| 前言 ImageJ是个好东西……（省略1000字） 总地来说对我们的好处是： 1、免费 2、多功能，基本功能就很多，加上插件可以说得上是无限多（前提是你找得到，而且会用），真的没有的功能还能自己做个插件（一般我们倒是没这个闲功夫，基本好插件都是老外做出来的） 3、分析处理的结果比较受到普遍承认 这里是它的官网： http://imagej.nih.gov/ij/ 官网有它的原版安装包及大量插件、用户手册下载 正题 1、安装后首先打开ImageJ： 2、打开要分析图片：File>open（热键为Ctrl+O） 
3、转换成8bit的灰度图：Image>Type>8-bit 
4、黑白反转（因为对于光密度（OD）来说越白数值越小，纯白为0；越黑数值越大，纯黑理论上是无限大。因此我们需要将上一步所转换的灰度图进行黑白反转，不然的话测出来的数值就会荧光越亮反而数值越小）：Edit>Invert（热键为Ctrl+Shift+I） 
以下为从左到右分别为原图、8bit灰度图及反转后的图： 
5、校正光密度（软件默认为测量灰度，因此我们要改为更加适用的光密度，其中原理不是一两句话能说得清的，这里忽略）：Analyze>Calibrate 
在弹出来的界面的Function选择Uncalibrated OD，并下界面左下方勾选Global calibration，然后点击右下角的OK 
点击OK后会跳出校正后的光密度曲线： 
如不勾选Global calibration，光密度的校正只对这张图片有效，一般分析都要分析多张图片，所以需要勾选，勾选后在打开另一图片时会提示是否将此校正应用于所有图片，不勾选Disable Global Calibration，勾选Disable these Messages 
6、选择测量单位（一般选择象素，如有明确的比例，也可以选择相应单位）：Analyze>Set scale 
点击后在弹出的界面里点击中间的click to Remove Scale，并勾选下面的Global（同样的，如不选Global这个测量单位的选择只对这张图片有效），最后点击OK 
7、选择测量项目：Analyze>Set Measurements 
在弹出界面中选择我们需要测量的项目Area、Integrated density，并勾选下面的Limit to threshold（这个选项是指只测量我们选中的范围，如不勾选侧会测量整张图片数据），选择后点击OK 
8、选择测量域值：Image>Adjust>Threshold（热键为Ctrl+Shift+T） 
滑动弹出界面中间的滑块选择适合的域值，以使的你图片中的细胞或待测目标刚好全部被选中，选好之后点击右下角的Set 
在弹出来的界面点击OK 
9、测量：Analyze>Measure（热键为Ctrl+M或直接按M） 
10、记录数据并计算： 
结果中的Area为选择范围的面积，如果是测量的是细胞的话就是细胞在图中的面积；IntDen就是所选范围的IOD（光密度的总和）。 结果界面中的数据可以复制到Excel等软件中进行计算。 用IntDen的数值除以Area的数值得出来的就是这张图片中细胞的平均光密度，以这张图片的数据为例，即：18854/179252=0.105181532（/pixel） 同法测量多张图的平均光密度值后就可以进行半定量比较。 以下附上分别应用Image-Pro Plus及ImageJ对五张图片进行分析的结果对比： 
从结果的对比看来ImageJ与IPP（Image-Pro Plus）的分析结果是基本一致的 |
应用ImageJ对荧光图片进行半定量分析
2018-03-05
12291
版权
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简介：
原文 应用ImageJ对荧光图片进行半定量分析
前言ImageJ是个好东西……（省略1000字）总地来说对我们的好处是：1、免费2、多功能，基本功能就很多，加上插件可以说得上是无限多（前提是你找得到，而且会用），真的没有的功能还能自己做个插件（一般我们倒是没这个闲功夫，基本好插件都是老外做出来的）3、分析处理的结果比较受到普遍承认这里是它的官网：http://imagej.
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