在蛋白质结构领域，我们习惯了“预测”——输入序列，等待答案。但你是否设想过另一种可能：像画家挥洒笔墨一样，通过绘制线条与拓扑，直接“画”出你心中的蛋白质？
这正是 Z_biosketch 团队正在构建的未来：
- 我们希望做 Protein Design 领域的 ControlNet，赋予微观世界符合人类直觉的可控性；
- 将蛋白质结构设计从少数专家的复杂计算，转化为人人可用的创作体验，打造一个“设计 → 验证 → 迭代”的完整闭环。
为了实现这一愿景，我们需要坚实的基石。今天，我们首先为大家带来这一闭环中的核心验证模块——基于 Local AF3 的进阶推理平台。它不仅打破了官方 Server 在配体与模板上的限制，更为未来的 BioSketch Studio 提供了高精度的结构评估能力。
从现在的“自由推理”，到未来的“随心创作”，请看我们如何一步步将想象力工程化落地。
一期功能介绍
1.核心功能
我们的平台完全继承了 AlphaFold3 核心的深度学习推理能力，能够高效处理以下任务：
- 多链复合体预测： 支持蛋白质、DNA、RNA 及其复合物的高精度建模。
- 全原子建模： 精准预测包含小分子配体、离子在内的全原子结构。
- 高可信度评估： 提供完整的 pLDDT、PAE 等质量评估指标，确保科研数据的可靠性。
2.进阶功能
针对实际科研场景中的痛点，我们开发了一系列 Local AF3 特有的进阶功能，助您突破官方限制：
自由定义的配体与修饰
官方 Server 仅支持有限的配体列表。我们的平台支持指定任意配体和复杂的化学修饰。无论是新型药物分子还是特殊的翻译后修饰，您都可以通过平台轻松构建输入，探索未知的相互作用。
️ 自定义模板上传
这是我们极具创新的功能之一——不同于官方 AF3 仅能自动检索 PDB 库，我们集成了模板 JSON 构建器。您可以直接上传本地的 PDB/mmCIF 结构作为模板。平台会自动完成序列对齐与空间映射，这对于基于已知突变体或未公开结构进行建模的科研团队来说，具有极高的实战价值。
深度控制 MSA
支持手动上传或指定 Unpaired/Paired MSA 文件。对于进化信息稀缺或需要特定同源序列干预的案例，您可以完全掌控多序列比对输入，从而获得更符合预期的折叠结果。
轻量化、强交互的可视化：py2dmol 驱动
弃用了官方沉重的 Mol* 插件，我们创新性地采用了 py2dmol (py3Dmol) 进行结构预览。它更轻量、加载速度极快，且具有极强的交互性，方便在浏览器中直接观察关键残基的接触细节。
️ 解耦的预处理工作流 ：完善的科研前置辅助工具
- FASTA 转换工具： 一键将序列信息转化为标准的推理 JSON 格式。
- 合并功能： 支持多个序列或组分的快速整合，简化复杂任务的准备流程。
极致的本土化体验：中英双语切换
针对国内科研环境，我们实现了全界面的中英文无缝切换。无论是学术名词的精准对应，还是操作指引的易读性，都经过了深度优化，让您的科研专注力不受语言阻碍。
迭代计划
1. 整体计划——ProtPainter：Draw or Drag Protein
我们希望围绕我们的最新工作： ProtPainter: Draw or Drag Protein via Topology-guided Diffusion的核心思想持续建设“画蛋白”能力：以 3D 曲线/拓扑作为可控条件，通过分阶段生成与引导策略提升可控性与稳定性，并逐步开放复现配置、关键模块说明与案例教程，支持社区一起复现、对比与扩展。
2. 新功能roadmap
Z生绘希望把“蛋白质结构设计”从少数专家才能操作的复杂流程，变成人人可用、可复现、可协作的创作体验：你既可以像画画一样表达拓扑与结构意图，也可以在同一个平台里完成结构预测、全原子建模与质量评估，形成“设计 → 验证 → 迭代”的闭环。
为此计划开发两个创空间平台：
① BioSketch Studio｜面向“画/拖蛋白”的交互式设计（待开发）
定位：把“Draw or Drag Protein”理念工程化落地，让用户用更直观的方式定义拓扑与骨架，并可多轮迭代优化。
规划方向：
2D 绘制先行：上线轻量的 2D 绘制/编辑能力，快速表达骨架走向与拓扑草图
多模态输入：支持导入 3D 曲线/骨架文件，逐步探索 VR/3D 增强绘制
实时反馈编辑：独立编辑模块 + 结构优化反馈，让“边画边改”成为可能
生成与迭代：围绕用户骨架引入定制化生成与多轮局部调整机制，形成可控生成闭环
② Fold & Validate｜基于 Local AF3 的推理与评估（已上线测试）
定位：承接高精度推理与验证，让上一阶段设计产物快速得到结构级答案和可靠评估。
具体roadmap
两个创空间最终会通过统一账号体系与数据结构打通，实现：在BioSketch Studio设计 → 一键送入af3推理平台评估 → 回流到设计端继续迭代。
体验链接：
https://modelscope.cn/studios/Z_biosketch/af3_infer_test
社区共建邀请
画蛋白方向：2D/3D 绘制交互、曲线编辑器、文件规范与转换器、局部编辑与迭代优化模块
af3推理方向：输入构建工具链、模板/MSA 控制、可视化增强、性能优化与工程稳健性
评测与案例库：可控性指标/评测脚本、任务基准、失败案例与最佳实践沉淀
联动闭环：设计结果一键推理、推理结果回流、可复现项目模板
PR路径
提交Pr路径：
https://modelscope.cn/studios/Z_biosketch/af3_infer_test/feedback/createPr
论文链接：https://modelscope.cn/papers/2504.14274
