关键词：全基因组分析；变异检测；生信分析；
文献介绍
- 标题（英文）：The chromosome-scale genome of the raccoon dog: Insights into its evolutionary characteristics
- 标题（中文）：貉染色体级基因组：洞察其进化特征
- 发表期刊：iScience
- 作者单位：东北林业大学
- 发表年份：2022
- 文章地址：https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105117
图1 文献介绍
貉作为一种中型犬科动物，原生分布于东亚地区。在过去百年中，貉的分布范围持续扩大，目前覆盖欧亚大陆的大部分地区，使貉成为欧洲的入侵物种，对当地生态系统和公共健康构成重大威胁。貉独特的生物学特征使其具有较强的环境适应能力。同时，貉作为多种病原体的储存宿主，对公共健康构成潜在威胁。然而，这些生物学特征的遗传基础目前知之甚少。
因此研究团队使用基因组组装、比较基因组学、种群历史分析和功能验证的研究方法，对中国黑龙江雄性貉样本的染色体进行基因组研究，深入探索貉的生物学特征遗传基础，包括免疫力、繁殖、杂食性、冬眠和入侵性等特征。
测序流程
在数据分析过程中，研究团队使用Sentieon DNAseq Haplotyper对样本进行变异检测，输出gVCF格式文件，DNAseq GVCFtyper进行Joint calling，输出VCF文件。
图2 Sentieon的作用
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Sentieon DNAseq相较于BWA流程，对核心算法进行了优化，从而使得分析速度加快，如FASTQ到vcf的速度提升至10倍，BAM到vcf提升至20倍；得出的结果与BWA的一致性达到99.7%以上，支持多倍体和大型基因组的分析，而且还能对30万个以上的样本进行联合变异检测；能更快更准确的将变异检测结果交付到您的手上。
图3 Sentieon DNAseq的流程步骤
研究团队利用385.94 Gb PacBio长读序列、175.52 Gb WGS短读序列和203.52 Gb Hi-C数据完成了貉的染色体水平基因组组装。最终组装的核基因组大小为2.38 Gb，包含27条染色体(26对常染色体和1对性染色体)，scaffold N50达41.87 Mb。通过BUSCO分析显示96.4%的基因完整性，且96.28%的转录组数据可以映射到组装基因组上，这些指标均优于此前发布的Rac 1.0版本。与家犬基因组的共线性分析验证了组装的准确性，发现的9个融合和3个分裂事件与先前核型研究结果一致。
图4 貉的原生区域(绿色)和引入/入侵区域(粉色)的分布、貉基因组全景图以及貉与家犬的染色体水平共线性分析
(A) 该地图描述了貉当前的分布情况，展示了原生和引入区域(https://www.cabi.org/isc/datasheet/72656)。
(B) 貉基因组全景图。 A: 貉基因组的27条染色体 B: 以500kb窗口计算的群体水平遗传多样性(π) C: 全基因组SNP密度(500kb窗口) D: 测序深度(X)(500kb窗口计算) E: GC含量(%) F: 基因密度(500kb窗口计算)
(C) 貉基因组与家犬基因组的染色体水平共线性分析，使用RectChr v1.27可视化(https://github.com/BGI-shenzhen/RectChr)。
基因组注释识别出20，000个高可信度蛋白质编码基因，其中99.87%获得功能注释。重复序列占总基因组的35.11%，包括LINEs (22.71%)、LTRs (12.00%)等，展示了在组装高重复区域方面的优势。同时还预测出781个rRNA、995个miRNA等非编码RNA。
通过多重证据首次在貉基因组中准确鉴定出X染色体(Chr27，127.44 Mb)和Y连锁区域(Scaffold30，3.24 Mb)。这一发现基于测序覆盖度分析、与家犬性染色体的共线性比对，并通过38个已知性别个体的全基因组重测序数据得到验证。雄性个体中这些区域的测序深度约为常染色体的一半，而雌性个体中Chr27的深度与常染色体相当。
图5 X染色体和Y连锁支架的鉴定
(A) 貉与家犬X染色体基因的共线性分析。红线表示家犬基因组中的基因映射到貉基因组的正链，蓝线表示映射到负链。
(B) 貉与家犬Y染色体基因的共线性分析。红线和蓝线含义同(A)。
(C) X染色体上雌性和雄性个体间测序深度比率(500bp窗口)。
(D) 雌性和雄性个体间染色体水平支架的测序深度比率。红点代表X染色体，绿点代表Y连锁支架，蓝点代表常染色体。预期比率为1:1，X染色体预期有较高比率，Y染色体预期有较低比率。
(E) Y连锁支架上雌性和雄性个体间测序深度比率(500bp窗口)。
与其他17个物种比较发现貉基因组中有430个扩张的基因家族，主要富集在能量代谢(如ATP代谢、糖酵解)、解毒和免疫相关通路。特别是在解毒相关的GST基因家族显著扩张，这可能与其杂食性适应有关。在繁殖相关基因(如TDRD6、ZP3)中发现了貉特异的氨基酸改变。此外，发现30个免疫相关基因处于正选择之下，其中多个基因含有位于功能域区域的貉特异突变。
图6 比较基因组学分析和貉基因组扩张基因家族的富集分析
(A) 18个物种的系统发育关系和估计分歧时间。系统发育树分支上的数字表示显著扩张(蓝色)和收缩(红色)的基因家族数量。
(B-D) 貉基因组扩张基因家族的生物学过程(B)、细胞组分(C)和分子功能(D)的显著富集GO条目聚类(REVIGO分析)。语义相似的GO条目聚集在一起。
(E) 与其他17个物种相比，貉基因组显著富集的KEGG通路。蓝色：与杂食性饮食相关的通路；橙色：与能量代谢相关的通路；紫色：与免疫相关的通路。
图7 貉解毒和高繁殖力的可能遗传基础
(A) 谷胱甘肽介导的解毒通路。红色椭圆表示由扩张基因家族编码的酶。
(B) 使用最大似然法构建的GST基因家族系统发育树。蓝色：家犬；红色：貉；绿色：北极狐；紫色：赤狐。貉基因组中的GSTP1基因明显扩张。
(C) TDRD6基因中貉特异的氨基酸变化。N793D位于Tudor_SF超家族中。
(D) ZP3基因中貉特异的氨基酸变化。在ZP结构域区域发现两个替换。
(E) ZP3蛋白的三维视图，突出显示貉特异的氨基酸变化。放大的粉色氨基酸是貉特异的氨基酸，绿色氨基酸是从犬预测的氨基酸。柱状图显示氨基酸残基体积。
通过三种方法(PSMC、MSMC2和SMC++)重建的种群历史显示，貉的有效种群大小经历了复杂的变化:从160万年前到32万年前逐渐下降，随后至10万年前经历扩张，10-5万年前保持相对稳定，此后持续下降至1000年前。全基因组杂合度为0.28，虽低于部分入侵物种，但明显高于多数猫科和犬科物种，表明其具有较高的遗传多样性。
图8 群体历史和基因组杂合度
(A) 貉与其他17个物种的基因组杂合度。17个物种的基因组杂合度数据来自已发表文献。
(B) 使用PSMC推断的貉群体历史(100次自举)。红线表示估计的有效群体大小(Ne)，100条细红线表示从原始序列随机重采样的100次PSMC估计。Tsurf：相对于现在的大气表面温度。这里使用的突变率(μ)和世代间隔(g)分别为1.0×10⁻⁸和3年。
(C) 使用MSMC2对4个个体推断的貉近期群体历史。LGM：末次盛冰期。使用与PSMC分析相同的μ和g。 (D) 使用SMC++对38个个体推断的貉近期群体历史。使用与PSMC分析相同的μ和g。
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文献讨论
图9 文献讨论
研究相比之前发表的Rac 1.0版本，该研究首次实现了包含雄性样本的染色体级别基因组组装。在解毒机制方面，研究揭示了多个关键基因和通路的适应性进化，包括GST基因家族、ABCC12基因、FMO1和DAO基因等。解析了貉的高繁殖的相关基因。也提出了研究的局限性，未对貉的B染色体进行组装，也需要进一步进行功能分析，验证本研究中与貉生物特性相关的突变。
总结
该研究首次在染色体水平解析了貉的基因组特征，揭示了其生态入侵的分子机制，为入侵物种防控提供了靶点。此外，貉作为人兽共患病宿主，其免疫基因的解析对公共卫生风险评估具有重要价值。未来需结合全球种群样本，进一步探究入侵后的快速适应性进化规律。
