Seurat是一个广泛使用的单细胞RNA测序分析软件包,随着Seurat软件包的不断更新,新版本的函数可能无法处理旧版本的Seurat对象。因此,在下载一些文章作者上传的构建好的Seurat对象时,可能会遇到版本较低的Seurat对象,而当前Seurat 3x版本的函数无法处理的情况。
1、通过函数直接更新
推荐方法是使用当前版本的Seurat软件包中的 UpdateSeuratObject
函数,将Seurat V2数据结构更新为Seurat V3数据结构,以便使用当前版本的Seurat函数进行分析,该方法可以方便地保留下载数据集的所有数据。
library(Seurat)
seu.2x <- readRDS("seu.2x.rds")
seu.3x <- UpdateSeuratObject(seu.2x)
2、重构
用seuV2的counts重构 seuV3 数据对象
seu.2x <- readRDS("seu.2x.rds")
seu.3x <- CreateSeuratObject( seu.2x@raw.data )