Deepin操作系统丨一台10年前的家用联想台式机重装国产Linux系统,制作成生信服务器(下)

简介: Deepin操作系统丨一台10年前的家用联想台式机重装国产Linux系统,制作成生信服务器(下)

R语言

方法一:采用默认的包管理器安装,此安装版本默认为3.6,操作简单,如需最新版本无法通过该方式安装。

sudo apt-get install r-base



方法二:采用conda安装,之前已经配置好conda,如果没有安装需要先装conda,再装R,这个方法能够按照最新版4.2.0版本。

conda install r-base -y


安装后输入一个R,检查是否安装成功,如果成功后输入which R查看软件路径,这个路径复制保存,之后有用。


(base) user@PC:~$ R
R version 3.6.1 (2019-07-05) -- "Action of the Toes"
Copyright (C) 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-conda_cos6-linux-gnu (64-bit)
R是自由软件,不带任何担保。
在某些条件下你可以将其自由散布。
用'license()'或'licence()'来看散布的详细条件。
R是个合作计划,有许多人为之做出了贡献.
用'contributors()'来看合作者的详细情况
用'citation()'会告诉你如何在出版物中正确地引用R或R程序包。
用'demo()'来看一些示范程序,用'help()'来阅读在线帮助文件,或
用'help.start()'通过HTML浏览器来看帮助文件。
用'q()'退出R.
> q()
Save workspace image? [y/n/c]: n
(base) user@PC:~$ which R
/home/user/miniconda3/bin/R

Rstudio-server

需要系统管理员帐号密码和root账户密码,用于安装Rstudio-server,必须以root账户安装,以下操作均在管理员状态下进行。


下载官网:https://posit.co/download

  • 下载软件
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2022.12.0-353-amd64.deb
  • 安装软件
sudo gdebi rstudio-server-2022.12.0-353-amd64.deb
  • 设置参数

初次启动Rstudio时提示连接错误,原因是没有指定R的软件路径,之前用which R命令得到的目录保存到Rstudio的配置文件中,重启即可解决。

以下两个文件是Rstudio的配置文件:

/etc/rstudio/rserver.conf

/etc/rstudio/rsession.conf

touch /etc/rstudio/rserver.conf
touch /etc/rstudio/rsession.conf

修改端口

默认的端口是8787,如果我们想改成其他端口,可以在/etc/rstudio/rserver.conf 文件中添加并修改参数:

vim /etc/rstudio/rserver.conf 
www-port=80
#这里我们是将端口改成80

修改完毕之后要验证参数有效性,并重启rstudio-server

rstudio-server test-config
rstudio-server restart

设置R版本

默认情况下,RStudio server 运行时使用的R是系统PATH中指定的R,这个位置可以使用which R确定,如果我们的系统上有多个版本的R,那么可以使用rsession-which-r参数指定RStudio 使用哪个版本的R。

rsession-which-r=/usr/local/bin/R

设置用户限制

/etc/rstudio/rserver.conf文件中添加auth-required-user-group参数,可以指定访问rstudio 的用户:

auth-required-user-group=rstudio_users

创建组,将dave 用户添加到该组:

groupadd rstudio_users
usermod -g rstudio_users -G rstudio_users dave

/etc/rstudio/rserver.conf 文件中指定用户组,只有属于改组的用户才可以使用rstudio。

auth-required-user-group=rstudio_users

当然也可以添加一些其他的资源限制,比如总内存,stack size 和进程数等:

rsession-memory-limit-mb=4000
rsession-stack-limit-mb=10
rsession-process-limit=100
  • rsession.conf配置

默认情况下,当用户2个小时没有执行命令,RStudio 会终止用户的R session,并将这些信息写入磁盘,从而减少资源的消耗,当用户下次使用时,session被还原。

可以通过session-timeout-minutes 参数指定session 过期的时间

session-timeout-minutes=30#会话超时时间

limit-file-upload-size-mb 参数,其可以限制最大的上传大小

limit-file-upload-size-mb=100

指定默认的CRAN repository 服务地址

r-cran-repos=https://mirrors.nwafu.edu.cn/cran/

以上修改都需要重启服务才能生效

用任意设备浏览器访问主机本地IP的8787端口即可,网页版的Rstudio自带保存功能,并且支持多用户登录同时使用。

使用的时候,只需要在同一局域网下!

  • Rstudio运行状态查看
rstudio-server status

  • Rstudio服务开启、停止、重启
rstudio-server start

(base) user@PC:~$ rstudio-server status
● rstudio-server.service - RStudio Server
     Loaded: loaded (/lib/systemd/system/rstudio-server.service; enabled; vendor preset: enabled)
     Active: active (running) since Wed 2023-01-04 16:18:56 CST; 35s ago
    Process: 16882 ExecStart=/usr/lib/rstudio-server/bin/rserver (code=exited, status=0/SUCCESS)
   Main PID: 16883 (rserver)
      Tasks: 4 (limit: 4447)
     Memory: 1.8M
     CGroup: /system.slice/rstudio-server.service
             └─16883 /usr/lib/rstudio-server/bin/rserver

使用体验

这个系统实际用起来还是很方便的,普通用户也能很快上手,个人感觉操作界面有点像windows和Macos的结合版。



在设置中能够看到系统的介绍信息,菜单的逻辑关系比较强,操作起来和手机菜单差不多。



自带的终端很好用,响应速度也比较快,能够满足大部分应用。



如果开启图形化窗口界面,普通情况下占用大概2GB内存,通过系统管理器可以看出大部分应用进程占用资源较多。



综上所述,deepin操作系统作为国产之光,用起来还是很棒的!deepin和Linux的关系有点像最近几年鸿蒙和安卓的关系,外界对此还是存在各种观点,笔者认为只要好用、稳定就够了,不用在意具体如何实现。

未来有一天,假如受到国外制裁,所有的windows系统都封禁了,我们还能使用deepin这样的系统做备用替代,那么今日的笔记可能对你有所帮助,多学一点,有益无害。

END

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