关键词：创始人群体；变异分析；基因检测；

文献介绍

• 标题（英文）： Pathogenic variants carrier screening in New Brunswick: Acadians reveal high carrier frequency for multiple genetic disorders
• 标题（中文）： 新不伦瑞克省的致病变异携带者筛查：阿卡迪亚人揭示了多种遗传疾病的高携带者频率
• 发表期刊： BMC Medical Genomics
• 作者单位： 亚特兰大癌症研究所等
• 发表年份： 2022
• 文章地址： https://doi.org/10.1186/s12920-022-01249-1

图1 文献介绍

阿卡迪亚人作为一个具有独特遗传背景的群体，可能面临较高的遗传疾病风险，但目前缺乏对这一群体致病变异的系统评估。为此，研究者对加拿大新不伦瑞克省的阿卡迪亚人进行了扩展的遗传疾病携带者筛查，旨在评估对该人群实施标准化携带者筛查计划的有用性。

测序流程

在该研究数据分析过程中，使用Sentieon进行序列比对、质量控制、以及变异检测。

Sentieon在这项研究中展现了显著优势。以高性能和准确性著称，能快速处理大量基因组数据。作为一体化解决方案Sentieon简化了分析流程，提高了效率。可扩展性和质量控制功能确保了结果的可靠性和一致性。以上特点使Sentieon成为处理大规模基因组数据的理想工具，特别适合此类人群遗传学研究。

图2 Sentieon的作用

研究招募了60名符合条件的参与者，均为19岁或以上、居住在新不伦瑞克省东南部、至少有一个在新不伦瑞克省出生的阿卡迪亚祖父母，并持有有效新不伦瑞克省医疗保险号码的个人。研究采用包含312个常染色体隐性疾病相关基因和30个X连锁基因的测序面板进行分析。

图3 测序面板中包含的基因

研究结果显示，60名参与者中有43人（71.7%）携带至少一个致病变异，21名参与者（35%）携带多个致病变异。研究共发现29个基因中的36个致病变异，涉及28种常染色体隐性疾病和1种X连锁疾病。

最常见的变异是SERPINA1基因中的致病错义变异(c.863A>T)，在11个个体中检测到，占样本的18.3%。两名参与者（3.3%）为MTHFR (c.665A>C)纯合子，一名参与者（1.7%）为NPHS2变异纯合子。

图4 60名参与者中致病变异的分布

与gnomAD数据库中的非芬兰欧洲人(NFE)相比，36个致病变异中有29个（80.6%）在阿卡迪亚人群中的频率更高。其中，5个基因(AIRE、BCHE、ETFDH、RAPSN和SLC17A5)中的6个变异在Bonferroni校正后显著富集。例如，AIRE基因中的c.967_979del13变异在阿卡迪亚人群中的频率为0.0167，而在NFE中为0.0003，富集倍数达55.67倍。

图5 观察到的等位基因频率(AF)和杂合频率(HF)与gnomAD数据库中非芬兰欧洲人群的比较

基于Hardy-Weinberg平衡和2016年加拿大人口普查数据，研究估计了部分遗传病的年度受影响活产数。例如，唾液酸贮积症每年预计有1.5例，自身免疫性多内分泌腺病综合征I型每年1.8例。

图6 Hardy-Weinberg平衡比较

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文献讨论

图7 文献讨论

研究首次对新不伦瑞克省阿卡迪亚人进行致病变异携带者筛查，发现某些基因变异频率显著高于一般欧洲人群，表明存在创始人效应。这突出了对阿卡迪亚人进行更全面遗传筛查的必要性。然而，由于样本量有限且仅覆盖部分地区，研究结果的代表性和普适性还需进一步验证。

总结

这项初步研究为了解阿卡迪亚人的遗传特征提供了基础数据，为制定针对性的遗传筛查计划指明了方向。未来需要更大规模的研究来全面评估该人群的遗传风险，并制定适当的预防和早期诊断策略。