Seurat V2格式更新到 Seurat3以上更高版本的数据格式

简介: 本分分享了一种更新 Seurat V2格式更新到 Seurat3以上更高版本的数据格式的简单操作方法,以供参考

image.png

Seurat是一个广泛使用的单细胞RNA测序分析软件包,随着Seurat软件包的不断更新,新版本的函数可能无法处理旧版本的Seurat对象。因此,在下载一些文章作者上传的构建好的Seurat对象时,可能会遇到版本较低的Seurat对象,而当前Seurat 3x版本的函数无法处理的情况。

1、通过函数直接更新

推荐方法是使用当前版本的Seurat软件包中的 UpdateSeuratObject 函数,将Seurat V2数据结构更新为Seurat V3数据结构,以便使用当前版本的Seurat函数进行分析,该方法可以方便地保留下载数据集的所有数据。

library(Seurat)
seu.2x <- readRDS("seu.2x.rds")
seu.3x <- UpdateSeuratObject(seu.2x)

2、重构

用seuV2的counts重构 seuV3 数据对象

seu.2x <- readRDS("seu.2x.rds")
seu.3x <- CreateSeuratObject( seu.2x@raw.data )

Seurat v2对象的一些操作方法

目录
相关文章
|
6月前
|
数据处理 开发工具 git
coco2017数据集转换为yolo格式(记录过程)
最近做一个yolov5的落地应用项目,用的anylabeling打标,需要将coco2017的数据集转为yolo格式,故写下记录过程!
|
C语言 Perl 存储
优化求解器之MPS文件的格式简介
在使用MindOpt优化求解器解决实际问题时,其中重要的一环在于如何建立优化模型,以及存储优化模型以便于作为求解器的输入文件。存储优化模型的文件,其关键在于定义一种清晰的格式,用来说明优化模型的数学结构和相关的数据。接下来我们将发布一系列文章,对常见的MPS/LP等格式的模型文件和命名规范进行简要的介绍。
优化求解器之MPS文件的格式简介
|
6月前
GEE——Google dynamic world中在影像导出过程中无法完全导出较大面积影像的解决方案(投影的转换)EPSG:32630和EPSG:4326的区别
GEE——Google dynamic world中在影像导出过程中无法完全导出较大面积影像的解决方案(投影的转换)EPSG:32630和EPSG:4326的区别
124 0
|
索引
ENVI_IDL:批量拼接Modis Swath的逐日数据并输出为Geotiff格式
ENVI_IDL:批量拼接Modis Swath的逐日数据并输出为Geotiff格式
144 0
|
6月前
Google Earth Engine(GEE)——MODIS/061/MOD09GQ数据缺失波段信息(官方引入数据超时)
Google Earth Engine(GEE)——MODIS/061/MOD09GQ数据缺失波段信息(官方引入数据超时)
96 0
|
6月前
|
Serverless 定位技术 C++
R语言raster包批量读取单一或大量栅格图像
R语言raster包批量读取单一或大量栅格图像
132 1
|
存储 计算机视觉 数据格式
OpenCV库、Armadillo库矩阵数据格式互转的方法
本文介绍在C++语言中,矩阵库Armadillo的mat、vec格式数据与计算机视觉库OpenCV的Mat格式数据相互转换的方法~
131 1
OpenCV库、Armadillo库矩阵数据格式互转的方法
ENVI_IDL:批量对Modis Swath产品进行均值运算+解析
ENVI_IDL:批量对Modis Swath产品进行均值运算+解析
171 0
ENVI_IDL:批量对Modis Swath产品进行均值运算+解析
|
算法 Linux Python
SGAT丨基于R语言tidyverse的vcf转txt文件算法,SNP位点判断与自动校正,染色体格式替换
SGAT丨基于R语言tidyverse的vcf转txt文件算法,SNP位点判断与自动校正,染色体格式替换
|
存储 编解码
ENVI_IDL:批量处理Modis Swath数据的重投影并输出为Geotiff格式+详细解析
ENVI_IDL:批量处理Modis Swath数据的重投影并输出为Geotiff格式+详细解析
281 0