biostar handbook学习笔记(零):当我们谈生信时,我们在谈论什么

简介: 这篇笔记发表于2017/10/14日。这是我第一次组织一个学习社群时的感想和记录。曾经听过一个同学说,他的同学的一个导师虽然有钱,但是不愿意用高通量测序的方法进行基因定位,依旧采用人力设计标记,然后对群体基因分型的方式定位基因。

这篇笔记发表于2017/10/14日。这是我第一次组织一个学习社群时的感想和记录。

曾经听过一个同学说,他的同学的一个导师虽然有钱,但是不愿意用高通量测序的方法进行基因定位,依旧采用人力设计标记,然后对群体基因分型的方式定位基因。问其原因,是不太相信高通量测序的结果,觉得生物信息学不靠谱,不如分子标记靠谱。

有这种想法的人肯定不少,想想也很有道理呢,电泳图怎么会骗人,实实在在的数据结果,不像生物信息学那样,摸不着看不到,太过虚幻。

或许这就是不理解什么叫做生物信息学吧,我想谈点我对生信,或许是我对任何一门技艺的理解:学习一门技艺其实就是让人更自由

我问过一个学舞蹈的小伙伴:跳舞最开始是是不是自己先学一门特定的舞蹈,比如说爵士,然后模仿其技艺,在不断地练习中让人的肌肉,人的躯体能够根据自己的想法完成动作,也就是一种非常自由的境界。最后,你听到音乐的时候,就能根据自己的理解,用自己的躯体表现出音乐。

然后他说,“是的,跳舞最后都是用身体玩音乐。”

当然不只是跳舞,音乐家也是如此。要想成为顶级的大师,必须要先熟练掌握一门乐器,这样子可以开始锻炼自己的理解能力,自己的表达能力,最后随心所欲的根据自己的理解进行演奏

那么学习生信的目的是什么?我的理解是,能够自由地解决生物学问题。单一靠传统的实验能解决的问题已经不多了,你要知道一个基因的可能来源,你至少要学会到数据库进行搜索吧。你想知道基因之间的同源性,你是不是还需要对序列进行联配然后打分。如果你不相信生信,你甚至都不应该用计算机去查找数据库,而应该自己一眼一眼看过去。(当然,我开始怀疑你的注意力是不是一直那么集中)

生信就是让生物学家多了一门解决生物学的工具。

换句话说,无论是做实验,还是学习生信,最后的结果都是自己能够更加自由地解决问题。

而这就是研究生毕业之后应该拥有的能力,能够快速的理解问题,并且规模出解决问题的路径,最后解决问题。而不是仅仅会做实验,会跑几个生信流程而已。

下周计划

  • 记录如何部署分析环境
  • 学习基本的生物学概念
  • 学习基本分析能力

关于biostar handbook

biostar handbook是一门面向初学者的书, 整理了biostars (类似stackflow, 讨论生信的地方)里面的提问,通过非常结构的方式进行展示。并且提供练习的数据,以及如何练习的过程。

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