测序如何命名

原文标题：A profusion of confusion in NGS methods naming
原文地址：https://www.nature.com/articles/nmeth.4558

一图了解常用测序及其适用范围

这是最近一篇发表在Nature methods上致编辑的文章，讨论测序方法的命名问题。

所谓“遇事不决先测序，经费太多测个序”反应的就是当前测序的火热程度。测序方法大多使用缩略语，比如说家耳熟能详的RNA-seq，ChIP-seq和最新火起来的ATAC-seq。但是大家有没有想过，当你们说RNA-seq时，未必指的是相同一个生物学问题，有人可能是是定量，有人可能用他找SNP 定位基因。甚至有人稍微修改了前人测序在文库构建时的一个配方就敢取新的名字。

作者举出了四个常见的问题：

• 基本完全一样的方法却用不同的名字，比如说 MNase-Seq, MAINE-Seq， Nuc-Seq，用实用 MNase-seq就行了
• 名字类似，但是用途却不一样；
• 名字很像，并且看起来也是相同的方法；
• 对已有方法微调后提出新的名字。

作者提出了几个原则

• 如无必要，不增新名。
• -seq结尾，表明测序
• 区分大小写，便于理解
• 必要的连字符‘-’
• 额外的前后缀，常规技术不同使用场景。比如说scRNA-seq

最后整理形成了测序命名百科： http://enseqlopedia.com/enseqlopedia/