临床试验系列文章-1
- 标题（英文）：Investigation of product-derived lymphoma following infusion of piggyBac-modified CD19 chimeric antigen receptor T cells
- 标题（中文）：输注piggyBac修饰的CD19 CAR-T细胞后产物衍生性淋巴细胞瘤的研究
- 发表期刊：Blood
- 作者单位：澳大利亚悉尼维斯米德医院等
- 发表年份：2021
- 文章地址：https://doi.org/10.1182/blood.2021010858
CAR T细胞在复发和难治性B细胞恶性肿瘤中显示出显著的疗效。目前，大多数在使用的CAR T细胞产品都是使用逆转录病毒和慢病毒载体制造的。基因改造具有诱变的风险。
由于病毒载体的成本和有限的转基因能力，研究者使用piggyBac转座子系统设计了一个CAR T细胞生产方案，并在临床I期实验中发现的2例恶性转化病例进行了研究。通过流式细胞检测、AbSeq免疫表型分析、流式细胞分选、TCR分析、中靶和脱靶分析、插入位点分析、转基因拷贝数分析、全基因组测序及全转录组测序分析等对恶化患者进行了系统性研究。研究结果表明，淋巴细胞瘤恶化患者显示出高转基因拷贝数，但没有插入到已报到的经典癌基因中。检测到的其他基因组变异如基因组拷贝数变异、点突变等，但与插入位点无关。另外，转录组结果表明，全局的基因表达量变化主要与拷贝数相关，而非插入位点。当前的研究结果表明，CAR T细胞虽然具有良好的安全性记录，但仍需谨慎和定期随访患者，特别是使用新的转基因方法进行免疫治疗时。
在全基因组测序数据分析中，研究者使用Sentieon软件进行比对及变异检测等相关分析处理。
综上所述，研究者使用piggyBac转座子系统构建了CAR T细胞，通过对两例淋巴细胞瘤恶性转化患者的研究，发现转基因并没有整合到已知的癌基因中。使用靶向捕获测序没有检测到明显的致癌驱动序列变异，而观察到了癌基因和抑癌基因广泛的拷贝数变化。该研究结果为其他探索将新的基因修饰方法应用于CAR T细胞生产的人员来说，具有警示作用。
临床试验系列文章-2
- 标题（英文）：Neoantigen Load as a Prognostic and Predictive Marker for Stage II/III Non-Small Cell Lung Cancer in Chinese Patients
- 标题（中文）：新抗原负荷作为中国非小细胞肺癌II/III患者的预后和预测标志物
- 发表期刊：Research Square
- 作者单位：浙江肿瘤医院等
- 发表年份：2020
- 文章地址：https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-130886/v1
II/III 期非小细胞肺癌 （NSCLC） 的预后即使在完全肿瘤切除和辅助化疗后也不令人满意。具有高免疫原性的肿瘤被定义为“热肿瘤”，并与免疫疗法的临床益处相关。
在本研究中，研究者评估了免疫基因组特征和基因突变特征对中国II/III期非小细胞肺癌患者的预后和预测价值。研究发现，高肿瘤突变负荷（TMB，>4个突变/Mb）与NSCLC患者的无病生存期更好相关，尽管在鳞状细胞肺癌和肺腺癌亚组中没有这种关联。此外，在低NAL亚组的鳞状细胞肺癌患者中，较高的新抗原载量（NAL，>2个新抗原/Mb）在辅助化疗后表现出更好的无病生存期和生存获益，但在肺腺癌亚组中则没有。高DNA损伤修复（DDR）指数（基因突变发生在至少三种不同的DNA修复途径中）与高NAL数量和鳞状细胞肺癌的良好无病生存期相关，但在肺腺癌患者中则不然。然而，单个基因、癌基因通路和抗原呈递机制基因的突变，以及人白细胞抗原（HLA）-I数和HLA-I杂合性丧失（LOH）对鳞状细胞肺癌或肺腺癌患者的无病生存期没有预后或预测价值。
在配对样本WES数据分析部分，研究者使用Sentieon软件进行去重复、INDEL重比对、BQSR及使用Sentieon TNseq模块进行somatic突变检测。
综上所述，研究表明，在中国患者中，较高的新抗原负荷（NAL）可改善鳞状细胞肺癌（SCC）的无病生存期，但不能改善肺腺癌（ADC）的无病生存期。在NAL较低而ADC较低的SCC患者中，辅助化疗可改善其生存期。目前的数据显示，NAL是肺SCC预后和化疗反应预测的生物标志物。要证实这些数据，还需要在多个机构进行更大样本量的进一步研究。
Sentieon软件介绍
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