Docker部署openclinica

本文涉及的产品
云原生数据库 PolarDB MySQL 版,通用型 2核4GB 50GB
云原生数据库 PolarDB PostgreSQL 版,标准版 2核4GB 50GB
简介: OpenClinica是全球第一款开源临床试验(简称EDC)及临床数据管理(简称CDM)软件,传统部署可参考https://docs.openclinica.com/ 官网,这是为了方便采用Docker部署,https://hub.docker.com上有对应的镜像可以使用
1. 环境说明
   阿里云ECS服务器,Centos7.6 2c4G
2. 安装Docker
$ yum install -y yum-utils device-mapper-persistent-data lvm2
添加软件源信息
$ yum-config-manager --add-repo https://mirrors.aliyun.com/docker-ce/linux/centos/docker-ce.repo
更新并安装Docker-CE
$ yum makecache fast
#查询可安装的版本,这里安装19.03版本
$ yum list docker-ce --showduplicates | sort -r
$ yum install -y docker-ce-19.03.11
配置Docker镜像加速器
sudo mkdir -p /etc/docker
sudo tee /etc/docker/daemon.json <<-'EOF'
{
  "registry-mirrors": ["https://oqs2ckmq.mirror.aliyuncs.com"]
}
EOF
sudo systemctl daemon-reload
sudo systemctl restart docker
3. 安装Postgres用于数据存储
$ docker run --name postgresql --hostname=postgresql -p 5432:5432 -v /data/postgresql.docker:/var/lib/postgresql/data  --memory=128m -e POSTGRES_PASSWORD=******* --restart=always -d postgres
#进入容器
#创建临床角色: 
/opt/PostgreSQL/8.4/bin/psql -U postgres -c " CREATE ROLE Clinica LOGIN ENCRYPTED PASSWORD 'clinica' SUPERUSER NOINHERIT NOCREATEDB NOCREATEROLE " 
#创建数据库: 
/opt/PostgreSQL/8.4/bin/ psql -U postgres -c "创建数据库 openclinica WITH ENCODING='UTF8' OWNER=clinica"
#为了增加安全性,更改角色的密码:
#运行以下命令进入 psql 提示符:
/opt/PostgreSQL/8.4/bin/psql -U postgres

#在 psql 提示符下输入此命令(用安全密码替换 XXXX): 
ALTER USER Clinica WITH PASSWORD ' XXXX ' ;

#运行以下命令退出 psql 提示符:
\q
4. 安装Openclinica
$ docker container run --name oc -h oc -d -v oc-data:/usr/local/tomcat/openclinica.data \
 -p 80:8080 \
 -e LOG_LEVEL=INFO \
 -e TZ=UTC-1 \
 -e DB_TYPE=postgres \
 -e DB_HOST=数据库IP \
 -e DB_NAME=数据库名称 \
 -e DB_USER=用户 \
 -e DB_PASS=密码 \
 -e DB_PORT=5432 \
 -e SUPPORT_URL="https://www.openclinica.com/community-edition-open-source-edc/" \
 piegsaj/openclinica:latest
5. 验证
访问地址: http://IP/OpenClinica/
默认用户:root
密码:12345678
第一次登录需要修改密码
6. 忘记密码重置
需要进入数据库查看openclinica库里的user_account表里的passwd字段,加密方式采用MD5,可复制里面加密信息,去解密拿到密码
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