Ubuntu 18.04 LTS安装配置驱动、CUDA9.1和Amber18 & AmberTools18-阿里云开发者社区

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Ubuntu 18.04 LTS安装配置驱动、CUDA9.1和Amber18 & AmberTools18

简介: Ubuntu 18.04 LTS安装配置驱动、CUDA9.1和Amber18 & AmberTools18
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1. 环境


2. 驱动安装


2.1 驱动下载:https://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/132541/


2.2.删除原有NVIDIA驱动


2.3禁用nouveau


2.4.查询自己的显卡型号


2.5.安装


2.6.检验是否安装成功,命令


3. CUDA9.1安装


3.1 CUDA9.1下载:


3.2 在cuda下载目录下运行终端输入命令安装


3.3 安装补丁:


3.4 设置cuda环境变量


3.5 验证cuda是否安装成功


4. Amber18 & AmberTools18安装


4.1 安装环境依赖


4.2 解压安装包


4.3 配置环境变量


4.4 编译Amber18


(Amber18 的GPU支持的CUDA版本最高为9.2)


1. 环境

硬件:GPU :Quadro P600


系统:Ubuntu 18.04


2. 驱动安装

2.1 驱动下载:https://www.nvidia.com/download/driverResults.aspx/132541/

image.png

2.2.删除原有NVIDIA驱动

sudo apt-get remove --purge nvidia*

2.3禁用nouveau

sudo vi /etc/modprobe.d/blacklist.conf

在最后一行添加

blacklist nouneau

执行

sudo update-initramfs -u

重启

lsmod | grep nouveau # 没输出代表禁用生效,要在重启之后执行

2.4.查询自己的显卡型号

lshw -numeric -C display

显卡:Quadro P600

2.5.安装

sudo chmod a+x NVIDIA-Linux-x86_64-390.46.run
sh NVIDIA-Linux-x86_64-390.46.run
  • 只安装驱动文件,不安装OpenGL文件。这个参数最重要
  • 安装驱动时不检查X服务
  • 安装驱动时不检查nouveau

2.6.检验是否安装成功,命令

nvidia-smi

image.png

3. CUDA9.1安装

Ubuntu18.04默认GCC-7.3.0,由于CUDA 9.1未支持GCC-7,所以需要安装低版本的5或者<= 6.3.0,并设置为默认版本


3.1 CUDA9.1下载:

https://developer.nvidia.com/cuda-91-download-archive?target_os=Linux

image.png

3.2 在cuda下载目录下运行终端输入命令安装

sudo sh cuda_9.1.85_387.26_linux.run

阅读完协议后,选accept,除了安装nvidia驱动和安装NVIDIA_CUDA-9.1_Samples选否,之后全选yes,成功开始安装;

3.3 安装补丁:

sudo sh cuda_9.1.85.1_linux.run

3.4 设置cuda环境变量

利用: vim ~/.bashrc 命令打开~/.bashrc文件,写入下面的内容

#CUDA9.1
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda-9.1
export PATH=/usr/local/cuda-9.1/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-9.1/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH="/usr/local/cuda-9.1/lib:${LD_LIBRARY_PATH}"

保存退出之后,运行: source ~/.bashrc

3.5 验证cuda是否安装成功

cd /usr/local/cuda-9.1/samples/1_Utilities/deviceQuery
sudo make
./deviceQuery

最后出现:Result = PASS 即可。 deviceQuery, CUDA Driver = CUDART, CUDA Driver Version = 10.0, CUDA Runtime Version = 9.1, NumDevs = 1 Result = PASS


4. Amber18 & AmberTools18安装

4.1 安装环境依赖

gcc 、g++、gfortran 版本需低于6.0

apt-get install bison bc csh flex gfortran g++ xorg-dev zlib1g-dev libbz2-dev patch python

4.2 解压安装包

tar jxvf AmberTools18.tar.bz2
tar jxvf Amber18.tar.bz2

4.3 配置环境变量

~/.bashrc中加入

vi ~/.bashrc           #打开 bashrc文件
 
#Amber18
test -f /opt/amber18/amber.sh  && source /opt/amber18/amber.sh
export AMBERHOME=/opt/amber18
export CUDA_HOME=/usr/local/cuda
export PATH=$PATH:$CUDA_HOME/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:$CUDA_HOME/lib64
 
 
source ~/.bashrc      #source 后立即生效

4.4 编译Amber18

编译串行版本

cd amber18
 
./configure --no-updates --with-python /usr/anaconda3/bin/python gnu 
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
make clean
make install -j 25
make test

编译并行版本

cd amber18
 
./configure --no-updates --with-python /usr/anaconda3/bin/python -mpi gnu 
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
make clean
make install -j 25
make test

编译GPU版本

cd amber18
 
./configure --no-updates --with-python /usr/anaconda3/bin/python -cuda gnu 
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
make install -j 25
 
./configure --no-updates --with-python /usr/anaconda3/bin/python -cuda -mpi gnu 
test -f /opt/amber18/amber.sh && source /opt/amber18/amber.sh
make install -j 25
 
make test


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