R沟通｜Rmarkdown教程（2）

2022-05-20 1004

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简介： 假设你已经安装了R[1]（R Core Team 2020）和RStudio IDE[2]。

1. 安装

假设你已经安装了R^[1]（R Core Team 2020）和RStudio IDE^[2]。

不需要RStudio，但建议使用RStudio，因为它可使普通用户更轻松地使用R Markdown。如果未安装RStudio IDE，则必须安装Pandoc（http://pandoc.org），否则不需要单独安装Pandoc，因为RStudio已将其捆绑在一起。

接下来，Rstudio中安装rmarkdown软件包，可以通过下面任意一种方式：

# Install from CRAN
install.packages('rmarkdown')
# Or if you want to test the development version,
# install from GitHub
if (!requireNamespace("devtools"))
  install.packages('devtools')
devtools::install_github('rstudio/rmarkdown')

如果要生成PDF输出，则需要安装LaTeX。对于从未安装过LaTeX的R Markdown用户，建议安装TinyTeX^[3]：

install.packages('tinytex')
tinytex::install_tinytex()  # install TinyTeX

TinyTeX是一种轻便，可移植，跨平台，易于维护的LaTeX发行版。R配套软件包tinytex可以帮助你在将LaTeX或R Markdown文档编译为PDF时自动安装缺少的LaTeX软件包，并确保将LaTeX文档编译正确的次数以解决所有交叉引用。

注：如果TinyTex通过上面代码无法正常安装，可以参考张敬信老师的知乎文章：搭建Latex环境：TinyTex+RStudio https://zhuanlan.zhihu.com/p/328585804

如果编译.rmd格式时出现缺失某些Latex包，可以参考这节内容https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/install-latex-pkgs.html

2. 新建Rmarkdown项目

点击Rstudio左上角的新建项目，选择Rmarkdown文件格式，即可建立一个rmarkdown编辑文件。

新建流程

在弹出的选项框里，可以申明rmarkdown的Title、Author以及默认的输出文件格式，一般可以选择HTML、PDF、Word格式，具体见下图。

选项框

在新建的markdown文件里，主要包含三块内容：1.YAML、2.markdown文本、3.代码块。

rmd主要包含

1）YAML

YAML是Rmarkdown的头部文件(上图1位置)，YAML定义了rmarkdwon的性质，比如title、author、date、指定output文件类型等。

2）markdown文本

markdown文本是rmarkdown里的主要内容(上图3位置)，由编辑人员按照markdown语法自行编写文本内容，

3）代码块

rmarkdown的一个主要功能是可以执行文件内的代码块(上图2位置)，并将代码执行结果展示在markdown里。这对撰写数据分析报告带来了极大的便利。Rmd文件中除了R代码段以外，还可以插入Rcpp、Python、Julia、SQL等许多编程语言的代码段，常用编程语言还可以与R代码段进行信息交换。