Spateo 软件简介

spateo是华大单细胞空间转录组研究人员开发的一款综合性软件包，旨在为时空转录组分析提供全面的解决方案。该综合包实现了基于核酸染色图像和 RNA 信号的细胞分割，基于KNN图的空间约束聚类（SCC）用于识别连续组织域、空间感知差异分析，空间单细胞LR互作分析等系列空间组学分析方法。旨在帮助用户更好地理解和分析单细胞空间转录组数据，为生命科学研究提供有力的支持。

软件仓库：aristoteleo/spateo-release: Spatiotemporal modeling of spatial transcriptomics (github.com)
操作文档：Spateo documentation (spateo-release.readthedocs.io)

1、在线安装

1.1 Linux 下conda环境内配置spateo

新建一个 pyhton_3.9.0 的conda环境 Spateo 用来测试 spateo 软件，注意 spateo 不支持 Python 3.7 以下更早期的 Python 版本

conda create -n Spateo python=3.9.0 -y

conda activate Spateo

如果当前系统环境没有GUN编译器的话会在安装过程报异常error: command 'gcc' failed: No such file or directory

conda install -c conda-forge cxx-compiler=1.2.0 -y ### conda 环境安装GUN 编译器套件

由于当前spateo软件依赖包的numba依赖包版本管理有些问题，需要提前安装较高版本的 numba

conda install numba==0.55.1 ### 推荐安装 numba 0.55.1

通过git工具从 GitHub 仓库直接拉取安装最新版本的 spateo

conda install git ### 安装git工具

pip install git+https://github.com/aristoteleo/spateo-release ### 拉取仓库

1.2 关于python下自动"import dynamo"打开 ipython 异常处理

异常是由spateo全局调用dynamo 引起的，解决是将全局调用dynamo 改为局部调用，以下是涉及全局调用dynamo的spateo模块和对应的仅使用spateo的函数
① /*/Minconda/envs/Spateo/lib/python3.9/site-packages/spateo/tools/three_dims_align.py :: 函数"def slices_align_ref"

② /*//Minconda/envs/Spateo/lib/python3.9/site-packages/spateo/plotting/static/position.py :: 函数"def position"

》》》接下来就可以正常在脚本环境调用spateo了,上面提到的异常已反馈给开发人员，有待更新处理

1.3 安装Scanpy 等辅助包 ，作为辅助流程使用

conda install -c conda-forge scanpy python-igraph leidenalg -y

pip install scanpy stardist imagecodecs cdlib

2、离线安装

注意当计算机网络不能访问GitHub拉去仓库的时候，按以下教程进行离线安装

以下离线包已上传在CSDN，打包下载使用

• miniconda

• spateo

1)、安装好miniconda并创建软件环境

执行 bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh按提示安装好 conda

conda create -n Spateo python=3.9.0 -y 配置环境

conda activate Spateo 激活环境

当前系统环境没有GUN编译器,就在当前conda环境配置一个conda install -c conda-forge cxx-compiler=1.2.0 -y，有的话就忽略这一步！

部分依赖包需要提前安装好，顺序执行以下命令

conda install numba=0.55.1 numpy=1.21.6 anndata=0.7.5 Cython=0.29.30 pillow aiohttp=3.8.1 pyyaml cffi=1.15.0 -y

conda install -c conda-forge scanpy python-igraph leidenalg

pip install mkdocs==1.3.1 cdlib scanpy stardist imagecodecs

2)、离线安装 spateo 软件

解压下载好的的 "spateo-release-main(修改版).zip" :unzip spateo-release-main(修改版).zip

move spateo-release-main(修改版) spateo-release && cd spateo-release

首先执行python setup.py install

在过程中如果出现依赖包无法安装，请使用conda install或 pip install安装,然后再次执行python setup.py install！

如果安装到最后报异常:KeyError: "There is no item named 'nbconvert/tests/***，使用安装命令pip install -v -e .处理

Reference

https://github.com/aristoteleo/spateo-release
https://spateo-release.readthedocs.io/en/latest/