Fasta和Fastq文件

简介: Fasta和Fastq文件

fatsa和fastq文件是生物信息学中最常用存储序列信息的文件类型。二者都是纯文本文件(plain text),和txt文件属于一种。或者说,fasta和fasta本质上就是一个txt文件,只是后缀名从txt改成了fasta/fastq,同时在内容上各自遵循一定的格式。这里先列出两种文件的一部分内容:

1. fasta文件

>seq1
AGCTAGGGCCACT
>seq2
AGCTAGGGCCACTAAATTCGAGAG
>seq3
AGCTAGGGCCACTAAATTCGAGAGAGCTAGGGCCACTAAATTCGAGAG
AGCTAGGGCCACTAAATTCGAGAGAGCTAGGGCCACTAAATTCGAGAG
AGCTAGGGCCACTAAATTCGAGAGAGCTAGGGCCACTAAATTCGAGAG
AGCTAGGGCCACTAAATTCGAGAG

fasta文件中,每一条序列至少由两行组成。

  • 第一行由>开头,其后紧跟序列的名字(ID),这个名字需要保证在文件中只出现一次,即是唯一的;
  • 第二行放置的就是序列的本身,在fasta中,序列本身可以放置一行,也可以放置多行。

2. fastq文件

@read1
CCCTTCTTGTCTTCAGCGTTTCTCC
+
;;3;;;;;;;;;;;;7;;;;;;;88
@read2
TTGGCAGGCCAAGGCCGATGGATCA
+
;;;;;;;;;;;7;;;;;-;;;3;83
@read3
GTTGCTTCTGGCGTGGGTGGGGGGG
+read3
;;;;;;;;;;;9;7;;.7;393333

fastq文件中,每一条序列至少由四行组成。

  • 与fasta不同的是,第一行由@开头,其后紧跟序列的名字;
  • 第二行放置的就是序列本身;
  • 第三行是一个固定的字符+,其后可以跟序列名,也可以不跟
  • 第四行是与第二行序列对应的质量值,由一些字符组成,数值大小等于字符对应的ASCII码(ASCII码是在计算机中存储字符时的整数与字符的对应表)

3. 应用

fasta文件主要用来存储序列数据,可以是DNA也可以是RNA也可以是蛋白质序列数据。只要按照格式存储即可。

fastq文件主要用来存储测序数据,其上有质量值,可以用来辅助后续序列的组装。

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