肿瘤测序系列文章-1
- 标题（英文）：The relationship between genetic characteristics and clinical characteristics and the efficacy of ^131^ I therapy in children and adolescents with locally advanced or metastatic differentiated thyroid cancer
- 标题（中文）：局部晚期或转移性儿童及青少年分化型甲状腺癌的基因特征与临床特征及^131^ I疗效的关系
- 发表期刊：《中国癌症杂志》
- 作者单位：中国医学科学院北京协和医学院北京协和医院核医学科等
- 发表年份：2022
- 文章地址：https://doi.org/10.19401/j.cnki.1007-3639.2022.05.002
本研究对局部晚期或转移性儿童及青少年DTC队列的肿瘤样本进行二代测序，并对其临床资料进行回顾分析，初步描绘了中国局部晚期或转移性儿童及青少年DTC的基因突变分布及其相应临床病理学特征，并探索了可能影响摄碘特征的关键基因及分型。
该研究采用甲状腺癌相关基因panel进行二代测序，覆盖24个基因、7类融合和一项其他分子标志物。在经过质控、比对、去重等分析后，使用Sentieon TNseq模块进行体细胞突变检测。在此基础上，对体细胞突变进行数据库过滤及后续统计学检验，并结合临床信息对该队列患儿的基因特征分布进行了分析。
综上所述，本研究使用二代测序技术检测了局部晚期或转移性儿童及青少年DTC的基 因突变，初步描绘了该队列患儿的基因特征。结果初步提示细化基因突变分层在儿童及青少年DTC尤其是局部晚期或转移性患儿临床管理中的意义。
肿瘤测序系列文章-2
- 标题（英文）：Development of a Novel Reference Material for Tumor Mutational Burden Measurement Based on CRISPR/Cas9 Technolog
- 标题（中文）：基于CRISPR/Cas9技术的肿瘤突变负荷测量新参考物质的开发
- 发表期刊：Cancer Genetics
- 作者单位：中国医学科学院老年医学研究所国家临床检验中心等
- 发表年份：2022
- 文章地址：https://doi.org/10.3389/fonc.2022.845636
作为影响免疫检查点抑制剂治疗决策的生物标志物，肿瘤突变负荷（TMB）估计的准确性、可靠性和可比性至关重要。该研究中，研究者开发了一组具有不同TMB值的福尔马林固定和石蜡包埋（FFPE）样品作为TMB估计的新参考材料。通过使用CRISPR/Cas9技术将几种临床相关变异引入人类细胞系，构建了几种典型的细胞系并进行了外显子测序验证。然后进行细胞混合和石蜡包埋，制备了新型FFPE样品。
该研究首先使用CRISPR/Cas9系统生成与MSH2和POLAR变体共存的新细胞系，然后利用WES测序对构建的编辑细胞突变和TMB进行了检测和验证；最后，基于WES测序结果将编辑细胞进行梯度比例混合，之后制备成FFPE样本，并对FFPE样本进行WES测序，验证了FFPE样本的TMB特征和样本的均质性。结果说明FFPE参考物质具有很好的可行性、均质性和稳定性。
在该研究中，Sentieon被用于质控后续分析，包括参考序列比对、排序、局部重比对、去重复及BQSR等分析。
总之，该研究基于CRISPR/Cas9系统将几种临床相关变异引入人类细胞系，构建了几种典型的细胞系并进行了外显子测序验证。然后进行细胞混合和石蜡包埋，制备了新型FFPE样品。经过验证，这些FFPE参考物质具有很好的均质性和稳定性。
Sentieon软件介绍
Sentieon为完整的纯软件基因变异检测二级分析方案，其分析流程完全忠于BWA、GATK、MuTect2、STAR、Minimap2、Fgbio、picard等金标准的数学模型。在匹配开源流程分析结果的前提下，大幅提升WGS、WES、Panel、UMI、ctDNA、RNA等测序数据的分析效率和检出精度，并匹配目前全部第二代、三代测序平台。
Sentieon软件团队拥有丰富的软件开发及算法优化工程经验，致力于解决生物数据分析中的速度与准确度瓶颈，为来自于分子诊断、药物研发、临床医疗、人群队列、动植物等多个领域的合作伙伴提供高效精准的软件解决方案，共同推动基因技术的发展。
截至2023年3月份，Sentieon已经在全球范围内为1300+用户提供服务，被世界一级影响因子刊物如NEJM、Cell、Nature等广泛引用，引用次数超过700篇。此外，Sentieon连续数年摘得了Precision FDA、Dream Challenges等多个权威评比的桂冠，在业内获得广泛认可。
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