感谢同事[空蒙]的投稿。
首先感谢@烈元一起排查此问题。今天发现线上一台机器，监控一直在告警，一看是健康检查不通过，就上去查看了下，首先自己curl了下应用的url，果然是超时没有响应，那就开始按顺序排查了：
1、 load非常低，2、gc也正常，3、线程上也没死锁，4、日志一切正常。那是什么情况呢，不能忘记网络啊。果然，netstat命令一把，结果如下：
TIME_WAIT 68 CLOSE_WAIT 194 ESTABLISHED 3941 SYN_RECV 100
问题出来了，SYN_RECV竟然达到100个，正常情况下，半连接的请求应该是很小的。而且我们机器是内部的，不是lvs，不太会有半连接攻击，怎么可能达到这么大呢？
再grep SYN_RECV的连接，看到全部都是nginx在连接这台mtop机器，那接下来就dump tcp包看看了
一看一堆堆的wjas向mtop发起SYN连接请求，可是mtop机器是绝大部分没回应，只有极少的mtop机器syn+ack包。
注：wjas一天向mtop发起了近20亿的健康检查请求，够多的，所以没有外部流量时，还是有一大堆的http请求到应用上。
看系统信息，内核是2.6.32-220.23.2.ali1113.el5.x86_64的，半连接队列的长度是128不同的内核，半连接队列长度算法稍有不同，可以参考文章：linux诡异的半连接(SYN_RECV)队列长度。
可见是mtop半连接队列满了，不再接受新的tcp连接，导致请求没有响应了，但应用其实很空闲。
问题表现很清楚了，接下来就是各种怀疑了，因为这机器为解决之前tcnative的crash bug，刚切换成了nio模式、又昨天我手贱，在上面搞过btrace，aliperf。自己也成嫌疑，但这是半连接队列满，要么受到半连接攻击（排除，内网不太可能有半连接攻击），要么是Accept线程没有及时处理，应用没有接收连接的请求，导致三次握手后的队列连接满再引起半连接队列满了。（总结起来好像很有逻辑，排查的时候没那么明确的，还在想各种可能）
我们知道，tomcat有一个Acceptor线程，监听在端口上，在收到连接请求后，会立刻把请求交个后面线程池处理，bio是直接拿线程等待数据，nio与apr会在poller线程上注册监听，也就是select模式，底层再基于epoll事件触发（和nginx的处理模式有点区别）。那就是这个Acceptor线程难道停止了。
查看堆栈信息，果然
当前的这个acceptor已经被禁用了，需要唤醒，多次dump线程，发现此线程一直是这个状态，这就解释了为什么了。
马上查看tomcat源码，发现此代码是在tomcat的连接数（nio）达到1w的时候，会park当前线程，再请求处理后，会再唤醒，继续接受新的连接，Btrace了一把，果然这个连接数值是1w，但什么情况下，会导致这个值那么大，一直把线程暂停呢？按说如果要达到这么大的连接，我们的T4机器早就鸡飞狗跳了。
Google一把，原来是tomcat7.0.27之前的bug，我们使用的刚好是7.0.26.中枪了，不管是nio，bio，apr，都存在这个问题。Tomcat的代码如下：
当接受连接，出现异常时候，旧版本没有把这个数组减少，这时候就拼人品了，如果异常的请求累积，达到连接的最大值，就发生机器很闲，但tcp的连接队列与半连接队列满的情况了
tomcat在7.0.28修复了此问题，参见Tomcat 7 Changelog 。
1、如有遇到此类似情况，可看看是否这原因。
2、当最新版的jar或者容器稳定后，早点升级吧，特别是bug修复。
3、提供一次问题排查的参考。
