固定班次，一天打2次卡；那么如果有员工上半天班，

在使用阿里云的考勤管理系统（如钉钉等）时，如果员工上半天班且忘记打下班卡，导致考勤状态为缺卡，之后申请补卡的情况，具体的处理方式会依据企业的具体考勤规则设置而定。一般而言，系统允许管理员或员工本人根据实际情况调整和补录打卡记录。

如果企业设定的规则是允许并针对这种情况有明确的半天工作时间补卡流程，那么在员工申请补卡并说明情况后，系统很可能会记录他当天为半天的工作时间。管理员或有权限的员工可以在系统中手动更正打卡记录，将其调整为上午的上班时间和一个合理的下班时间（例如中午休息前的时间），从而反映其实际的半天工作情况。

但如果企业没有特别规定，或者系统默认处理逻辑是以补卡作为完整出勤的依据，则可能记录整天时间，但这通常不符合半天工作的实际情况，因此需要根据企业的具体管理规定来操作。

综上所述，关键在于企业内部的考勤政策以及如何在考勤系统中配置相应的规则。建议与人力资源部门或系统管理员确认公司的具体处理流程，以确保考勤记录的准确性。