PHP应用的安全问题是非常重要的，以下是一些应对PHP应用的安全问题的方法：
1.输入验证：所有输入的数据（如表单数据、Cookie、请求参数等）都需要进行验证和过滤，防止恶意输入数据的注入攻击。
2.使用安全的密码存储：密码应该使用安全的哈希算法加密存储在数据库中，不应该以明文的形式存储。
3.安全的文件上传：文件上传功能需要进行文件类型和大小的验证，并对上传的文件进行严格的过滤和检查，防止恶意文件的上传和执行。
4.防止跨站脚本攻击（XSS）：在输出页面时，所有的用户输入数据都需要进行HTML转义，防止XSS攻击。
5.防止SQL注入攻击：使用预处理语句和参数化查询，避免SQL语句拼接，防止SQL注入攻击。
6.使用安全的Session管理：Session需要进行加密处理，并使用合适的过期时间来保证安全性。
7.使用HTTPS协议：使用HTTPS协议来保护敏感信息，防止中间人攻击和信息窃取。
当出现安全漏洞时，需要尽快采取措施进行修复，以下是一些处理安全漏洞的方法：
1.尽快修复漏洞：在发现漏洞后，尽快采取措施进行修复，避免攻击者利用漏洞进行攻击。
2.进行代码审查：对代码进行彻底的审查，尽量排除安全漏洞的存在。
3.及时更新软件版本：定期更新软件版本，以确保系统安全性。
4.与其他系统集成时，需要注意权限控制和数据验证：在与其他系统集成时，需要进行权限控制和数据验证，避免数据泄露和安全问题。
底层原理方面，以上安全措施都是基于对Web应用程序的各个组成部分（如数据库、文件系统、网络通信等）进行安全处理的。这些安全措施的实现依赖于底层的操作系统和网络通信机制，如输入输出流、进程间通信、加密解密算法、用户权限控制等。因此，深入理解操作系统底层原理和相关的安全机制对于Web应用程序的安全处理非常重要。
