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•研究生物体产生的全部蛋白质。
• Foci:鉴定、结构测定、生物标志物、通路、表达(点击文末“阅读原文”获取完整代码数据)。
蛋白质组学
•研究生物体产生的全部蛋白质。
• Foci:鉴定、结构测定、生物标志物、通路、表达。
基质辅助激光解吸飞行时间质谱(MALDI-TOF)法示例频谱
研究动机
只有相对较少的开源软件解决方案可用,而R平台则很少。
• 处理技术和生物复制的必要性。
• 相对强度的定量令人不满意
• 研究光谱校准对临床预后的影响。
• 模块化且易于定制的分析程序
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贝叶斯分位数回归、lasso和自适应lasso贝叶斯分位数回归分析免疫球蛋白、前列腺癌数据
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示例数据
血清肽多姆分析显示血小板因子 4 是与胰腺癌相关的潜在鉴别肽
G.M. Fiedler, A.B. Leichtle, J. Kase et al Clin Cancer Res June 1, 2009 15:3812-3819
“两个显著峰(m/z 3884;5959)对区分患者和健康对照的敏感性为86.3%,特异性为97.6%。"
“基于MALDI-TOOF MS的血清肽球分析允许发现和验证血小板因子4 [m / z 3884,7767;S.G.]作为胰腺癌的新鉴别标志物。
动手操作:文件导入
> spectra[[1]]
动手操作:画图
> abline(v=3884, col="blue")
动手操作:画图m/z 3884
> plot(spectra[[1]]
动手操作:方差稳定和平滑
> spea <- lapply(sptra, transfensty, fun=moAvg)
动手实践:基线校正
> plot(spea[[1]]
> lines(b, col="red");
动手操作:基线校正 – SNIP
> bl <- estiline(specta[[1]]
动手操作:基线校正 – SNIP
> speca <- lapply(spe, remoeline)
> lines(specra[[1]])
实践:峰值检测
> peas[[1]]
> top <- intnsity(p) %in% sort(int
> labePeak
单光谱工作流程
> peaks <- lapply(spetra, detecPeaks)
多光谱比较