关键词：基因编辑；基因测序；变异检测；
文献简介
- 标题（英文）：Listeria monocytogenes personalized cancer vaccines drive therapeutic immune responses to cancer derived neoantigens
- 标题（中文）：李斯特菌个体化肿瘤疫苗驱动肿瘤新抗原的免疫治疗
- 发表期刊：bioRxiv
- 作者单位：Amgen公司
- 发表年份：2020
- 文章地址：https://doi.org/10.1101/2020.05.11.088930
图1 文献介绍
癌症免疫治疗领域的最新进展已确定CD8+ T细胞对肿瘤特异性突变的反应是肿瘤消退和总生存的关键驱动因素。ADXS-NEO是一种基于李斯特菌（Lm）的个性化免疫疗法，旨在靶向患者的突变衍生肿瘤特异性新抗原。
该研究通过对MC38小鼠肿瘤细胞系的全外显子组测序鉴定出2870个独特的非同义突变。使用netMHCcons算法预测137种潜在的新抗原。通过肽免疫后进行ELISPOT或检查点抑制剂治疗后识别新抗原肽的CD8+T细胞的存在来验证20种免疫原性新抗原。
测序流程
在配对样本数据分析部分，研究者使用Sentieon软件进行去重复、INDEL重比对、BQSR及使用Sentieon TNseq模块进行somatic突变检测。
图2 sentieon的作用
图3 Sentieon TNseq的流程图
图4 MC38癌细胞系新抗原的免疫原性筛选
Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案，共同推动基因技术的发展。 截至2023年3月份，Sentieon已经在全球范围内为1300+用户提供服务，被世界一级影响因子刊物如NEJM、Cell、Nature等广泛引用，引用次数超过700篇。此外，Sentieon连续数年摘得了Precision FDA、Dream Challenges等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。
文献讨论
图5 文献讨论
这项研究展示了ADXS-NEO新抗原癌症疫苗在克服癌症免疫治疗两大主要挑战方面的潜力。通过使用临床前小鼠肿瘤模型，研究证实ADXS-NEO能够产生强大的新抗原特异性T细胞反应，并将"冷"肿瘤微环境转变为"热"。作为一种基因工程改造的单核细胞李斯特菌疫苗，ADXS-NEO每个构建可靠定多达40个潜在新抗原，在MC38肿瘤模型中引发强大T细胞反应。系统给药后，它能驱动促炎性先天和适应性免疫，减弱肿瘤内的免疫抑制细胞（如调节性T细胞、髓系来源抑制细胞和M2型肿瘤相关巨噬细胞），同时产生效应αβ/γδ肿瘤浸润T细胞和M1型巨噬细胞。这些结果表明ADXS-NEO是一个有前景的个性化免疫治疗平台，能够同时驱动针对多个新抗原的效应T细胞反应和激活先天免疫细胞，最终产生针对肿瘤衍生新抗原的强大和长效免疫反应。
总结
综上所述，研究表明，ADXS-NEO是一种有效的免疫疗法，能够驱动针对肿瘤特异性突变的免疫反应，并导致小鼠肿瘤得到控制。
