UCSF DOCK6.8对接教程之蛋白分子表面和受体空间准备

简介: UCSF DOCK6.8对接教程之蛋白分子表面和受体空间准备

UCSF DOCK6.8对接教程

       DOCK6 是UCSF  (加利福尼亚大学洛杉矶分校)开发出的一套用于模拟分子对接的软件。用于学术研究目的DOCK6 官网申请,申请时需要填写真实详细的信息(学校名称、网站地址、导师名称等等)。

DOCK6.8安装

UCSF DOCK6.8对接教程之准备受体和配体文件:点击打开链接

准备蛋白质分子的表面文件(Chimera)

打开rec_noH.pdb,Action>Surface>show

Tools>Structure Editing>Write DMS ,保存为rec.dms

image.png

image.png

生成受体空间(DOCK6.8)

INSPH文件放入对接文件夹;

INSPH

rec.dms
R
X
0.0
4.0
1.4
rec.sph

终端输入sphgen,生成OUTSPHrec.sph


目录
相关文章
|
2月前
|
数据采集 算法 安全
CVPR 2024:给NeRF开透视眼!稀疏视角下用X光进行三维重建,9类算法工具包全开源
【6月更文挑战第28天】CVPR 2024亮点:SAX-NeRF框架开源!融合X光与NeRF,提升3D重建效果。X3D数据集验证,Lineformer+MLG策略揭示物体内部结构,增强几何理解。虽有计算成本及泛化挑战,但为计算机视觉和医学影像开辟新路径。[论文链接](https://arxiv.org/abs/2311.10959)**
65 5
技术好文共享:辅助角公式的几何意义
技术好文共享:辅助角公式的几何意义
|
3月前
R语言如何用潜类别混合效应模型(LCMM)分析抑郁症状
R语言如何用潜类别混合效应模型(LCMM)分析抑郁症状
|
8月前
|
人工智能 vr&ar 图形学
次世代建模纹理贴图怎么做?
高端的引擎技术、材质贴图技术、渲染技术,使得次世代模型有着比肩电影画面的视觉效果,且是实时渲染。而且次世代模型有着面数高、贴图精度高、运用法线贴图描绘物体表面凹凸变化、高光贴图表现物体材质反光、实时光影等特点。
107 2
|
3月前
|
编解码 算法 数据处理
【论文速递】ISPRS2022 :一种新颖的结合几何语义信息的星载SAR数据立体三维定位方法
【论文速递】ISPRS2022 :一种新颖的结合几何语义信息的星载SAR数据立体三维定位方法
|
10月前
|
Java
【永劫无间的捏脸功能】调整角色的基本面部特征,如眼睛大小、眼角、嘴唇、下巴
【永劫无间的捏脸功能】调整角色的基本面部特征,如眼睛大小、眼角、嘴唇、下巴
|
算法
ArcGIS:如何利用站点数据(例如臭氧)进行克里金插值得到连续臭氧表面?
ArcGIS:如何利用站点数据(例如臭氧)进行克里金插值得到连续臭氧表面?
118 0
|
编解码 缓存 计算机视觉
神还原物体复杂、高频细节,4K-NeRF高保真视图合成来了
神还原物体复杂、高频细节,4K-NeRF高保真视图合成来了
118 0
|
机器学习/深度学习 数据可视化 计算机视觉
NeurIPS 2022 | 一句话让三维模型生成逼真外观风格,精细到照片级细节
NeurIPS 2022 | 一句话让三维模型生成逼真外观风格,精细到照片级细节
127 0
|
机器学习/深度学习 人工智能 算法
将有色液体图像转换成透明液体,CMU教机器人准确掌控向杯中倒多少水
将有色液体图像转换成透明液体,CMU教机器人准确掌控向杯中倒多少水