长读长测序系列文章-1
- 标题（英文）：The chromosome-scale genome of the raccoon dog: Insights into its evolutionary characteristics
- 标题（中文）：浣熊犬染色体级基因组：洞察其进化特征
- 发表期刊：iScience
- 作者单位：东北林业大学
- 发表年份：2022
- 文章地址：
- https://doi.org/10.1016/j.isci.2022.105117
浣熊犬（Nyctereutes procyonoides）是浣熊属中唯一的物种。它是一种中等体型的犬科动物，喜欢各种栖息地，如花园、沼泽地、河谷和灌木丛生的潮湿森林。浣熊犬的原生分布区包括中国、朝鲜、越南北部、日本、蒙古和东西伯利亚。在过去的 100 年中，该物种的分布范围不断扩大，目前已覆盖欧亚大陆的大部分地区，使浣熊犬成为欧洲一个突出的入侵物种，对当地的生态系统和公共健康构成了极大的威胁。
在这项研究中，研究者利用从中国黑龙江采集的雄性个体组装了浣熊犬的染色体组。探索了浣熊犬免疫、繁殖、杂食、冬眠和入侵等生物特征的可能遗传基础。这项研究的结果将为今后研究该物种野生种群的进化、生态和管理提供有用和宝贵的基因组资源。
在该研究中，研究者使用Sentieon软件进行单个样本胚系变异检测及多样本联合变异分型。
综上所述，该研究报告了浣熊犬的染色体级基因组，具有高度的连续性、完整性和准确性。此外，研究者通过对浣熊犬味觉受体基因、消化、吸收、觅食和解毒相关基因的正向选择分析表明这些基因支持了浣熊犬的全食性。而 TDRD6 和 ZP3 等基因与浣熊犬高繁殖力相关。脂质代谢等相关基因与浣熊犬冬眠相关。总之，高质量的基因组为解读该物种的进化特征提供了宝贵的资源。
长读长测序系列文章-2
- 标题（英文）：LettuceGDB: The community database for lettuce genetics and omics
- 标题（中文）：生菜GDB：生菜遗传学和组学的社区数据库
- 发表期刊：Plant Communications
- 作者单位：北京农林科学院等
- 发表年份：2022
- 文章地址：
- https://doi.org/10.1016/j.xplc.2022.100425
生菜作为全球流行的叶菜类植物和菊科的代表性植物，具有重要的经济和学术意义。近十年来，生菜中的高通量测序、表型分析等多组学数据大规模积累，从而增加了对综合生菜数据库的需求。
在该研究中，研究者描述了最近开发的生菜GDB，它整合了来自公共数据库的生菜数据和北京农林科学院生菜育种小组（LBG）生成的数据。生菜GDB包含多组学数据（基因组、重测序、转录组、miRNA组、代谢组、表观基因组）等多种数据类型，整合了丰富的种质资源和丰富的人工和高通量表型分析平台采集的表型数据。多个易于使用的访问功能/界面和多个内置工具（包括数据下载中心）旨在使用户能够方便地访问这些数据。最后，开发了一个社区平台，系统地总结了目前关于生菜不同方面的研究进展。
在该研究中，研究者使用Sentieon软件进行胚系变异检测。
综上所述，研究者构建了一个生菜多组学数据库生菜 GDB，生菜GDB可以成为一个全面的功能数据库，适合数据挖掘和数据库驱动的探索，对科学研究和莴苣育种都有帮助。
Sentieon软件介绍
Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下，大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精度，并匹配目前全部第二代、三代测序平台。
软件试用： https://www.insvast.com/sentieon
