UCSF DOCK6.8对接教程之蛋白分子表面和受体空间准备

简介: UCSF DOCK6.8对接教程之蛋白分子表面和受体空间准备

UCSF DOCK6.8对接教程

       DOCK6 是UCSF  (加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请,申请时需要填写真实详细的信息(学校名称、网站地址、导师名称等等)。

DOCK6.8安装

UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件:点击打开链接

准备蛋白质分子的表面文件(Chimera)

打开rec_noH.pdb,Action>Surface>show

Tools>Structure Editing>Write DMS ,保存为rec.dms

image.png

image.png

生成受体空间(DOCK6.8)

INSPH文件放入对接文件夹;

INSPH

rec.dms
R
X
0.0
4.0
1.4
rec.sph

终端输入sphgen,生成OUTSPHrec.sph


目录
相关文章
|
9月前
|
传感器 编解码 人工智能
中科星图——MCD43A4 V6天底双向反射率分布函数调整反射率(NBAR)数据集
中科星图——MCD43A4 V6天底双向反射率分布函数调整反射率(NBAR)数据集
212 8
|
机器学习/深度学习 传感器 算法
支持三维主应力空间中岩石破坏包络线的定量绘制和分析附matlab代码
支持三维主应力空间中岩石破坏包络线的定量绘制和分析附matlab代码
技术好文共享:辅助角公式的几何意义
技术好文共享:辅助角公式的几何意义
|
编解码 计算机视觉
在网格化数据集上轻松执行 2D 高通、低通、带通或带阻滤波器研究(Matlab代码实现)
在网格化数据集上轻松执行 2D 高通、低通、带通或带阻滤波器研究(Matlab代码实现)
161 0
模拟Stevens & Lewis描述的小型飞机纵向动力学的非线性动态反演控制器研究(Matlab代码实现)
模拟Stevens & Lewis描述的小型飞机纵向动力学的非线性动态反演控制器研究(Matlab代码实现)
|
计算机视觉
【状态估计】基于卡尔曼滤波器和扩展卡尔曼滤波器用于 INS/GNSS 导航、目标跟踪和地形参考导航研究(Matlab代码实现)
【状态估计】基于卡尔曼滤波器和扩展卡尔曼滤波器用于 INS/GNSS 导航、目标跟踪和地形参考导航研究(Matlab代码实现)
113 0
|
算法
大气湍流自适应光学校正算法matlab仿真,包括涡旋光束,大气湍流影响,不同轨道角动量OAM态之间的串扰,校正等
大气湍流自适应光学校正算法matlab仿真,包括涡旋光束,大气湍流影响,不同轨道角动量OAM态之间的串扰,校正等
581 0
大气湍流自适应光学校正算法matlab仿真,包括涡旋光束,大气湍流影响,不同轨道角动量OAM态之间的串扰,校正等
|
计算机视觉
UniMatch项目原作解读:统一光流、立体匹配和深度估计三个任务
UniMatch项目原作解读:统一光流、立体匹配和深度估计三个任务
192 0
|
机器学习/深度学习 人工智能 监控
南洋理工提出全场景图生成PSG任务,像素级定位物体,还得预测56种关系
南洋理工提出全场景图生成PSG任务,像素级定位物体,还得预测56种关系
139 0
|
机器学习/深度学习 编解码 人工智能
首篇BEV感知生成工作!BEVGen:从鸟瞰图布局生成环视街景图像
本文提出了BEVGen,这是一个条件生成式模型,它合成了一组真实且空间一致的环视图像,这些图像与交通场景的BEV布局相匹配。BEVGen结合了一种新颖的交叉视图转换和空间注意力设计,学习相机和地图视图之间的关系,以确保它们的一致性。BEVGen可以精确地渲染道路和车道线,以及在不同的天气条件和时间生成交通场景。
首篇BEV感知生成工作!BEVGen:从鸟瞰图布局生成环视街景图像