MDM系统、应用及服务常作为已有业务处理系统和商业智能系统的战术扩展。但从企业发展看，战略层面的MDM方案应单独提出，面向全企业范围，并获高层支持。该MDM系统应作为主数据的有效资源，为其他IT系统提供主数据，而非仅在已有IT应用上调整，也不应为解决局部问题而建成分散的主数据管理应用。MDM不应是自底向上的战术项目，企业需要一套战略性的MDM计划，建立全企业范围的主数据管理，真正解决主数据问题。
MDM面临六项技术挑战。
第一，建立灵活的MDM业务及数据模型。企业永远无法一次性收集全部主数据，需求会随业务、市场和文化变化而改变，模型设计者必须保证变化发生时不致对后续模型产生较大影响。部分供应商可提供可定制的行业模板及数据模型，对启动项目有帮助。
第二，主数据质量管理。包括标识和定义所有主数据属性，评估并更正问题，尤其当各部门对数据定义和使用不一致时，需进行一致性处理。方案有两种：实施初期对所有数据源统一清洗，或在MDM中逐个清洗各数据源。数据源变化时同样需清洗。市场上有数据质量和概况分析工具可供使用，特殊类型主数据也有专门工具，如地址模式匹配、产品语义分析等。
第三，主数据变化带来的挑战。MDM应用必须能处理复杂变化，不仅包括数据内容变化，还包括层级结构、关联关系及新业务规则等变化。选择MDM技术时，应确认变化发生时处理不应过于复杂。
第四，将SOE从操作型系统迁移到MDM，需同时面对文化和技术挑战。技术上要保证迁移顺畅；越来越多SOE迁入MDM后，操作型系统录入功能应禁止，否则会出现重复录入。若某SOR不能迁移，需保证有简单方式将外部主数据迁入MDM，确保SOR最新。
第五，标识管理，尤其对客户主数据。客户可能遍布全球，关联关系复杂且不断变化，MDM环境必须建立唯一标识以适应这种情况。这往往也是文化问题，企业必须同意建立全球唯一标识来鉴别不同客户。
第六，MDM基础结构挑战。MDM需要一套技术体系支撑，许多公司已建立部分或不完善的MDM方案。供应商通常关注某一特定技术，企业必须保证不同供应商的技术能整合成完善的基础结构，并与企业数据整合策略保持一致。有些供应商提供完整方案，优势在于减少接口和交互问题，企业需自行判断何种方案适合自己。
