Linux 下基于R语言打开hdf5(.h5)文件异常的处理方法

简介: 本文分享了如何在 Linux 中关闭 hdf5 文件锁定,让rhdf5 能够调用 HDF5库解析 h5文件的处理方法,以供参考

Linux 平台使用无法通过R语言的 rhdf5::H5Fopenhdf5r::H5File$new打开H5格式文件,抛出异常“HDF5. File accessibility. Unable to open file.” 参考 https://github.com/GreenleafLab/ArchR/issues/248?spm=a2c6h.13046898.0.0.5ae16ffa2qPYS6 完成Debug 过程记录:

1、异常 INFO

  • 1.rhdf5::H5Fopen 函数异常 error:
    data.h5 <- H5Fopen(name = "exp_matrix.hdf5")
    Error in H5Fopen(name = "exp_matrix.hdf5",  : 
    HDF5. File accessibility. Unable to open file.
    
  • 2.hdf5r::H5File$new 函数异常 error:

    hdf5r::H5File$new("exp_matrix.hdf5", mode="r")
    Error in H5File.open(filename, mode, file_create_pl, file_access_pl) : 
    HDF5-API Errors:
      error #000: H5F.c in H5Fopen(): line 620: unable to open file
          class: HDF5
          major: File accessibility
          minor: Unable to open file
    
      error #001: H5VLcallback.c in H5VL_file_open(): line 3501: failed to iterate over available VOL connector plugins
          class: HDF5
          major: Virtual Object Layer
          minor: Iteration failed
    
      error #002: H5PLpath.c in H5PL__path_table_iterate(): line 578: can't iterate over plugins in plugin path '(null)'
          class: HDF5
          major: Plugin for dynamically loaded library
          minor: Iteration failed
    
      error #003: H5PLpath.c in H5PL__path_table_iterate_process_path(): line 620: can't open directory: ~/local/Minconda/envs/scRNA/lib/hdf5/plugin
          class: HDF5
          major: Plugin for dynamically loaded library
          minor: Can't open directory or file
    
      error #004: H5VLcallback.c in H5VL__file_open(): line 3351: open faile
    

2、处理策略

引发该异常的原因是系统默认打开了使用HDF5库时启用文件锁定。解决方案:编辑Linux 用户的配置文件(.bashrc)添加以下两句环境变量:

export HDF5_USE_FILE_LOCKING="FALSE"
export RHDF5_USE_FILE_LOCKING="FALSE"

然后执行source ~/.bashrc,就可以解决Linux环境下无法读取h5文件的错误了。

Reference

Error in H5Fopen(file): Unable to open HDF5 file when using subsetArchRProject to create new arrow files · Issue #248 · GreenleafLab/ArchR (github.com)

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