R语言自动发送邮件

今天分享一个小技巧，用R语言脚本实现STMP邮件自动发送功能。

生信分析实际操作过程中，可能会偶尔会遇到耗时比较久的计算，比如基因组上游分析GATK标准流程往往耗时几天时间。

使用R语言自动发送邮件，在关键节点及时提醒计算状态，能尽可能的避免浪费时间和无效等待，再也不用加班看结果了，系统自动将运算得到的结果汇报至邮箱（文字、表格、图片等文件都支持）。

使用方法

首先，需要安装Rstudio（windows和linux版都支持），然后安装下面的R包，这步骤没有报错说明环境部署完成。

library(keyring)
library(blastula)
library(rmarkdown)

blastula包是Rstudio新出的发送邮件R包，不需要依赖java环境，相对用起来更方便，而且支持和Rmarkdown联动，实现精美的邮件界面优化。

设置STMP服务器

本次示例使用163邮箱（其他的qq邮箱、outlook等都可以，只要支持STMP即可），先登录邮箱后台。

点击设置，开启STMP，并生成一个随机授权码（一串乱七八糟的字符，复制保存下来）。

然后，进入Rstuio，运行以下代码：

# 创建许可证
create_smtp_creds_key(
  id = "Bionote", # 账号id
  user = "bionote@163.com", #邮箱账号
  host = "smtp.163.com", # 这个是163的STMP服务器
  port = 25, # 端口，如果其他服务器需要百度查一下对应端口
  use_ssl = T # ssl加密
  # overwrite = TRUE # 首次设置不用，修改时需要加上这个参数
)

系统会弹出一个输入密码的窗口，如果是首次使用，可能最开始会出现一个设置主密码（有点像锁屏密码），然后会出现下面的界面，需要输入STMP服务器密码，将之前那一长串乱七八糟的字符粘贴到此处即可。

创建邮件内容

需要创建一个data.Rmd文件（Rmarkdown），然后根据这个文件生成email页面。

这个文件内的信息可以根据实际情况进行修改，支持各种变量自动替换。

如果需要邮件中添加附件，可以将文件放在当前目录下，图片或文字形式都可以。

发送邮件

通过以下代码生成基本的发送参数，包括收件人、主题、附件、正文。

subject = "【系统提示】差异表达矩阵计算完成" #邮件主题
attachment = "test.txt"  # 如果有附件，在这里填写文件名
body = "data.Rmd" # 这个Rmd文件渲染后就是邮件的正文
# 定义用户（发件人邮箱）
from = "bionote@163.com"
to = "youraccount@qq.com"

然后，调用以下命令，实现邮件的发送。

# 渲染邮件内容并添加附件，可能有附件也可能没有附件
if (attachment == "") {
  render_email(body) -> email
} else {
  render_email(body) %>% 
    add_attachment(file = attachment) -> email
}
# 发送邮件
smtp_send(
  from = from,
  to = to,
  subject = enc2utf8(subject),  # 处理中文主题乱码问题
  email = email,
  credentials = creds_key(id = "Bionote") # 这个id需要和之前一致
)

此时，如果正常的话，手机上就会弹出一条通知。以上只是一个简单的示例，还有其他用法，比如通过表格循环群发给不同收件人、根据不同用户自动填充修改文件内容、根据任务运行状态更新邮件等等。