R语言分析蛋白质组学数据:飞行时间质谱(MALDI-TOF)法、峰值检测、多光谱比较

简介: R语言分析蛋白质组学数据:飞行时间质谱(MALDI-TOF)法、峰值检测、多光谱比较

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•研究生物体产生的全部蛋白质。

• Foci:鉴定、结构测定、生物标志物、通路、表达点击文末“阅读原文”获取完整代码数据


蛋白质组学


•研究生物体产生的全部蛋白质。

• Foci:鉴定、结构测定、生物标志物、通路、表达。


基质辅助激光解吸飞行时间质谱(MALDI-TOF)法示例频谱


研究动机


只有相对较少的开源软件解决方案可用,而R平台则很少。

• 处理技术和生物复制的必要性。

• 相对强度的定量令人不满意

• 研究光谱校准对临床预后的影响。

• 模块化且易于定制的分析程序


点击标题查阅往期内容


贝叶斯分位数回归、lasso和自适应lasso贝叶斯分位数回归分析免疫球蛋白、前列腺癌数据


01

02

03

04

示例数据


血清肽多姆分析显示血小板因子 4 是与胰腺癌相关的潜在鉴别肽

G.M. Fiedler, A.B. Leichtle, J. Kase et al Clin Cancer Res June 1, 2009 15:3812-3819

“两个显著峰(m/z 3884;5959)对区分患者和健康对照的敏感性为86.3%,特异性为97.6%。"

“基于MALDI-TOOF MS的血清肽球分析允许发现和验证血小板因子4 [m / z 3884,7767;S.G.]作为胰腺癌的新鉴别标志物。


动手操作:文件导入

> spectra[[1]]

动手操作:画图

> abline(v=3884, col="blue")

动手操作:画图m/z 3884

> plot(spectra[[1]]

动手操作:方差稳定和平滑

> spea <- lapply(sptra, transfensty, fun=moAvg)

动手实践:基线校正

> plot(spea[[1]]

> lines(b, col="red");

动手操作:基线校正 – SNIP

> bl <- estiline(specta[[1]]

动手操作:基线校正 – SNIP

> speca <- lapply(spe, remoeline)

> lines(specra[[1]])

实践:峰值检测


> peas[[1]]

> top <- intnsity(p) %in% sort(int

> labePeak

单光谱工作流程


> peaks <- lapply(spetra, detecPeaks)


多光谱比较


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