Rstudio--后台提交代码任务的简单实现-callr

简介: 本文分享了一种在R语言同一个会话中异步运行子任务的实现方法,以供参考学习

异步运行子任务是一种在R语言中实现单独后台运行长耗时R Code的方法。通过将长时间运行的R Code提交到后台作业,可以在Rstudio中实现无需等待该步骤执行结束即可继续在当前会话执行其它分析代码。这种方法可以显著提高使用R进行数据分析的工作效率,因为它允许用户在等待长时间运行的代码执行完成的同时,继续在当前会话中执行其它分析代码,从而节省了等待时间。Rstudio 推荐使用 callr 包来实现提交R Code到后台运行。

软件地址: r-lib/callr: Call R from R (github.com)

用法简单示例

pacman::p_load(Seurat,dplyr,ggplot2)
cur_seu <- readRDS("</USER FILE/>")
### 提交单细胞差异基因搜索任务到后台
R_bg.1 <- callr::r_bg(function(obt){FindAllMarkers(obt,only.pos = T)},args = list(cur_seu),package = c("Seurat"))
degLT <- R_bg.1$get_result() ### 获取DEG结果

### 其它一些关于后台任务管理的方法
if(F) R_bg.1$kill()  # 关闭后台任务

> print(R_bg.1)  # 输出后台任务状态
PROCESS 'Rterm', finished.

-----

Reference

RStudio User Guide - RStudio Jobs (posit.co)
Call R from R • callr (r-lib.org)

目录
相关文章
|
9月前
|
运维 监控 算法
时间序列异常检测:MSET-SPRT组合方法的原理和Python代码实现
MSET-SPRT是一种结合多元状态估计技术(MSET)与序贯概率比检验(SPRT)的混合框架,专为高维度、强关联数据流的异常检测设计。MSET通过历史数据建模估计系统预期状态,SPRT基于统计推断判定偏差显著性,二者协同实现精准高效的异常识别。本文以Python为例,展示其在模拟数据中的应用,证明其在工业监控、设备健康管理及网络安全等领域的可靠性与有效性。
1033 13
时间序列异常检测:MSET-SPRT组合方法的原理和Python代码实现
|
SQL 存储 Oracle
Oracle数据库SQL语句详解与应用指南
在数字化时代,数据库已成为各类企业和组织不可或缺的核心组件。Oracle数据库作为业界领先的数据库管理系统之一,广泛应用于各种业务场景。掌握Oracle数据库的SQL语句是数据库管理员、开发人员及运维人员的基本技能。本文将详细介绍Oracle数据库SQL语句的基本概念、语法、应用及最佳实践。一、Or
495 3
|
分布式计算 Hadoop Java
面向开发者的Hadoop编程指南
【8月更文第28天】Hadoop是一个开源软件框架,用于分布式存储和处理大规模数据集。它由Hadoop分布式文件系统(HDFS)和MapReduce编程模型组成。本指南旨在帮助初学者和中级开发者快速掌握Hadoop的基本概念和编程技巧,并通过一些简单的示例来加深理解。
537 0
|
并行计算 调度 Windows
R语言- parallel::mclapply 并行化计算任务
R语言中的 parallel::mclapply 是一个用于在多核CPU上实现并行计算的方法。它是lapply函数的并行版本,可以在多个处理器核心上同时运行lapply函数。mclapply函数的语法与lapply函数类似,但它可以指定要使用的处理器核心数量,从而提高计算速度。
1727 0
|
Java 大数据 Linux
Rstudio打不开了怎么办?
Rstudio打不开了怎么办?
|
数据可视化 搜索推荐 关系型数据库
scRNA挖掘 |只有矩阵如何构建单细胞对象?meta信息如何利用?
scRNA挖掘 |只有矩阵如何构建单细胞对象?meta信息如何利用?
1264 0
|
NoSQL Redis
1分钟部署 redis 以及 redis web管理工具
1分钟部署 redis 以及 redis web管理工具
374 0
|
数据库 开发工具 数据中心
宏基因组分箱流程MetaWRAP安装和数据库配置
宏基因组分箱流程MetaWRAP安装和数据库配置
3076 0
宏基因组分箱流程MetaWRAP安装和数据库配置
|
存储 Go
速绘丨GO富集气泡图绘制方法,利用R语言ggplot2包快速绘制,完整脚本可重复绘图
速绘丨GO富集气泡图绘制方法,利用R语言ggplot2包快速绘制,完整脚本可重复绘图
|
算法 数据挖掘 C++
Seurat链接 Leidenalg实现 & Louvain.vs.leiden 速度测试
本文记录了在Win10平台通过Rstudio使用reticulate为 Seurat::FindClusters 链接Python环境下的Leidenalg算法进行聚类的实现过程。并对Louvain和Leiden算法的运算速度在不同平台进行比较,相关结果以供参考学习
1519 0