INSVAST_个人页

INSVAST
个人头像照片
114
0
0

个人介绍

暂无个人介绍

擅长的技术

获得更多能力
通用技术能力:

暂时未有相关通用技术能力~

云产品技术能力:

暂时未有相关云产品技术能力~

阿里云技能认证

详细说明
暂无更多信息

2025年08月

  • 08.14 14:50:04
    发表了文章 2025-08-14 14:50:04

    Sentieon 项目文章 | 一例中国男童及139例Pearson综合征患者的临床和遗传特征

    皮尔逊综合征(Pearson Syndrome,PS)是一种由线粒体DNA缺失引起的罕见多系统遗传病,主要影响骨髓和胰腺功能。该病通常在婴儿早期发病,以难治性贫血为主要表现,并逐渐累及多个器官系统。由于PS多为散发病例,临床表型复杂多样,且缺乏大样本的系统性研究,给临床诊断和治疗带来挑战。 为此,研究团队对一例中国男童PS病例进行了临床特征分析和基因检测,通过线粒体全基因组测序和全外显子测序明确了患者的遗传学病因,并分析了突变与临床表型的关联。通过文献检索收集139例PS病例资料,系统总结了该疾病的临床表现谱系和遗传特征。
  • 08.06 16:08:32
    发表了文章 2025-08-06 16:08:32

    Sentieon 项目文章 | 偏远社区原住民澳大利亚人的血型基因组图谱

    提维岛民由于遗传隔离形成了独特的血型抗原分布特征,与澳大利亚主要献血群体存在显著差异,在输血过程中容易引发同种免疫反应。面临着因血型抗原多态性导致的输血风险。 为此,为解决这一问题,首次采用基于全基因组测序的RBCeq算法,对457例提维岛民样本进行了系统性血型分析。通过1000基因组计划第三阶段(1KGP3)与数据比对,结合主成分分析、群体遗传结构解析系统描绘了该群体的血型基因组特征。 研究发现提维人群具有显著的血型特异性:O型血比例高达81.18%,A2亚型极罕见,存在独特的RHD变异(如DIII type4频率1.75%),同时观察到Do(a+b-)表型高发和Fy(a-b+)表型低发。

2025年07月

  • 07.09 11:31:34
    发表了文章 2025-07-09 11:31:34

    Sentieon 项目文章 | 通过深度测序对血浆中游离线粒体 DNA 进行定量和表征

    血浆中的线粒体DNA损伤相关分子模式(mtDNA DAMPs)与多种疾病的发病机制和预后密切相关。目前主流的qPCR检测方法存在诸多局限性,如易受核基因组线粒体插入序列干扰、检测范围有限等问题。 虽然全基因组测序可能克服这些局限,但血浆中mtDNA含量过低难以达到理想测序深度。 为此,研究团队开发了一种新型RNA靶向捕获方法,结合WGS和生物信息学分析,旨在实现对血浆mtDNA的准确定量、片段分布分析、序列来源识别及变异检测。并在四名重度创伤患者的血浆样本中进行了验证,为血浆mtDNA的深入研究提供了新的技术手段。
  • 07.03 14:23:46
    发表了文章 2025-07-03 14:23:46

    Sentieon项目文章 | 儿童罕见病队列研究:整合研究与临床基因组学计划

    不同的研究方案和各异的临床及研究制度下收集的基因组数据存在的区别,因此创建协调统一的数据库是有益的,尤其在儿科罕见疾病领域。且能解决研究型医院在研究和临床实践时面临诸多的挑战,能满足不同环境的独特要求和目标,包括众多利益相关者的需求。 为此研究团队使用通过设计、样本收集、基因测序、表现分析和数据处理等方法创建了一个共享的GORdb数据库。在此过程中Sentieon被用于读取比对、深度计算、重新比对、重校准和变异检测。 数据库目前共计8516个外显子组和112个基因组数据,在168个基因中识别出253个重要变异,在29个基因中发现43个变异体的临床确认。

2025年06月

  • 06.12 16:46:17
    发表了文章 2025-06-12 16:46:17

    Sentieon 项目文章 | 长读长基因组测序在神经发育障碍分子诊断中的应用

    神经发育障碍(NDDs)困扰着全球1-3%的儿童。截止文章发表(2021),WGS和WES仍被认为是临床诊断和NDDs病因研究的强大工具。由于短读长测序技术仍难以明辨某些类型的变异,仍有大量NDDs病例仍无法找到具体的遗传变异原因。 研究团队使用Pacific Biosciences开发的(CCS/HiFi)技术检测并分析了6个NDD病例,成功在一个病例中发现CDKL5基因的L1介导插入;在另一个病例中发现多个可能影响7个蛋白质编码基因的结构变异。在检测过程中展示了CCS在低可映射区域覆盖度、重复区域分析以及变异检测方面的优势。由此证明CCS显著提高罕见遗传病相关变异的检测成功率。

2025年05月

2025年04月

2025年03月

2025年02月

2025年01月

2024年12月

2024年11月

  • 11.27 10:53:38
    发表了文章 2024-11-27 10:53:38

    文献解读-Transcriptional Start Site Coverage Analysis in Plasma Cell-Free DNA Reveals Disease Severity and Tissue Specificity of COVID-19 Patients

    这项研究展示了 cfDNA 分析在揭示新冠肺炎进展中的组织参与情况和疾病机制方面的潜力。它强调了 cfDNA 作为无创生物标志物在疾病严重程度检测、患者监测和预后评估中的应用价值。这种方法为理解新冠肺炎的病理生理学提供了新的视角,并可能帮助开发更有针对性的治疗策略。
  • 11.12 17:05:46
    发表了文章 2024-11-12 17:05:46

    文献解读-DNAscope: High accuracy small variant calling using machine learning

    在这项研究中,研究组证明了DNAscope在不同样本和不同覆盖度水平下都能达到比DNAseq更高的准确性。使用GA4GH分层区域进行的分层分析,能够确认DNAscope在大多数分层区域中都具有高准确性,并突显了DNAscope在插入缺失(indels)和包含变异检测较困难的基因组区域的分层中具有更高的准确性。DNAscope结合了GATK's HaplotypeCaller中使用的成熟数学和统计模型,以及用于变异基因型分析的机器学习方法,在保持计算效率的同时实现了卓越的准确性。
  • 11.07 11:19:57
    发表了文章 2024-11-07 11:19:57

    Sentieon软件快速入门指南

    Sentieon为纯CPU计算加速软件,完全适配主流CPU计算架构:Intel、AMD、海光等X86架构CPU,华为鲲鹏、阿里倚天等ARM架构CPU。可灵活部署在实验室单机工作站、HPC集群、超算中心和云计算中心,保持同一套流程下不同规模数据计算结果的一致性。Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验,致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈,为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案,共同推动基因技术的发展。

2024年10月

  • 10.28 15:09:18
    发表了文章 2024-10-28 15:09:18

    文献解读-Sentieon DNAscope LongRead – A highly Accurate, Fast, and Efficient Pipeline for Germline Variant Calling from PacBio HiFi reads

    PacBio® HiFi 测序是第一种提供经济、高精度长读数测序的技术,其平均读数长度超过 10kb,平均碱基准确率达到 99.8% 。在该研究中,研究者介绍了一种准确、高效的 DNAscope LongRead 管道,用于从 PacBio® HiFi 读数中调用胚系变异。DNAscope LongRead 是对 Sentieon 的 DNAscope 工具的修改和扩展,该工具曾获美国食品药品管理局(FDA)精密变异调用奖。
  • 10.24 17:15:14
    发表了文章 2024-10-24 17:15:14

    「毅硕|生信教程」 micromamba:mamba的C++实现,超越conda

    还在为生信软件的安装配置而烦恼?micromamba(micromamba是mamba包管理器的小型版本,采用C++实现,具有mamba的核心功能,且体积更小,可以脱离conda独立运行,更易于部署)帮你解决!
  • 10.15 15:19:00
    发表了文章 2024-10-15 15:19:00

    文献讨论-Chromosome-Level Genome Assembly of the Green Peafowl (Pavo muticus)

    关键词:长读长测序;基因测序;变异检测; 标题(英文):Chromosome-Level Genome Assembly of the Green Peafowl (Pavo muticus) 标题(中文):绿孔雀(Pavo muticus)的染色体级基因组组装 该研究发现了目前最全面、最完整的绿孔雀基因组,它将成为未来绿孔雀生态学、进化和保护研究的宝贵资源。
  • 10.09 10:37:37
    发表了文章 2024-10-09 10:37:37

    文献解读-​ ​Listeria monocytogenes personalized cancer vaccines drive therapeutic immune responses to cancer derived neoantigens

    这项研究展示了ADXS-NEO新抗原癌症疫苗在克服癌症免疫治疗两大主要挑战方面的潜力。通过使用临床前小鼠肿瘤模型,研究证实ADXS-NEO能够产生强大的新抗原特异性T细胞反应,并将"冷"肿瘤微环境转变为"热"。作为一种基因工程改造的单核细胞李斯特菌疫苗,ADXS-NEO每个构建可靠定多达40个潜在新抗原,在MC38肿瘤模型中引发强大T细胞反应。系统给药后,它能驱动促炎性先天和适应性免疫,减弱肿瘤内的免疫抑制细胞(如调节性T细胞、髓系来源抑制细胞和M2型肿瘤相关巨噬细胞),同时产生效应αβ/γδ肿瘤浸润T细胞和M1型巨噬细胞。

2024年09月

2024年08月

2024年07月

  • 07.25 10:03:28
    发表了文章 2024-07-25 10:03:28

    文献解读农业系列第八期|《有害突变在多倍体棉花中积累速度快于二倍体棉花,且在亚基因组间不平衡》

    该研究为基因组多倍体化提供了一个全基因组视角,对理解有害突变的进化命运具有重要的意义。
  • 07.16 15:57:40
    发表了文章 2024-07-16 15:57:40

    Sentieon | 应用教程:唯一分子标识符(UMI)

    **Sentieon®工具通过UMI处理NGS数据,减少PCR误差和提高变异检测准确性。流程包括:umi extract(提取UMI标签),bwa mem对齐,umi consensus(创建一致性分子),再次对齐并排序。umi extract根据读取结构提取条形码,umi consensus生成共识Fastq,最终比对产生用于变异调用的BAM文件。该流程适用于体细胞突变检测,推荐使用TNscope®。日志提供质量控制信息,如组大小直方图和双工统计。**
  • 07.15 16:41:50
    发表了文章 2024-07-15 16:41:50

    Sentieon | 应用教程:Sentieon分布模式

    本文档描述了如何利用Sentieon®基因组学工具的分片能力将DNAseq®流程分布到多台服务器上;将其他流程(如TNseq®)进行分布遵循相同原则,因为所有Sentieon®基因组学工具都具有相同的内置分布式处理能力。这种分布的目标是为了减少流程的总运行时间,以更快地生成结果;然而,这种分布也会带来一些额外的开销,使计算成本增加。
  • 发表了文章 2025-08-14

    Sentieon 项目文章 | 一例中国男童及139例Pearson综合征患者的临床和遗传特征

  • 发表了文章 2025-08-06

    Sentieon 项目文章 | 偏远社区原住民澳大利亚人的血型基因组图谱

  • 发表了文章 2025-07-09

    Sentieon 项目文章 | 通过深度测序对血浆中游离线粒体 DNA 进行定量和表征

  • 发表了文章 2025-07-03

    Sentieon项目文章 | 儿童罕见病队列研究:整合研究与临床基因组学计划

  • 发表了文章 2025-06-12

    Sentieon 项目文章 | 长读长基因组测序在神经发育障碍分子诊断中的应用

  • 发表了文章 2025-05-29

    Sentieon 项目文章 | 社区努力识别和纠正蛋白质基因组研究中标签错误的样本

  • 发表了文章 2025-05-22

    文献解读-使用 Sentieon ctDNA 分析管道高精度、高效地处理 UMI 数据集

  • 发表了文章 2025-05-15

    文献解读-Sentieon DNAscope LongRead – A highly Accurate, Fast, and Efficient Pipeline for Germline Variant Calling from PacBio HiFi reads

  • 发表了文章 2025-04-29

    文献解读-The chromosome-scale genome of the raccoon dog: Insights into its evolutionary characteristics

  • 发表了文章 2025-04-24

    Sentieon软件发布V202503版本

  • 发表了文章 2025-04-17

    文献解读-Identification of driver genes for critical forms of COVID-19 in a deeply phenotyped young patient cohort

  • 发表了文章 2025-04-09

    文献解读-CRISPR-Cas9 generated Pompe knock-in murine model exhibits early-onset hypertrophic cardiomyopathy and skeletal muscle weakness

  • 发表了文章 2025-03-26

    文献解读-SARS-CoV-2 variant Delta rapidly displaced variant Alpha in the United States and led to higher viral loads

  • 发表了文章 2025-03-14

    文献解读-Identification of Key Candidate Genes for Beak Length Phenotype by Whole-Genome Resequencing in Geese

  • 发表了文章 2025-03-05

    文献解读-Chromosome-Scale Genome of Masked Palm Civet (Paguma larvata) Shows Genomic Signatures of Its Biological Characteristics and Evolution

  • 发表了文章 2025-02-26

    文献解读-Integrative Genomic Analysis of Drug Resistance in MET Exon 14 Skipping Lung Cancer Using Patient-Derived Xenograft Models

  • 发表了文章 2025-02-20

    文献解读-Thiabendazole Inhibits Glioblastoma Cell Proliferation and Invasion Targeting Mini-chromosome Maintenance Protein 2

  • 发表了文章 2025-02-14

    文献解读-Genetic Determinants of Sudden Unexpected Death in Pediatrics

  • 发表了文章 2025-02-07

    文献解读-Case Report: Prenatal Diagnosis of Postaxial Polydactyly With Bi-Allelic Variants in Smoothened (SMO)

  • 发表了文章 2025-01-22

    文献解读-Pathogenic variants carrier screening in New Brunswick: Acadians reveal high carrier frequency for multiple genetic disorders

正在加载, 请稍后...
滑动查看更多
正在加载, 请稍后...
暂无更多信息
正在加载, 请稍后...
暂无更多信息