使用PyTorch实现鸟类音频检测卷积网络模型(上)

本文涉及的产品
交互式建模 PAI-DSW,5000CU*H 3个月
简介: 使用PyTorch实现鸟类音频检测卷积网络模型

介绍


你听说过自动语音识别,你听说过音乐标签和生成,但是你听说过鸟的声音检测吗?


大约在一年前,在我高二的时候,我第一次听到这种音频深度学习的用例。事实上,鸟音频检测是我做深度学习和计算机科学的第一个项目。我参与了一个研究项目,在北阿拉斯加的郊区用纯粹的声音来探测鸟类的存在。跳入其中,鸟的音频检测出现了这样一个利基(有利可图的形式),在本文中,我将向您展示如何在BirdVox-70k数据集上使用一个简单的卷积神经网络(CNN)来实现这一点。

为什么鸟类的声音检测很重要呢?

多年来,鸟类音频检测应用中深度学习模型的使用一直在不断发展进步,这也是一些人对此非常感兴趣的原因。首先,鸟类移动速度快,体型小,已经很难追踪。此外,不同种类的鸟都有自己独特的发声方式,这使得鸟类通过声音和听觉来检测比通过视觉来检测更加可取。最后,由于鸟类是生态系统的一部分,它们的存在和迁徙模式往往是任何特定地区环境健康的警示信号。

那么,为什么不录制一段音频,然后发送给人类稍后再听呢?

手动标记音频是昂贵的,乏味的,而且可能不接近实时。

所以,这就是深度学习和cnn发挥作用的地方。如果我们的模型足够精确,我们可以通过在野外设置麦克风来自动记录鸟类迁徙模式和追踪鸟类种类。有了这些数据,我们可以更深入地了解世界的生态系统,并充分了解气候变化对环境的影响。

那么,上面这张图是什么呢?

让我们先谈谈声音。声音基本上是由奇特的压力波组成的,这些压力波通过空气进入我们的耳膜,可以被数字设备作为信号记录下来。结果表明,我们可以将这个信号绘制如下图:

640.jpg

然而,这种长线图看起来并不是特别适合用于任何深度学习模型,更不用说CNN了。事实上,如果我现在告诉你,上面的音频信号代表了一只鸟的鸣叫,你会相信我吗?你反而会认为这是我随意创作的情节。如果你认为鸟鸣声是在第10000 波动点 左右,如果我说鸟鸣声是在正中间在第6000波动点?

那么,如果我们自己都不能做出任何强有力的假设,那么深度学习模型又如何能做到这一点呢?

我们并没有完全陷入困境。实际上还有另一种表示声音的方法:声谱图。频谱图是通过在一个小时间窗口中记录频率的存在和各自的强度,沿着x轴(用时间单位表示)堆叠,直到频谱图覆盖音频信号的总持续时间。在创建谱图的过程中,时间窗本身会发生重叠,通常频率强度(音量或响度)用颜色表示,或者用数字来表示高/低值。

640.png

从上面所示的完全相同的波形中锻造出的光谱图。x轴、y轴和标绘颜色分别表示时间单位、频率(赫兹)和频率强度。现在,你能清楚地分辨出鸟儿是否鸣叫以及何时鸣叫吗?

如果有一个来自上面的信号的光谱图,那么鸟儿是否鸣叫以及何时鸣叫就会清楚得多。具体来说,“只是因为”,你可以看到独特的活动大约6000赫兹在250毫秒的马克;那是鸟的叫声。因此,CNN音频分类器经常以光谱图作为输入,鸟叫声的音频检测模型也不例外。

准备

为此,我使用了BirdVox的BirdVox-70k数据集,该数据集包含半秒(500ms)的录音/波形,其中包含或不包含鸟叫声。数据集来自于它的大哥BirdVox-full-night,这两种鸟都是在2015年秋天在美国纽约州的Ithaca被记录的。每个波形的标签包含在它的每个文件名作为最后一个数字(0或1)。尽管70 k数据集拥有大约70000的视频数据(因此得名),我只会用三分之二的(更具体地说,50000左右)。

数据被捆绑在独立的HDF5文件中,这意味着我计划使用的已经减少的50,000个样本实际上被分割成4个不同的。HDF5文件。每个波形都被存储成一组,有它自己的“文件名”标签,所有这些都被存储到称为“波形”的另一组。

即使在阅读了h5py文档之后,我也没有看到像上面描述的那样的开发。这些发现已经让我做了两个最糟糕的数据准备的噩梦。因为存储空间的原因,我无法改变已经给我的数据的格式。这给我留下了最后一个选项:创建一个非常自定义的PyTorch数据集类DataSet,这样我就可以继续工作。

但在我继续之前,让我们听一些简短的音频样本,以及一些简单的数据分析数据集(警告-降低你的音量,因为样本可能比预期的更大):

在把所有的文件组合在一起之后,bird-positive音频样本的比例正好是50%,就像他们网站上承诺的那样。每个鸟正波形的文件名还包括鸟叫声的频率。把所有这些整理在一起,我发现如下:

640.png

很多电话的音调会很高。大部分的样本是这样的,但是绝大多数实际上更接近较低的频率(2000-3500赫兹)。很奇怪!

Dataset & Dataloader类

我们知道有一些独立的。hdf5文件要处理成一个“数据集”,而且每个文件都有一些奇怪的数据结构。这些条件肯定需要一个自定义PyTorch Dataset类来正确加载音频数据,以便以后进行训练。Dataset类主要需要剩下的__init____getitem__函数(还有剩下的__len__,但这很简单)。以下是我计划要做的事情:

__init__

遍历所有四个文件中的每个波形的每个组名,并将其所属的文件和HDF5组追加到属于该类的列表中。

获取波形的标签(文件/组名的最后一位)并将其附加到属于该类的另一个列表中。例如,文件名unit03_012712228_00000_0表示没有鸟叫声。

准备一个变换函数,应用到波形,将其转换为光谱图(具体地说,mel-scaled的光谱图),并考虑到其他增强技术。

__getitem__

为在初始化之时创建的列表提供索引

一旦通过列表接收到波形的位置,打开该波形的HDF5文件。所有的HDF5 I/O都将使用python库h5py来处理把它变成PyTorch张量并应用任何变换,包括谱图变换。

将项目返回给调用者

下面,Dataset类的代码:

class BirdVox70kDS(Dataset):
    def __init__(self, root_dir, fnames, transforms=None):
        # store transforms func
        self.transforms = transforms
        # initialize storage arrays
        self.wave_loc = []
        self.labels = []
        # for each hdf5 file...
        for fname in fnames:
            # open the file
            fhdf5 = os.path.join(root_dir, fname)
            with h5py.File(fhdf5, 'r') as f:
                # navigate to `waveforms` group
                waveforms = f['waveforms']
                # for each piece of data...
                for waveform in waveforms.keys():
                    # append waveform filename for later access
                    self.wave_loc.append([fhdf5, waveform])
                    # (label == last digit of filename)
                    self.labels.append(waveform[-1])
        # turn them into np.arrays
        self.wave_loc = np.array(self.wave_loc)
        self.labels = np.array(self.labels)
        # melspec transform (similar to `librosa.feature.melspectrogram()`)
        self.melspec = T.MelSpectrogram(sample_rate=24000,
                                        n_fft=2048,
                                        hop_length=512)
    def __len__(self):
        # size of dataset
        return len(self.labels)
    def __getitem__(self, idx):
        # fetch waveform from hdf5 file & label
        fhdf5, waveform = self.wave_loc[idx]
        with h5py.File(fhdf5, 'r') as f:
            wave = f['waveforms'][waveform]
            # convert to np array for faster i/o performance
            # ^^ https://github.com/pytorch/pytorch/issues/28761
            wave = np.array(wave)
            # apply other specified transforms
            if self.transforms:
                wave = self.transforms()(wave)
            # convert into tensor & apply melspec
            wave = self.melspec(torch.Tensor(wave))
            # unsqueeze adds dimension needed for pytorch's `Conv2d`
            wave = wave.unsqueeze(0)
        # parse label (still a string)
        label = self.labels[idx]
        return wave, int(label)

我们定义数据集文件的目录和文件名本身。我决定使用4个文件中的3个作为测试数据,最后一个作为验证/测试集来度量模型的性能,为后者留下最小的文件。由于每个文件的所有记录设备都设置的比较近(在伊萨卡的同一个城市),我认为绕过随机分割不会引入大量的偏差。

root_dir = '/notebooks/storage/'
fnames = ['BirdVox-70k_unit03.hdf5',
          'BirdVox-70k_unit07.hdf5',
          'BirdVox-70k_unit10.hdf5']
train_ds = BirdVox70kDS(root_dir, fnames)
val_ds = BirdVox70kDS(root_dir, ['BirdVox-70k_unit01.hdf5'])


在我们的数据集之后,下面就是使用dataloaders了:

batch_size = 128
train_dl = DataLoader(train_ds, batch_size, shuffle=True, pin_memory=True)
val_dl = DataLoader(val_ds, batch_size * 2, pin_memory=True)
# having `num_workers > 1` will crash dataloader when working w/ h5 files
# ^^https://github.com/h5py/h5py/blob/master/examples/multiprocessing_example.py#L17-L21

定义dataloaders,它将分批返回数据。在使用PyTorch和HDF5文件时,我尝试过设置多个“num_workers”,但发现存在一个bug

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