利用open babel产生小分子多重构象的方法有两种:
一,使用遗传算法(遗传算法)进行构象搜索,属于系统式搜索最低能量构象的方法
obabel -L conformer 命令可以详细查看conformer插件的使用方法
以下命令可以为小分子生成20个小分子构象,然后使用-writeconformers参数将所有的构象写成输出结构文件:
obabel ligand.mol2 -O lig_conformers.sdf --conformer --nconf 20 --score rmsd --writeconformers
二,使用Confab进行构象搜索,属于随机性搜索方法
obabel -L confab命令可以查看confab的详细用法
obabel <inputfile> -O <outputfile> --confab [confab options]