synvisio在线工具 链接 https://synvisio.github.io/
之前知道这个工具，但是没有搞懂他的输入数据格式，最近看到一篇论文
Genome-wide signatures of adaptation to extreme environments in red algae
https://www.nature.com/articles/s41467-022-35566-x#Abs1
这里提到了论文中的figure1a是用这个在线工具做的
而且论文中提供了作图的数据文件，所以搞懂了这个在线工具的输入文件
- 一个是MCScanX这个软件共线性分析的结果
- 一个是四列的制表符分隔的文件 ，四列分别是 染色体id 基因名 基因起始位置，基因终止位置
接下来我们用MCScanX这个软件中的示例数据at_vv.blast 和 at_vv.gff来试一下
首先是安装MCScanX
参考链接 https://www.jianshu.com/p/88dcb3cdd18b
但是这个链接里提到的下载地址我已经打不开了 ，找到了 MCScanX这个软件的github主页，直接从github下载
https://github.com/wyp1125/MCScanX
下载好以后
unzip MCScanX-master.zip
cd MCScanX-master/
make报错
我运行了一下javac,提示我
然后把4个apt命令依次运行一下，这个需要有root权限
然后再make就成功了
这里没有和简书链接里提到的需要在三个文件开头添加内容
我将 at_vv.blast 和 at_vv.gff 文件放到一个practice文件夹下
cd practice
../MCScanX at_vv很快就得到了结果
at_vv.collinearity 和 at_vv.gff文件就是 synvisio在线工具作图需要的两个输入文件
首先是upload own data to dashboard上传这两个文件，所有选项都采用默认
然后到synteny dashboard去作图，还是所有选项都是默认
需要在这里分别选择染色体
这里遇到一个问题是目前只会做两个物种的，如果有多个物种该怎么办呢？
好像还可以添加额外的信息，但是那个track的文件内容该怎么准备暂时没有想明白
如果需要这两个示例文件可以给推文点赞，点击在看，最后留言
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