 2018-04-27 1675浏览量

  • 写在2020:进入“全民”基因组时代,除测序外我们还需要什么?

    从1到1000,从1000到百万 从1900年孟德尔遗传定律被重新发现,到摩尔根的连锁和交换定律,再到1953年沃森(James D. Watson)和克里克(Francis Crick)发现DNA双螺旋结构,在不远的近现代科学史中,人们逐渐揭开自然界丰富多彩生物多样性背后的遗传与演化规律,建立了...

    文章 新燕刀 2020-01-06 372浏览量

  • 如何利用大数据做遗传病智能化诊断?| 硬创公开课

    据OMIM数据库(人类孟德尔病数据库)数据,单基因遗传病的病种数量约有7000种,其中约4000多种致病基因和发病机制比较明确。单基因遗传病单个发病率低,但单基因病种类极多,所以总体发病率高,且具有先天性、致死致残性的特点。 就诊断而言,单基因遗传病涉及多个学科,临床症状复杂,且由于基因的突变具有...

    文章 行者武松 2017-07-03 843浏览量

  • 用Bioconductor对基因组注释

    这一次,我们来聊聊基因组注释。首先问自己一个问题,为什么要进行基因注释。 就我目前而言,它用来解决如下问题: 在mapping-by-sequencing的时候,我找到了一些可能的突变位点,我需要知道这些突变分别是那些基因发生突变,这些突变基因有哪些功能? 差异表达分析之后会得到许多的基因,这些...

    文章 徐洲更 2017-06-18 1133浏览量

  • 每日文献:2018-01-04

    mTM-aligin: an algorithm for fast and accurate multiple protein structure alignment 蛋白结构在进化中更加保守,因此根据多个结构进行比对比仅仅依赖于多重序列联配(MSA)更加有意义,特别是那些远房亲戚。作者看着PDB...

    文章 徐洲更 2018-01-04 784浏览量

  • 《算法导论(原书第3版)》一第1章 算法在计算中的作用 - 1.1 算法

    第1章 算法在计算中的作用 什么是算法?为什么算法值得研究?相对于计算机中使用的其他技术来说算法的作用是什么?本章我们将回答这些问题。 1.1 算法 非形式地说,算法(algorithm)就是任何良定义的计算过程,该过程取某个值或值的集合作为输入并产生某个值或值的集合作为输出。这样算法就是把输入转...

    文章 华章计算机 2017-08-01 1295浏览量

  • 写在2020:进入“全民”基因组时代,除测序外我们还需要什么?

    基因行业是一个天然的大数据行业,一个人的全基因组数据有近200G,随着测序成本的降低,越来越多的物种被检测分析,积累了大量的有价值的数据,这么庞大的数据该如何存储和分析应用,传统的IT设施显然已经不能满足如今的业务需求甚至影响到了业务的发展: 硬件固定资产采购投入大,规模有限,难以满足业务波峰波...

    文章 新燕刀 2020-01-09 350浏览量

  • 写在2020:进入“全民”基因组时代,除测序外我们还需要什么?

    基因行业是一个天然的大数据行业,一个人的全基因组数据有近200G,随着测序成本的降低,越来越多的物种被检测分析,积累了大量的有价值的数据,这么庞大的数据该如何存储和分析应用,传统的IT设施显然已经不能满足如今的业务需求甚至影响到了业务的发展:• 硬件固定资产采购投入大,规模有限,难以满足业务波峰波...

    文章 云小方 2020-01-07 4744浏览量

  • 独家干货|基于大数据的人体组织微结构的解析与构建

    ◆ ◆ ◆ 导读  清华大数据思享会医疗大数据系列之“基于大数据的人体组织微结构的解析与构建”于2016年09月22日下午在清数D-LAB成功举办。 深圳艾科赛龙公司创始人赵小文深刻阐述了医学大数据的技术架构,以及对骨骼、血管等人体组织微结构的量化简析和构建的方法,并将这种方法延展到蛋白结构...

    文章 小旋风柴进 2017-06-01 1359浏览量

  • PgSQL · 案例分享 · PostgreSQL+HybridDB解决企业TP+AP混合需求

    背景 随着IT行业在更多的传统行业渗透,我们正逐步的在进入DT时代,让数据发挥价值是企业的真正需求,否则就是一堆废的并且还持续消耗企业人力,财力的数据。 传统企业可能并不像互联网企业一样,有大量的开发人员、有大量的技术储备,通常还是以购买IT软件,或者以外包的形式在存在。 数据的核心 - 数据...

    文章 db匠 2017-03-08 4113浏览量

  • ApsaraDB的左右互搏术 - 解决企业痛处 TP+AP混合需求 - 无须再唱《爱你痛到不知痛》

    标签 PostgreSQL , HybridDB , HTAP , OLTP , OLAP , 混合场景 , Oracle , 企业痛点 , 数据库痛点 背景 随着IT行业在更多的传统行业渗透,我们正逐步的在进入DT时代,让数据发挥价值是企业的真正需求,否则就是一堆废的并且还持续消耗企业人力,...

    文章 德哥 2017-01-01 4855浏览量

  • 【独家】数据助力罕见病诊疗

    演讲全文: 本次讲座主要分为以下三个方面的内容: 第一,罕见病的定义和理念。 第二,目前诊断治疗现状。 第三,提高罕见病诊断效率的探索。 首先,罕见病容易让大家觉得它是和常见病对立的,是很不常见的疾病,因此便不去关注和重视。但罕见病并不罕见,它并不是医学的名词,其社会含义大于医学含义。最...

    文章 行者武松 2017-04-03 907浏览量

  • 个性医疗:创造性的破坏

    近日,美国国防巨头洛克希德·马丁公司作出最新尝试——与美国圣地亚哥市的遗传信息服务供应商Illumina合作探索根据DNA制定个性化医疗方案。    根据病人的DNA进行“定制医疗”的想法并不新奇,但是上述两家公司雄心勃勃地表示,希望能够为所有人制定出个性化的医疗方案。    洛克希德·马丁公司表...

    文章 小旋风柴进 2017-05-02 1086浏览量

  • 单细胞技术—基因测序新方向

    导读:单细胞全基因组测序技术是在单细胞水平对全基因组进行扩增与测序的一项新技术。它在个别细胞之间的遗传差异表达方面拥有无与伦比的优势,为癌症发生、发展机制及其诊断、治疗提供了新的研究思路并开辟了新的研究方向。 什么是单细胞测序 单细胞全基因组测序技术(MALBAC)是在单细胞水平对全基因组...

    文章 小旋风柴进 2017-05-02 1829浏览量

  • 海量数据+机器学习,会是治疗癌症的新“药方”吗?

    大概几年前,Eric Schadt 遇到一个患有癌症的女人,当时她已经是结肠癌晚期,癌细胞也扩散到了肺部。这个女人来自密西西比州,是一个年轻的寡妇,还要独自抚养两个女儿,作为身处在医疗保障最底层的她,唯一能享受到的医疗保健服务,是得益于他她丈夫去世的抚恤福利——一家只有极少肿瘤医生的部队医院。 这...

    文章 青衫无名 2017-08-01 776浏览量

  • 神经进化是深度学习的未来

    过去几年时间里,我们有一个完整的团队致力于人工智能研究和实验。该团队专注于开发新的进化计算方法(EC),包括设计人工神经网络架构、构建商业应用程序,以及使用由自然进化激发的方法来解决具有挑战性的计算问题。这一领域的发展势头非常强劲。我们相信进化计算很可能是人工智能技术的下一个重大课题。 EC与De...

    文章 【方向】 2018-03-20 3632浏览量

  • 为什么PostgreSQL是"最先进的开源数据库"

    背景 打开PostgreSQL网站,你会看到这样的flag。 The world's most advanced open source database. 那么它从何而来呢? 从个人对数据库的角度,在几个方面来分析一下 一、功能方面 1 数据处理能力 - 高级SQL特性 1、窗口查询 2、...

    文章 德哥 2017-06-12 6044浏览量

  • 基因大数据:畅想农业和健康

      “中关村大数据产业联盟”推出“大数据100分”论坛,每晚9点开始,于“中关村大数据产业联盟”微信群进行时长100分钟的交流、探讨。   主持人:中关村大数据产业联盟 副秘书长 陈新河 主讲人:尹烨 承办:中关村大数据产业联盟   尹烨:华大医学执行总裁。尹烨,1979年生,籍贯山东烟台。200...

    文章 小旋风柴进 2017-04-03 998浏览量

  • 个性化医疗投资笔记

    建议和结论 我们提出“个性化医疗/精准医疗”(PersonalizedMedicine)这一投资主题,我们认为这个投资方向不仅仅是未来3-5年内医药产业界最重要的方向,也是一二级市场在医药领域最重要的投资方向。 个性化医疗现在是全美一二级市场最火的投资主题,然而这个火不是建立在纯概念的基础上,...

    文章 小旋风柴进 2017-05-02 1035浏览量

  • 带你读《数据挖掘导论(原书第2版)》之一:绪论

    计算机科学丛书点击查看第二章点击查看第三章数据挖掘导论(原书第2版)Introduction to Data Mining,Second Edition [美] 陈封能(Pang-Ning Tan)迈克尔·斯坦巴赫(Michael Steinbach)阿努吉·长帕坦(Anuj Karpatne)...

    文章 温柔的养猫人 2019-11-18 977浏览量

  • 转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释

    转录组入门(4):了解参考基因组及基因注释 在UCSC下载hg19参考基因组,我博客有详细说明,从gencode数据库下载基因注释文件,并且用IGV去查看你感兴趣的基因的结构,比如TP53,KRAS,EGFR等等。 作业,截图几个基因的IGV可视化结构!还可以下载ENSEMBL,NCBI的gtf,...

    文章 徐洲更 2017-07-12 1115浏览量

  • 10个大数据案例

    如今全球数据量正迅猛增长,每十八个月总量就会翻上一倍。就在不知不觉之中,我们身边的现实世界已经开始转向由大数据驱动的新时代。在今天的文章中,我将带大家一同回顾十大大数据部署实例。 关于大数据话题的炒作与争论似乎永无停歇,但全球数据量迅猛增长、每十八个月总量翻上 一倍的客观现实却没人能够否认。对这些...

    文章 小旋风柴进 2017-04-03 1007浏览量

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