缺点有：
插入性能依赖于插入顺序，如果我们按照主键进行升序插入，那么插入数据的效率肯定是最高的，否则可能会出现页分裂，严重影响性能。因此，对于InnoDB引擎，我们一般会定义一个自增的列为主键。
更新主键的代价很高。更新主键将导致被更新的行移动，我们一般定义,在InnoDB引擎中，主键不可更新。
二级索引(后面介绍)要经过两次索引查找，一次找到主键值，第二次根据主键值找到行数据。
聚簇索引有以下几点需要注意：
对于Mysql数据库，MyISAM搜索引擎一般没有聚簇索引，InnoDB支持聚簇索引。
由于数据的物理存储方式只能有一种，一个表只能有一个聚簇索引，一般就是使用主键；如果没有指定主键，InnoDB会自动选择一个非空唯一索引构建聚簇索引；如果没有合适的字段，InnoDB会隐式的创建主键构建聚簇索引。
3.2 二级索引
二级索引又称为非聚簇索引，辅助索引。一个表中只允许有一个聚簇索引，但是允许有多个二级索引。如果我们需要依赖非主键进行查找，就需要二级索引了。
如下图，二级索引的叶子节点并不会存储完整的数据，只是存储了建立索引的列的值与主键值。
我们如果需要进行如下查找:
select * form index_demo where c2 = 4
需要先在二级索引中查找到对应的数据项，也就是主键为1，4，10的记录，再到聚簇索引中去查找对应主键值的数据，这个过程我们称之为回表。
对于聚簇索引，数据的查询效率更高(不用回表)。但是对于非聚簇索引，更新数据的效率更高，比如我们更新一个记录的c3列的值，对应的聚簇索引的值也需要进行更新，但是c2的二级索引并没有存储c3的数据，因此不用更新。
3.3 联合索引
严格来说，联合索引属于非聚簇索引。设想如下场景。
（1）对于数据基于c2排序
（2）如果c2数据相同则基于c3排序
这种场景就可以建立联合索引。
3.4.InnoDB的B+树注意事项
3.4.1 根页面位置万年不动
前面我们在介绍时，为了方便大家的理解，先把叶子节点构建了出来，然后往上增加层次。实际上，B+树的形成过程是这样的。
当我们创建一个新的索引时(或者主键自动生成新的索引时)，初始时将会创建一个节点作为根节点，此时根节点中没有用户记录，也没有数据项记录。
当插入记录时，记录会被插入到根节点。
当根节点的记录满了，会分配一个新的数据页，比如数据页A，将根节点的数据全部拷贝到数据页A中，然后数据页进行页分裂操作得到页B，此时插入数据时再根据键值大小(主键值大小或者索引列值大小)决定插入到数据页B中还是数据页A中。
根节点会晋升为目录页。
根节点万年不动的原则保证InnoDB数据需要使用某个索引时可以在固定位置取出根节点的页号，从而来访问这个索引。
3.4.2 内节点中目录项记录具有唯一性
我们知道B+树的目录页中存储的记录为页号+索引列数据，这样的描述其实并不严谨。
假设index_demo表中的数据如下表。
此时建立的二级索引B+树如下图。
如果我们需要增加一个记录(9,1,‘c’)，我们是应该把这个记录添加到页4还是页5呢？
因此我们必须要求内节点(非叶子节点)的记录(除页号)是唯一的。如何能够实现呢？我们可以自然联想到主键是唯一的。因此下图才是我们实际上真正构建的二级索引的B+树。
此时添加记录(9，1，‘c’)就不迷惑了。我们先判断c2一样，再判断主键值，可以确定应该在页5中添加数据。
3.4.3 一个页面最少要存储两条记录
如果一个页面的记录数少于两条，甚至都无法分为二叉树，只是简单的单向连接。
4.MyISam的索引方案
4.1 不同存储引擎索引的区别
B+树适用的存储引擎如下所示。
注：MySql官方中写的B-Tree就是我们所理解的B+树。
InnoDBheMyISAM默认索引都是B-Tree，不过MyISAM中叶子节点data域中存放的是数据记录的地址。而Memory支持的默认索引是Hash索引。
4.2 MyISam索引的原理
下面我们将介绍MyISam的索引原理。MyISam使用myd文件存储数据，用myi文件存储索引，MyISam的存储原理与InnoDB的聚簇索引的存储原理显然不同(索引即数据，数据即索引)。实际上，MyISam中根本不存在聚集索引的概念，它的索引都相当于二级索引。
其索引存储示例如下。
上图的col1是主键，一般我们都是按照主键递增来增加数据的 ，但如果我们增加一条主键为3的数据，还需要进行重新排序吗？答案是否，它会被直接添加到表格后，不进行排序。
实际上如果针对col2建立索引，与基于主键构建索引在结构上并没有什么不同。
4.3 MyISam与InnoDB索引方案的对比
MyISam的索引不存储记录的数据值(或主键值)，只存储数据地址，一定需要进行回表操作。
InnoDB的数据文件与索引文件是同一个，MyISam的数据文件与索引文件是分离的。
MyISam回表操作十分快速，因为是拿着地址的偏移量直接到文件中取数据。
InnoDB必须要有主键(如果没有会隐式指定)，MyISam没有聚簇索引与二级索引的说法，不需要在二级索引中查找到主键值后再去聚簇索引中查询回表，因此并不是必须需要有主键。当然，我们为了查询方便，也会对该存储引擎的表设置索引。
4.4 索引方案与索引优化的关系
了解不同存储引擎的存储方案有利于我们进行索引优化。
例1：
InnoDB搜索引擎的主键值就不宜设置的过长，因为在所有二级索引中都需要对主键值进行存储。
例2：
用非单调(递增、减)字段在InnoDB存储引擎的表中做主键不合适。因为InnoDB的数据文件本身就是一棵B+树，会基于主键建立聚簇索引。导致我们在插入数据时频繁的发生页分裂。
