PHP 程序的运行和调试可以通过命令行模式、Web 服务器模式、集成开发环境（IDE）等方式进行。
在命令行模式下，可以使用 PHP 命令来直接运行 PHP 程序。命令行模式下的 PHP 程序运行时，会调用 Zend 引擎来解析和执行 PHP 代码，生成相应的输出结果或者错误信息。此外，命令行模式还提供了一些调试选项，如 -d、-r、-h 等，用于设置 PHP 的运行参数和输出方式，方便进行程序调试和优化。
在 Web 服务器模式下，可以使用 Apache、Nginx 等常见的 Web 服务器来运行 PHP 程序。在这种模式下，Web 服务器会调用 PHP 模块来处理 PHP 请求，并使用 FastCGI 协议来与 PHP 模块进行通信。PHP 模块在接收到请求后，也会调用 Zend 引擎来解析和执行 PHP 代码，生成相应的输出结果或者错误信息。此外，Web 服务器模式也提供了一些调试选项，如 PHP 错误日志、Xdebug 调试器等，用于进行程序调试和错误处理。
在集成开发环境（IDE）中，可以使用 PHPStorm、Visual Studio Code、Eclipse 等专门针对 PHP 开发的 IDE 工具来进行程序的编写、调试和优化。这些 IDE 工具提供了一系列方便的功能，如代码自动完成、语法高亮、断点调试、性能分析等，大大提高了开发效率和代码质量。
底层原理上，PHP 程序的运行和调试主要依赖于 Zend 引擎，它负责解析 PHP 代码、将其编译成字节码、执行字节码，并生成相应的输出结果或者错误信息。在进行调试时，Zend 引擎还会提供一些额外的调试信息，如函数栈信息、变量值信息等，以便开发人员快速定位和解决程序错误。同时，Zend 引擎还提供了一些内置的扩展和 API，如内存管理、文件系统、数据库访问等，方便开发人员进行各种操作和功能实现。
